어업손실보상은 ‘공공의 필요에 따른 적법한 공권력 행사로 인해 어업(권)에 특별한 희생을 가한 경우에 재산권 보장과 공적 부담 앞의 평등이라는 견지에서 그 어업인에게 행하는 조절적인 보상’으로 정의할 수 있다. 따라서 공익사업에 따른 어업손실보상제도는 국민(어업인)의 재산권 보장이라는 가치와 공적 부담 앞의 평등이라는 가치를 조화시킬 수 있는 방향으로 정립되어야 한다. 그러나 우리나라의 현행 어업손실보상제도에는 적지 않은 문제점이 있다. 특히 ‘어업손실보상에 관한 일반규정’이라고 할 수 있는 「수산업법 시행령」<별표 4>는 그 규정 내용에 대한 자의적인 해석·판단을 가능케 하거나 그 규정 내용 자체가 비합리적으로 규정되어 있어서 적지 않은 문제점을 내포하고 있다. 예컨대, 제한손실액 산출에 있어서의 ‘제한정도’의 판단, 어업피해조사 전문기관이 조사하는 ‘피해 범위 및 정도’의 판단 등에는 조사기관의 자의적인 판단이 개입될 가능성이 많다. 그리고 면허어업의 취소(소멸)손실액 산출에 있어서의 연리 12% 적용 문제(8.333년의 평년수익액 보상 문제), 허가 및 신고어업의 취소(소멸)손실액 산출에 있어서의 3년 적용 문제(3년의 평년수익액 보상 문제) 등은 과대보상의 여지를 남겨 두고 있다. 그 외에도 현재의 어업손실보상제도는 조사용역보고서의 검증 문제, 공익사업시행지구 밖의 어업피해보상 문제, 생활보상적 측면에서의 정책보상 문제 등에 있어서 적지 않은 논란이 있다. 이러한 문제점과 논란은 결과적으로 어업인과 사업시행자간의 갈등으로 이어져 민원을 발생시킬 뿐 아니라 공익사업의 원활한 시행에 적지 않은 장애를 유발한다. 또한 이러한 문제점은 과소보상 내지 과대보상의 문제를 발생시킨다. 과소보상의 문제는 어업인의 재산권에 대한 과도한 제한을 초래해 ‘정당한 보상(완전보상)’이라는 헌법원칙에 위배되고, 과대보상의 문제는 국민의 혈세에 대한 낭비를 초래해 공공의 이익에 위배된다. 따라서 현행 어업손실보상제도는 국민(어업인)의 재산권 보장이라는 가치와 공적 부담 앞의 평등이라는 가치를 조화시킬 수 있는 방향으로 개선되어야 한다. 특히, 공용침해에 대한 정당한 보상을 위해서는 무엇보다도 잔존 유효 기간을 고려한 보상액 산정방식을 적극적으로 고려해야 한다. 그리고 생활보상을 위한 노력도 게을리 해서는 안 된다. 또한 감리제도 도입 및 조사매뉴얼 작성을 통해 어업피해조사의 객관성과 공정성이 담보될 수 있도록 해야 한다.