독점규제법 제59조의 적용제외와 관련하여 지식재산권의 부당한 행사 범위를 각 지식재산권의 공공정책에 위반된 행위와 전통적인 민법 제2조 에 따른 권리남용 및 대법원이 판례로 인정하는 무효임이 명백한 지식재산권에 근거한 권리 행사 등을 포함하는 광의의 개념으로 볼 경우 이는 독점규제법의 규제범위를 포함하는 넓은 범위의 개념으로 볼 수 있으며, 이렇게 볼 경우 지식재산권의 부당한 행사에 관한 판단이 독점규제법상의 본 안판단에 선행할 수 있게 된다. 따라서 독점규제법 집행당국이나 법관은 지식 재산권 행사가 문제되는 독점규제법 위반 사건에서 먼저 본래적인 지식재산권 행사와 비본래적인 지식재산권 행사를 구분한 다음 비본래적인 지식 재산권 행사에는 독점규제법 제59조를 적용하지 아니하고 바로 독점규제법상의 본안판단으로 나아가고, 본래적인 지식재산권 행사에 대하여는 먼저 그 권리 행사가 정당한 것인지 여부를 해당 지식재산권의 법 원리에 따라 판단한 다음, 만일 정당성을 결여하여 부당한 권리의 행사에 해당될 여지가 있다면 독점규제법 위반의 본안 판단으로 나아가서 관련시장을 획정하고 경쟁제한 효과를 분석한 다음, 지식재산권 행사에 따른 효율성 증대 효과가 현저하여 경쟁제한적 행위를 정당화할 위법성 조각사유로 인정될 수 있는지 여부를 검토하면 된다. 이렇게 독점규제법 제59조를 적용하는 것이 적용제외로서의 본조의 성격에 부합하며, 지식재산권의 혁신을 통한 동태적 효율성을 존중하면서 동시에 불필요한 법 집행비용을 절감하게 할 수 있다

독점규제법상 지주회사 규제는 경제력집중 억제를 위한 규제의 하나로 1986년 동법의 개정 시에 도입되었다. 특히 1999년 동법 개정에 의하 여 지주회사 규제는 원칙적 설립 금지에서 설립 허용과 일정한 제한을 가하는 방식으로 변경되었다. 이와 같은 제도 변화에는 경제력집중의 수 단이 될 수 있는 등의 지주회사가 갖는 부정적 측면이 완화되었고, 반면 효율적인 조직 운영과 같은 긍정적 측면이 활용될 필요가 있다는 인식이 영향을 미쳤다. 이러한 이유로 지주회사의 설립‧전환을 원칙적으로 허용 하면서 대신 일정한 제한을 부과하는 방식으로 법 개정이 이루어졌다. 이후 공정거래위원회는 재벌로 대표되는 대규모기업집단의 집단 구조가 계열사의 순환출자 방식에 기반함으로써 매우 복잡하고 불투명한 구조를 취하고 있고, 이를 개선하는 방안으로 지주회사 체제를 적극적으로 권장 하는 정책을 추진하여 왔다. 이 과정에서 1999년 법 개정에 의하여 도 입된 지주회사에 대한 여러 제한은 처음 입법 당시에 비하여 상당히 완 화된 내용을 갖게 되었다. 이러한 정책의 추진에 의하여 지주회사의 수 는 증가하였지만, 반면 지주회사의 부정적 측면을 최소화하기 위하여 도 입된 규제의 의의를 퇴색시키는 결과를 낳았다. 이러한 상황에서 지주회 사 규제의 의의를 다시 확인하고, 현재의 규제 내용이 이에 상응하는 것 인지를 살펴볼 필요가 있다. 또한 금산분리 원칙의 완화를 의도하는 공 정거래위원회의 개정안도 이러한 맥락에서 검토되어야 할 것이다.

