독점규제법 제59조의 적용제외와 관련하여 지식재산권의 부당한 행사 범위를 각 지식재산권의 공공정책에 위반된 행위와 전통적인 민법 제2조 에 따른 권리남용 및 대법원이 판례로 인정하는 무효임이 명백한 지식재산권에 근거한 권리 행사 등을 포함하는 광의의 개념으로 볼 경우 이는 독점규제법의 규제범위를 포함하는 넓은 범위의 개념으로 볼 수 있으며, 이렇게 볼 경우 지식재산권의 부당한 행사에 관한 판단이 독점규제법상의 본 안판단에 선행할 수 있게 된다. 따라서 독점규제법 집행당국이나 법관은 지식 재산권 행사가 문제되는 독점규제법 위반 사건에서 먼저 본래적인 지식재산권 행사와 비본래적인 지식재산권 행사를 구분한 다음 비본래적인 지식 재산권 행사에는 독점규제법 제59조를 적용하지 아니하고 바로 독점규제법상의 본안판단으로 나아가고, 본래적인 지식재산권 행사에 대하여는 먼저 그 권리 행사가 정당한 것인지 여부를 해당 지식재산권의 법 원리에 따라 판단한 다음, 만일 정당성을 결여하여 부당한 권리의 행사에 해당될 여지가 있다면 독점규제법 위반의 본안 판단으로 나아가서 관련시장을 획정하고 경쟁제한 효과를 분석한 다음, 지식재산권 행사에 따른 효율성 증대 효과가 현저하여 경쟁제한적 행위를 정당화할 위법성 조각사유로 인정될 수 있는지 여부를 검토하면 된다. 이렇게 독점규제법 제59조를 적용하는 것이 적용제외로서의 본조의 성격에 부합하며, 지식재산권의 혁신을 통한 동태적 효율성을 존중하면서 동시에 불필요한 법 집행비용을 절감하게 할 수 있다

독점규제법상 지주회사 규제는 경제력집중 억제를 위한 규제의 하나로 1986년 동법의 개정 시에 도입되었다. 특히 1999년 동법 개정에 의하 여 지주회사 규제는 원칙적 설립 금지에서 설립 허용과 일정한 제한을 가하는 방식으로 변경되었다. 이와 같은 제도 변화에는 경제력집중의 수 단이 될 수 있는 등의 지주회사가 갖는 부정적 측면이 완화되었고, 반면 효율적인 조직 운영과 같은 긍정적 측면이 활용될 필요가 있다는 인식이 영향을 미쳤다. 이러한 이유로 지주회사의 설립‧전환을 원칙적으로 허용 하면서 대신 일정한 제한을 부과하는 방식으로 법 개정이 이루어졌다. 이후 공정거래위원회는 재벌로 대표되는 대규모기업집단의 집단 구조가 계열사의 순환출자 방식에 기반함으로써 매우 복잡하고 불투명한 구조를 취하고 있고, 이를 개선하는 방안으로 지주회사 체제를 적극적으로 권장 하는 정책을 추진하여 왔다. 이 과정에서 1999년 법 개정에 의하여 도 입된 지주회사에 대한 여러 제한은 처음 입법 당시에 비하여 상당히 완 화된 내용을 갖게 되었다. 이러한 정책의 추진에 의하여 지주회사의 수 는 증가하였지만, 반면 지주회사의 부정적 측면을 최소화하기 위하여 도 입된 규제의 의의를 퇴색시키는 결과를 낳았다. 이러한 상황에서 지주회 사 규제의 의의를 다시 확인하고, 현재의 규제 내용이 이에 상응하는 것 인지를 살펴볼 필요가 있다. 또한 금산분리 원칙의 완화를 의도하는 공 정거래위원회의 개정안도 이러한 맥락에서 검토되어야 할 것이다.

저작권자가 저작권법의 입법취지에서 일탈하 여 신의에 쫓아 성실하게 권리를 행사하지 아니하거나, 오히려 창작을 저해하는 등의 방법으로 행사하는 경우에는 저작권의 부당한 행사로 규제되어야 한다. 이러한 규제를 위한 방법으로는 독점규제법으로 대표되는 외부적 규제와 저작권 남용 이론에 의한 내부적 규제가 있다. 이 때 저작권법과 독점규제법은 종국적으로 효율 적인 자원배분과 소비자후생의 제고를 목적으로 한다는 점에서 서로 충돌하는 것은 아니며 공통된 목적에 기여하는 조화관계에 있다고 할 것이다. 저작권자의 권리행사가 독점규제법의 적용을 받는 부당한 행사인지 여부는 저작권 자체의 목적 과 취지 및 배타적 권리의 내용뿐만 아니라 독점 규제법상의 경쟁제한 효과 등을 종합하여 판단하 되, 특히 문제가 된 저작권자의 권리행사가 저작권을 보장하여 우수한 창작 또는 문화상품 생산을 유인하는 인센티브 목적과 취지를 침해할 우려가 없는지를 충분히 고려하여야 한다. 이러한 부당한 저작권 행사에는 독점규제법이 적용되어 시장지배적 지위의 남용이나 불공정거래행위에 해당될 수 있게 된다. 마지막으로 저작권자가 그 권리를 남용하여 행 사하는 경우 그 상대방은 권리 남용을 항변할 수 있는데, 독점규제법에 위반한 저작권자의 권리행 사는 이러한 권리남용의 한 유형으로 볼 수 있다고 하겠다.

기술의 발전과 특허중시정책에 따라 기업들이 다수의 특허를 갖게 되는 지적재산의 사유화가 진행되고 그로 인해 권리자들의 권리가 복잡하게 충돌하고 얽혀 유용한 연구 개발 및 그 성과의 이용을 방해하고 있다. 과학기술의 발전으로 인한 누적적·연속적 혁신에 의해 개척발명을 한 자의 허락이 없으면 개량발명을 하더라도 쉽게 이용할 수 없는 문제가 있다. 특허풀(Patent Pool)과 같은 제도는 이와 같은 문제를 해결하는데 매우 효율적인 수단이 될 수 있다. IT(Information Technology)산업에서는 기업 상호간의 기술을 표준화하고 막대한 R&D 비용을 절감하고자 특허풀을 형성하여 운영하고자 한다. 특허풀은 기업의 기술개발을 촉진하게 하면서 비용을 절감하는 등 다양한 장점을 갖고있다. 그러나 특허풀은 과거 미국에서 독점금지법 위반의 의심을 많이 받았다. 특허를 보유한 기업이 이를 이용하여 시장지배적 지위를 남용하거나, 담합으로 가격인상을 하여 소비자의 후생을 감소시키거나, 선발사업자가 후발사업자의 추격을 봉쇄하는 수단으로도 사용할 수 있다. 특허풀이 기술의 발전을 도모할 수 있는 유용한 제도이면서도 동시에 독점금지의 수단으로서도 사용될 수 있다. 이에 따라 특허풀의 설계와 규제에는 많은 법적 논의가 필요하다. 특허풀에 포함될 필수특허의 선정, 실시허락의 설정과 합리적인 실시료의 배분 등의 문제가 해결되어야 한다. 부당공동행위를 하는 기업들이 있는 경우 사후적으로 이를 규제하는 것이 타당하다. 다만 이 경우에도 특허풀을 형성하고 운용하는 경우에 투명하고 공정한 기준을 마련하도록 하는 것이 필요하다.