청국장 제조를 위한 분리균은 포자형성율이 높은 Bacillus subtilis로 대사력이 활발한 대수증식기의 것을 콩에 1, 000CFU/g 이상의 균수를 접종하여 40℃와 상대습도 90%에서 배양하면 발효가 빠르게 진행되었다. 발효가 종료되면 포자형성율이 95% 이상 되어야 저온의 후숙과정에서 재번식이 쉽게 일어나지 않았으며 발효취는 발효 중에서만 형성되었다. 중립콩과 대립콩의 발효율이 가장 좋았다. 저온의 후숙과정은 5℃에서 1∼2일 후 경과하면 Bacillus subtilis는 더 이상의 증식이 일어나지 않고 발효취가 소멸되므로 저온의 유통과정을 거쳐야 불쾌취가 없는 구수한 청국장의 맛을 유지할 수 있었다.