샌프란시스코 평화조약에서는 독도명칭이 조문 어디에도 기재되지 않았으므로 샌프란시스코 평화조약 조문만 보면 독도의 귀속을 알 수 없다. 그런데 2차 대전 이후에 결정된 일본영토 중 “작은 섬들”에 대해서는 적어도 영국과 미국의 합의에 의해 결정되어야 하는 것이 ｢포츠담선언｣의 원칙이었다. SCAPIN 제677호로 독도가 한국영토로 정해진 내용이 샌프란시스코 평화조약의 초안 작성과정 초기에 영향을 주었고 미국이 작성한 초안은 1949년까지 주로 독도를 한국영토로 기재했다. 그 후 미국은 독도를 일본영토로 하기로 했고 이에 반대한 영국과 영연방국가들 이 독도를 일본영토에서 제외한 초안을 작성했다. 이 과정에서 독도가 일본영토로 결정되지 않았음이 분명하다. 왜냐하면 미국이 독도를 일본영토로 규정한 ｢러스크 서한｣을 영국과의 합의 없이 비밀리에 한국으로만 송부했기 때문이다. 만약에 독도가 일본영토라는 합의가 영미 간에 있었다고 한다면 미국은 ｢러스크 서한｣을 공개해도 아무 문제가 없었지만 미국이 그렇게 하지 않았다는 이유는 바로 영미 두 나라의 입장으로는 독도를 일본영토로 결정하지 않았음을 뜻한다. 그것은 결국 SCAPIN 제677호의 규정을 변경하지 않았음을 의미하는 것이다. 일본 측이 계속 독도문제를 국제사법재판소에 회부하자고 한국 측에 요구하지만 이 방법 은 한국 측에서 독도문제를 ‘분쟁’으로 인정하고 국제사법재판소 회부에 동의하지 않으면 적용할 수 없다. 1965년에 체결된 교환공문에 의한 조정방식도 독도문제를 ‘분쟁’으로 규정해야 작동되므로 한국 측의 거부로 적용이 불가능하다. 이런 상황에서 일단 이론적으로 가능한 방법은 독도문제를 분쟁으로 인정하지 않으면서 도 한일 간 합의를 통해 독도문제를 원만하게 해결하는 통상적인 ‘조정’방식이다. 이 경우에는 서로 원하는 것을 얻는 방식이어서 한국 측은 독도영유권을 얻고 일본 측은 대신 다른 무엇인가를 얻는 것이다. 그러나 독도는 한국의 고유영토이므로 한국인의 감정으로는 일본 측이 독도를 한국영토로 인정하는 것만 필요한 것이어서 일본 측에 줄 것은 없다고 주장할 가능성이 높다. 그러므로 이 방법도 국민적 공감대를 얻기가 어렵다. 가장 현실성이 있는 방법은 일본이 국제적인 선례를 따라 오키노토리 섬을 바위로 인정 한 다음 한일 간에서 독도를 섬이 아닌 바위로 간주해 독도로부터 배타적 경제수역을 설정 하지 않고 울릉도와 일본의 오키 섬 사이에 배타적 경제수역의 경계선을 설정하는 방법이다.

샌프란시스코 평화조약은 연합국과 일본 사이에 체결된 법적 구속력 있는 합의문서로서 제2차 대전 이후 아시아태평양에서의 새로운 국제질서인 샌프란시스코 체제의 법적 정점이다. 전후 국제질서에 대한 국제적 법 체제(legal system)로서 샌프란시스코 조약체제는 카이로선언과 포츠담 선언 그리고 이를 수락한 일본 항복문서, 연합국총사령부(SCAP)가 제정하여 공포한 법적 구속력 있는 명령들(instruments)과 샌프란시스코 평화조약, 그리고 샌프란시스코 평화조약 체결 이후의 국제적 합의와 관행을 포함하는 광범위한 국제적 법적 합의의 체제로 이해할 수 있다. 영토분쟁의 당사국들이 제시하는 다양한 근거에 대한 국제법원의 실행을 살펴보면 영토 주권 또는 국경관련 분쟁에 대하여 권원(title)을 입증할 적용가능한 조약법(treaty law)이 존재하는 경우 이를 우선 적용하고, 조약이 존재하지 않을 경우 그리고 특히 식민지에서 해방된 신생국들과 관련된 경우에 기존 행정관할경계유지(uti possidetis) 원칙을 고려하 며, 앞서의 두 가지 준칙을 적용할 수 없는 경우에 대상이 된 영토 또는 지역에 대한 실효적 지배(effective control) 여부 또는 정도를 기준으로 권원의 존재와 영토주권의 귀속을 판단하고 있다. 국제법원의 사례를 보면 독도문제에 국제법적 근거로서 샌프란시스코 평화조약을 최우선으로 해석하여 적용할 가능성이 있으며 이러한 경우 당사국간에 분쟁의 해결은 물론 결과를 통한 평화 달성에 한계가 분명하다. 더욱이 샌프란시스코 평화조약은 동서냉전과 한국전쟁 그리고 한미일 군사동맹체제 등 당사국의 사활적 국가이익이라는 고도의 정치적 요인으로 인하여 조약에 의한 영토경계획정을 유보하였다. 그럼에도 불구하고 독도에 대한 언급을 의도적으로 배제한 조약을 기초로 국제법원이 사법적 판단을 하는 경우에 당해 법원은 샌프란시스코 조약뿐만 아니라 동 조약의 체결 이전에 이루어진 국제적 합의로서 카이로선언, 포츠담 선언, SCAPIN 677과 1033 등을 동 조약의 영토조항 해석의 기준으로 인정해야 할 것이다.

독도는 1946년 SCAPIN-677에 의해 일본국 외로 규정되었다. 이 규정은 대일강화조약 등에서 최종적으로 결정될 때까지 유효하지만 강화조약은 독도에 대해 아무 것도 규정하지 않았다. 그럼에도 불구하고 한 · 일 양국 정부는 각각 강화조약에 인해 독도는 자국 영토로 됐다고 주장한다. 그러나 조약 성립 과정을 살펴보면 조약 공동초안을 작성한 영 · 미 양국은 독도에 대한 견해가 엇갈린 채였다. 따라서 샌프란시스코 강화조약은 독도의 귀속을 최종적으로 결정하지 않았던 것이며, 조약은 독도의 법적 지위에 아무 영향을 미치지 않았 던 것이다. 일본정부는 이 관점에 서서 독도를 ‘본방(本邦)’의 범위 외로 규정한 법령을 조약 후에 개정하지 않았을 뿐더러 새 법령에서도 독도를 ‘본방’ 외로 규정하였다. 그 후 일본정부는 강화조약에서 일본의 포기가 규정되지 않았던 지역은 당연히 일본에 귀속된다는 논리를 개발하였다. 그러나 독도 외에도 조약에 규정되지 않았던 섬들은 결코 일본 영토로 되지 않았으므로 일본정부의 주장은 성립되지 않는다. 예를 들어 동사제도, 센카쿠(댜오위다오)제도, 하보마이 · 시코탄 등은 조약에 규정되지 않았지만 일본영토로 결정된 것은 아니다.