국내의 주요 산느타리 품종인 호산47(일핵, 산타리 배우자), GB19(일핵, 산타리 배우자), 호산, 여름느타리1호, 삼복, 강산, 약산, 자산, 향산, 여름느타리2호의 유전체를 Hiseq을 이용하여 해독하였고 이 서열 정보에서 SSR을 분리하여 특성구명을 하였다. 일핵균사인 호산 47, GB19 의 유전체의 크기는 각각 37.3와 37.2 Mbp이고, 이핵균사인 나머지 산느타리 품종의 유전체 크기는 47.1~61.1 Mbp인 것으로 밝혀졌다. 품종별 총 SSR의 수는 HS47이 711개로 가장 적고, 강산이(GS)이 1.5배 많은 1,106개로 최다를 기록하였다. SSR의 repeat motif 중에서 hexanucleotide 와 octanucleotide가 가장 많은 빈도로 관찰되었고, 가장 많이 관찰되는 반복서열은 CGA/TCG, A/T, CTC/GAG이었다. SSR의 길이는 모든 품종에서 변이가 많아 유용성이 높은 20~30 nt가 가장 높은 비중인 70%를 차지하였다.

화성벼와 O. minuta 간 여교잡을 통해 반복친인 화성벼와 출수기, 간장 등 여러 작물학적 특성에서 뚜렷한 차이를 보이는 염색체단편 치환계통 "WH79006"을 육성하였는데 화성벼와 WH79006의 차이는 WH79006에 이입된 O. minuta 염색체 단편에 의한 것이라고 할 수 있다. WH79006이 화성벼의 유전적 배경에 O. minuta의 어느 염색체 단편을 가지고 있는지를 검정하기 위해 SSR마커를 이용하였다. 벼 염색체에 골고루 분포한 294개의 SSR 마커를 검정한 결과 최소한 28개의 이입 단편을 검정하였는데 이들은 2번 염색체를 제외한 모든 염색체에 분포하였으며 전체 길이는 약 168cm이었다. 간장 관여 QTL을 탐색하기 위해 화성벼/WH79006 조합의 75개 F2 개체를 육성, 간장을 조사하였다. QTL분석 결과 6번 염색체의 RM225부근에서 간장에 관여하는 QTL cl6가 탐지되었다. cl6는 전체 표현형변이의 9.6~% 를 설명하였으며 O. minute의 대립유전자가 간장을 크게 하는 방향으로 작용하였다. 이 결과는 O. minuta가 포복형임에도 불구하고 간장 조절 유전자들 중에는 간장을 크게 하는 방향으로 작용하는 유전자가 있음을 제시하고 있으며, 이 유전자들은 앞으로 QTL 분석을 통해 그 작용을 밝힐 예정이다. 추후교잡 집단을 이용 O. minuta 특이적 단편들이 어느 형질과 관련이 있는지를 밝힐 예정이다.