해상교통안전진단제도가 도입(2009.11)된 후 운영 중 나타난 제도상·운영 측면에서의 개선사항을 반영하고, 제도의 효율성 제고 및 종합 관리를 위해 해상교통안전진단시행지침 전부개정(2012.3)을 통해 선박안전기술공단내 해사안전연구센터가 전문기관으로 지정되었다. 하지만, 개정된 관련 해사안전법령에는 안전진단서 사전검토, 진단대상사업에 대한 검토 의견 제시 등 유사 국내 평가제도에서의 전문기관과 비교하면 역할과 업무가 명확하지 제시되지 않았다. 이에 본 연구에서는 먼저 SWOT분석을 통해 전문기관 발전을 위한 추진전략을 수립하고, 처분기관, 사업자, 안전진단대행업자 등 관련 전문가 의견수렴 및 국내 유사 평가제도의 전문기관의 역할 및 운영현황을 비교분석하였다. 이를 통해 진단제도가 효율적으로 운영되고, 진단사업에 대한 환경변화에 능동적으로 대응 할 수 있도록 스크린·스코핑, 컨설턴트 시스템 도입을 위한 전문기관의 조직 구성과 운영체제 개선과 진단관련 주체들의 책임과 역할을 명확화하기 위해 해사안전법 개정 등 전문기관의 발전과 해양개발사업에 대한 통합관리를 위한 제도상·운영상의 개선사항 도출하여 제시하였다.

본 연구에서는 선박항행이 허용되어 선박이 다니는 공유수면의 일정부분을 바다골재채취구역으로 하는 골재채취업에 대한 법적근거, 해상교통안전진단제도와 해역이용 협의 및 평가제도의 평가에 대한 중복성 및 양 제도간 적용 우선순위 등의 문제점으로 사업자에게 시간적·경제적 부담을 가중시키고 있으므로, 문제점 해결을 위한 개선방안을 제시하였다. 해양수산부에서 해사안전법과 해양환경관리법을 담당하고 있으므로 업무 협조체계를 유지하여 각각의 제도 평가위원회에 상호 전문가를 포함하는 방안과, 법률을 개정하여 근본적으로 해결하는 방안이 있다. 이를 통하여 해양에서 발생하는 사고의 개연성을 감소시키고 해양환경을 보호하는 방법이 될 것이다.