소나무의 유전다양성과 유전구조를 추정하기 위해 9개의 ESTP 표지를 13개 소나무 집단에 적용하였다. 소나무 집단의 유전다양성은 관찰된 대립유전자 수(A)가 2.2개, 유효 대립유 전자 수(Ae)가 1.8개, 다형적 유전자좌 비율(P)이 98.8%, 이형접 합도 관찰치(Ho)가 0.391, 이형접합도 기대치(He)가 0.402로 나 타났다. 안강과 강릉 집단을 제외한 11개 집단이 하디-바인베르 그 평형을 만족하였다. 집단간 유전분화도(FST)는 0.057으로, 동위효소나 nSSR 표지분석 결과보다 강하게 나타났다. 군집분 석에서 집단의 유전적 거리와 지리적 분포간에 뚜렷한 연관성 은 확인할 수 없었으며, 집단의 유전분화와 지리적 인접성도 상 관이 없는 것으로 나타났다(Mantel 검증, r = 0.017, P = 0.344). 유전자좌에 대한 FST-outlier 분석을 실시한 결과, 빈도 주의 방법에서는 FST 값이 신뢰하한 이하인 3개 유전자좌와 신 뢰상한 이상인 3개 유전자좌가 특이값으로 추정되었고, 베이즈 방법에서는 3개 유전자좌들만 특이값으로 확인되었다. 두 방법 에서 공히 특이값으로 판정된 3개 유전자좌(sams2+AluⅠ, sams2+RsaⅠ, PtNCS_p14A9+HaeⅢ)중 sams2 표지에서 유래 된 2개 유전자좌는 balancing selection의 영향을 받는 것으로 추정되었다.