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매개충(솔수염하늘소)에 의해 소나무재선충이 감염된 소나무는 감염 당해연도(8~12월)에 일부가 고사하고, 다음 해(1~9월)에 나머지가 고사한다고 알려져 있다. 기존의 방제는 당해연도에 고사된 감염목(피해목)만 방제하고, 피해목 주변의 나머지 감염목은 방치하여, 다음해에 이들 감염목에서 피해가 발생함으로서 피해가 근절되지 않았다. 모두베기방제는 이러한 문제점을 해결하기 위해, 피해목 주변의 피해증상이 나타나지 않은 소나무도 잠재적 감염목으로 간주하여, 한꺼번에 방제하는 것을 의미한다. 벌채의 범위는 매개충 한 마리가 감염시키는 범위 또는 약간 상회하는 규모로서 피해목 또는 피해범위 주변 10-20m(반경)이며, 그 시기는 소나무재선충과 매개충이 고사목에 서식하는 11월부터 4월 사이에 실시하였다. 2005년부터 2007년까지 피해선단지 14개 지역(시군)에서 모두베기방제를 사용하였다. 이들 지역의 방제효과를 평가하기 위하여, 기존 피해목 방제를 실시하였던 지역 중 14개소를 선별하여 모두베기방제 지역과 방제효과를 비교하였다. 방제효과는 방제 전 피해목 본수와 방제 후 피해본 본수의 비율(%)로 계산하였다. 모두베기방제를 한 14개 지역 중 1년 후에 피해가 나타나지 않은 곳은 11개 지역이었으나, 피해목 방제를 한 14개 지역 중에서는 3개 지역에서만 피해가 나타나지 않았다. 방제 첫해의 모두베기방제 지역의 방제효과는 피해목 방제 지역에 비해 45배 가량 높았으며, 다음해에는 86배나 높았다. 피해규모별로 비교했을 때, 소규모 피해지역(피해목 50본 이하)는 무한배, 대규모 피해지역(50본 이상)은 25배가량 높았다. 따라서 모두베기방제법이 잠재적인 소나무재선충병 감염목을 제거함으로써 피해확산 저지에 매우 효과적인 것으로 판단된다.