우리나라의 인터넷 포털 산업은 정보통신기술 의 급속한 발전과 함께 빠르게 성장해왔다. 인터넷 포털 시장은 네트워크 효과가 존재하는 전형적인 양면시장의 특성을 가지고 있어 이용자를 선점함 으로써 독과점이 형성되기 쉬운 구조이며, 최근 인 터넷 포털의 막대한 영향력과 그로 인한 피해의 우 려가 커짐에 따라 인터넷 포털 사업자에 대한 규제 의 필요성이 대두되고 있다. 인터넷 포털 사업자에 대한 규제와 관련해서, 공정거래위원회는 2008년 8월 최초로 네이버ㄜ 의 시장지배적 지위 남용행위에 대하여 시정명령 을 내렸으나, 서울고등법원은 시장획정, 시장지배 력 평가, 위법성 판단 등 주요 쟁점에 있어서 공정 거래위원회의 결정이 부당하다고 판시하였으며, 현재 위 사건은 대법원에서 상고심 재판 계속 중 이다. 한편, 2013년 9월에는 인터넷 포털 사업자를 규제할 목적으로, 인터넷 포털 사업자가 제공하는 모든 서비스가 하나의 거래시장에 속하는 것으로 규정하는 내용의「독점규제 및 공정거래에 관한 법 률」개정안이 발의되었다. 그러나 인터넷 포털 시 장이 양면시장의 성격을 가지고 있다는 점을 고려 하더라도 인터넷 포털이 제공하는 다양한 서비스 를 언제나 하나의 묶음으로 파악하여 시장을 획정 해야 할 논리적 필연성이 있다고 볼 수 없으므로 위 개정안은 신중하고 면밀하게 검토되어야 한다고 본다.

한미 FTA를 통해 의약품 품목허가와 관련하여 허가-특허 연계제도가 도입될 예정이다. 허가-특허 연계제도가 도입되면 의약품의 특허권 침해여 부를 의약품의 품목허가 시에 고려하게 되므로 향후 특허권을 보유한 오리지널 제약사들에 의해 제너릭 제약사들의 시장진입을 저지하거나 연기시키려는 경쟁제한적인 행위들이 발생할 수 있고, 이에 따라 이에 대한 공정거래법의 적용과 집행에 대한 관심도 증대되고 있다. 허가-특허 연계제도는 미국에서는 1984년 Hatch-Waxman Act에 의해 도입된 제도로서 제너릭 의약품의 시장진입을 원활히 하고 신약개발에 대한 유인을 높이려는 두 가지 목적을 가지고 입법되었다. 법 시행 이후 이러한 입법목적은 어느 정도 달성한 것으로 평가되었으나, 다른 한편으로 복수의 30개월간 ANDA 허가유예 취득, Reverse Payment Settlement, Authorized Generic, Orange Book에 등재된 특허정보 삭제 등 다양한 경쟁제한적인 행위들이 생겨나면서 그 허용여부 및 위법성에 대한 논란이 있어왔다. 향후 도입될 약사법이나 동법 시행령 및 시행규칙의 구체적인 내용에 따라서는 우리나라도 미국과 마찬가지로 의약품 품목허가 절차상의 허점들을 이용하거나 품목허가 전 특허침해 소송과정에서 합의하는 등 다양한 경쟁제한적인 행위들이 발생할 수 있다. 이러한 행위는 제너릭 의약품의 시장진입을 저해하여 경쟁을 제한하고 소비자들이 저렴한 가격으로 의약품을 구입할 기회를 배제하여 소비자후생의 감소를 초래할 우려가 있다. 따라서 특허권에 대한 합리적 보호를 통해 신약개발에 대한 유인을 높임과 동시에 제너릭 의약품의 시장진입을 원활하게 하고자 하는 제도의 취지가 잘 달성될 수 있도록 향후 시행령 및 시행규칙 개정을 통한 허가-특허 연계제도의 구체화 및 제도운영 과정에서 세심한 주의를 기울일 필요가 있다.