검역과정에서 선충검사는 묘목류, 구근류, 화본과 목초종자 및 근채류를 대상으로 하며, 식물검역의 선충검사는 일반적인 연구와 다른 몇가지 특징을 가진다. 첫째, 흙을 대상으로 하지 않는다. 둘째, 검출되는 선충의 밀도보다 규제대상 종 해당 여부가 중요하다. 셋째, 식물체를 대상으로 하는 검사의 특성상 식물체의 즙액 등이 시간이 지나면서 부패하여 물속의 산소를 소모하므로 선충이 사멸되어 선충분리가 되지 않는 경우가 많다. 넷째, 시료의 사용량이 매우 많다. 다섯째, 연중무휴 선충분리검사를 실시한다. 농업현장에서는 선충검사가 농업작기에 따라 진행되지만 식물검역은 연중무휴 이루어지므로 여름철 고온기와 겨울철 저온기의 검사장소의 환경 조성에 유의하여야 한다. 여섯째, 한 속에서 여러 종이 동시에 검출되어 종 동정이 어렵다. 식물검역과정에서 2006년 이후 한국의 식물검역에서 매년 평균 300여회 이상 식물기생선충이 검출되는데, 그중에 7~80% 이상은 뿌리썩이선충과 뿌리혹선충으로 종 동정률이 매우 낮아 분자생물학적인 종 동정법을 모색하고 있다.