NGS(Next Generation Sequencing) 기법이 2007년부터 적용된 이후 약 10년도 되지 않은 짧은 기간 동안 유전체 연구에 상당히 큰 변화가 일어나고 있다. 유전자 중심의 연구에서 유전체를 기반으로 하는 형태로 연구 패러다임이 변화되고 있으며, 컴퓨터 하드웨어의 급속한 성능 증가와 더불어 생물정보의 중요성이 다시 부각되고 있다. 인간 중심의 유전체 연구는 식물과 동물, 미생물로 급격하게 분야가 확장되고 있으며, 한 대의 시퀀싱 머신에서 120Gb의 시퀀싱 데이터가 단 29시간만에 만들어지는 기술적 성과를 확인할 수 있다. 곤충 분야에서는 i5K(The 5,000 Insect Genome Project) 국제 컨소시엄이 시작되었으며, BGI(Beijing Genome Institute)에서도 다양한 곤충의 유전체 시퀀싱 및 분석 사업을 진행하겠다고 제안하고 있다. 국내에서도 차세대바이오그린21사업의 동물유전체육종사업단에서 가축유전체와 더불어 몇 가지의 곤충 유전체 연구가 진행되고 있으며, 금년부터 시작되는 농촌진흥청의 다부처유전체사업에서도 일반작물, 원예작물, 약용작물, 가축과 더불어 곤충분야도 한 부분을 차지하게 되었다. 아직은 다른 분야에 비해서 잘 알려져 있지 않지만, 곤충 분야 연구의 잠재성을 검토해 볼 때 가장 빠르게 유전체 연구를 통해 유용한 결과를 획득할 수 있으리라 생각된다. 하지만, 곤충 분야의 유전체 연구를 위해서는 선행되었던 다른 유전체 연구의 문제점을 파악하여 접근하여야 효율적인 성과를 도출할 수 있을 것이다. 따라서, 곤충 유전체 연구에 대한 동향과 생물정보학적인 기법 등을 제안하고자 한다.

The detection of the genome-based antibiotic resistance gene is an essential analysis process for the purpose of verifying the safety of probiotic strains, including lactic acid bacteria. In this study, 4 analysis platforms (AMRFinderPlus, staramr, rgi, ABRicate) were used for cross-comparison of 782 genomes corresponding to 19 kinds of probiotic species notified as functional foods. As a result of the analysis, the relatively fewest number of antibiotic resistance genes were detected in strains belonging to the order Lactobacillales, and antibiotic resistance genes were detected in 322 genomes used in the case of 2 types of Enterococcus genus. In addition, the presence and type of antibiotic resistance gene detection showed a lot of difference even for the same genome sequence depending on the database and analysis algorithm used by the analysis platform. These results can be confused in evaluating the potential for transmission of antibiotic resistance genes inherent in specific lactic acid bacteria and predicting potential risks that may occur in the future. Accordingly, it is judged that the antibiotic resistance gene-related analysis criteria need to be established more clearly and specifically in the safety evaluation of probiotic bacteria.