현재 주요 수목병해 방제는 육안조사 등을 기반으로 한 현장조사를 통해 실시 되고 있으나, 목적 달성에 있어 그 효율성 높지 않다. 수목병의 예찰 방법을 고도화하고 적기방제를 통해 그 피해를 저감시키기 위해, 본 연구는 메타지놈 분석을 이용하여 두릅나무에서의 곰팡이 다양성을 조사하였다. 속(Genus) 수준에서 메타지놈 분석결과 총 20개의 곰팡이 상이 해당 재배지 내 두릅나무에 분포하는 것으로 확인되었다. 그 중, Alternaria속과 Puccinia속이 우점하는 것으로 조사되었으며, 이는 두릅나무 재배지 내 전체에서 개체별로 일관되게 나타났으며, 특히 해당 재배지 내 두릅나무 녹병이 우점적으로 발생함이 확인되었다. 이러한 결과를 바탕으로 두릅나무에서의 주요 곰팡이 다양성에 대한 스크리닝과 함께 주요 또는 잠재적 수목병원균류를 대상으로 메타지놈 기법으로 확인할 수 있음을 본 연구결과를 통해 확인되었다.