미결구금은 수사 및 재판 등의 절차확보를 위해 불가피한 것이기는 하지만 실질적으로 형의 집행에 유사한 자유의 제한을 초래하는 폐단이 있다는 것은 널리 인식되어 있는 사실이다. 이러한 기본적인 인식을 바탕으로 되도록이면 피고인의 인권보장 측면에서 미결구금일수를 본형의 형기에 전부 산입하고자 하는 시도를 최근에 선고되고 있는 판례의 태도와 개정되고 있는 입법의 태도에서 엿볼 수 있다. 이와 같은 현행법과 최근의 판례에 추세에 의하면 미결구금기간의 산입은 형법 제57조에 의한 재정통산을 원칙으로 하면서 법원의 재량개입이 없이 자동적으로 형기에 산입하는 법정통산규정을 보충적으로 두고 있다고 보는 과거의 입장은 더 이상 유지될 수 없게 되었다. 미결구금일수의 본형산입과 관련하여 재정통산의 산입방식에서 법정통산의 산입방식으로의 방향전환은 크게 환영할 만한 일이다. 하지만 한 걸음 더 나아가 미결구금일수의 산입과 관련하여 산적해 있는 여러 가지 현안들도 앞으로 반드시 해결해야 될 과제임을 숙제로 던져주고 있다. 특히 범죄인인도조약에 따라 체포된 후 인도절차를 밟기 위한 기간, 외국에서 법률위반 혐의로 체포된 후 강제로 출국되기까지의 기간, 외국에서 형에 산입 받지 못한 미결구금의 기간, 법원이 판결을 선고한 당일에 피고인에 대하여 구속취소 결정을 하여 피고인이 그 날 중으로 석방된 경우에 있어서 판결 선고 당일의 구속기간 1일 등은 그 본질을 미결구금의 변형된 일종으로 파악하여 동 기간의 전부를 본형에 산입하는 것이 타당하다. 또한 미결구금기간이 본형기간을 초과한 경우에 있어서는 형사보상 및 명예회복에 관한 법률을 개정하여 ‘유죄재판을 받아 확정된 사건이라고 할지라도 피고인의 미결구금일수가 본형의 기간을 초과한 경우’도 형사보상의 청구대상으로 하는 것이 바람직하다.

미결구금의 집행 및 미결수용자의 처우에 대한 기본원칙을 토대로 수용자 처우법이 지니는 문제점을 선별적으로 검토하고 그 대안을 제시해 보았다. 첫째, 법치국가적 요청에 따라 미결수용자 처우의 기본원칙으로서 무죄추정 외에 미결구금의 집행목적과 기본권 제한의 일반조항 및 비례성의 원칙을 추가로 규정 하고, 구속사유에 맞추어 미결수용자의 처우를 개별화할 필요가 있다. 또한 변호사와 공증인과의 접견 및 서신수수의 경우에도 변호인의 경우와 마찬가지로 특칙을 적용하고, 미결수용자의 특수한 법적 지위에 비추어 의문시되는 징계사유와 미결수용자의 방어권을 제약하고 인격권을 침해할 여지가 높은 징계유형을 삭제할 필요가 있다. 나아가 여러 가지 폐단을 드러내고 있는 대용감방에 대해서도 현실적인 대안을 강구해야 한다. 둘째, 사회국가적 요청에 따라 시설 외 기관에 의한 사회적 부조제공이 요구되며, 청원작업 외에 개인작업이 보장되어야 하고, 작업장려금 외에 교육장려금 내지 용돈의 명목으로 미결수용자에게 수당을 지급할 필요가 있다. 셋째, 적정한 관할배분의 요청에 따라 미결수용자의 기본권 제한조치의 관할권을 원칙적으로 관할법원에 위임하되, 예외적으로 지체의 위험이 있는 경우에 한하여 소장으로 하여금 대리케 하는 방안이 이상적이 다. 현재의 집행실무 여건상 이것이 시기상조라면 차선책으로 구금목적을 보전 하기 위한 기본권 제한조치의 관할권은 관할법원에, 시설 내 질서를 유지하기 위한 기본권 제한조치의 관할권은 소장에게 위임하는 방안을 도입할 필요가 있다. 기본권 제한조치에 대한 불복수단은 기본권 제한조치의 관할권자에 상응하여 결정한다.

최근 군내 수용자문제는 군사법제도 개혁논의와 함께 군내 수용자의 인권보호측면에서 국가인권위원회의 군영창내에서의 장병 인권상황 실태파악 등, 군내 수용자에 대한 제도적 개선방안마련이 검토되고있는 실정이다. 그러나 그동안 군내수용자의 인권보장을 위한 군의 지속적인 노력에도 불구하고 군대라는 폐쇄성으로 인해 군내 수용자의 인권보장에 대한 평가는 아직도 신뢰받지 못하고 있다할 수 있다. 특히, 군영창에는 대부분 미결수들이 수용되어있어 이로 인해 인권침해 문제가 야기될 수 있는 것이다. 현행법상 미결수용자는 아직 판결이 확정된 자가 아니기 때문에 무죄추정의 원칙이 적용되고, 변호사의 조력을 받을 권리를 보장받을 수 있는 법적지위를 가지고 있음에도 불구하고, 미결구금자체를 징벌의 일부로 인식하는 경향이 있으며, 영창구금자들의 대부분을 차지하는 징계범과 똑같이 취급당하고 있는 형편이다. 따라서 군내 미결수용자에 대한 법적지위를 검토하고 처우개선 등 정책적 방안 모색은 매우 중요한 사항이라 할 수 있다. 이런점에서 지금까지 민간 구금시설에 비해 폐쇄적이고 인권이 무시되었다는 불신을 벗고 군내 미결수용자의 인권보장과 교정교육 활성방안 모색이 절실히 요구되고 있는 것이다.