For preliminary molecular typing, PCR-based fingerprinting using random amplified polymorphic DNA (RAPD) is the method of choice. In this study, 14 bacterial strains were isolated from different Korean food sources, identified using 16S rRNA gene sequencing, and characterized through RAPD-PCR. Two PCR primers (239 and KAY3) generated a total of 130 RAPD bands, 14 distinct PCR profiles, 10 polymorphic bands, one monomorphic band, and four unique bands. Dendrogram-based analysis with primer 239 showed that all 14 strains could be divided into seven clades out of which clade VII had the maximum of seven. In contrast, dendrogram analysis with the primer KAY3 divided the 14 L. citreum strains into four clades out of which clade IV consisted of a maximum of 10 strains out of 14. This research identified and characterized bacterial populations associated with different Korean foods. The proposed RAPD-PCR method, based on sequence amplification, could easily identify and discriminate the lactic acid bacteria species at the strain-specific level and could be used as a highly reliable genomic fingerprinting tool.

For preliminary molecular typing, PCR-based fingerprinting using random amplified polymorphic DNA (RAPD) is the method of choice. In this study, 14 bacterial strains were isolated from different Korean food sources, identified using 16S rRNA gene sequencing, and characterized through RAPD-PCR. Two PCR primers (239 and KAY3) generated a total of 130 RAPD bands, 14 distinct PCR profiles, 10 polymorphic bands, one monomorphic band, and four unique bands. Dendrogram-based analysis with primer 239 showed that all 14 strains could be divided into seven clades out of which clade VII had the maximum of seven. In contrast, dendrogram analysis with the primer KAY3 divided the 14 L. citreum strains into four clades out of which clade IV consisted of a maximum of 10 strains out of 14. This research identified and characterized bacterial populations associated with different Korean foods. The proposed RAPD-PCR method, based on sequence amplification, could easily identify and discriminate the lactic acid bacteria species at the strain-specific level and could be used as a highly reliable genomic fingerprinting tool.

자작나무에서 자라는 버섯에는 차가버섯(Inonotus Obli-quus) 과 나스또야식 뚜르또빅(Fomes fomentarius (Fr.) Gill)과 로쥐느이 뚜르또빅(Phellinus igniarius(L. ex Fr) Quel)의 3종류가 있다. 이 중에서 차가버섯만 약효가 있고 독성이 없음이 알려져 있으나 다른 버섯은 아직 약효나 독성에 대해 확인 된 것이 없다. 차가버섯을 채취하는 사람들이 차가버섯과 함께 다른 버섯들도 같이 채취하여 주생산지인 러시아뿐만 아니라 국내에서 수입한 차가버섯을 구입할 때 다른 버섯이 섞여 있는지 확인하기가 어렵고 품질의 규격기준도 거의 외관에 의존하고 있는 실정이다. 본연구자들은 국내시장에 반입되어 유통 되고 있는 17종의 차가버섯을 수집하여 5.8S 함유 ITS (including ITS1, 5.8S and ITS2)부위를 이용한 PCR 증폭시험방법으로 DNA 염기서열을 비교분석 하였다. 차가버섯 시료의 DNA추출은 Chen 등(1999)이 사용한 LETS 방법 등으로 추출, 정제하여 사용하였다. 시험 결과 17개 샘풀 중 12종은 염기 서열 간 97% 이상 상동성이 매우 높아 차가버섯(약 70%)으로 확인되었고 5종은 PCR 증폭산물이 거의 이루어지지 않는 이종의 버섯으로 확인되었다. 본시험 결과, 시중의 차가버섯 중 일부는 차가버섯이 아니거나 이종의 버섯이 혼입된 채 유통되고 있다는 것을 확인 할 수 있었다. 향후 이와 같은 신속하고 정확한 유전자 감별법은 판별이 어려운 버섯류 품질관리에 유익하게 사용 될 것으로 판단된다.

RAPD 분석은 한 개의 primer를 이용하여 임의의 DNA조각을 증폭하는 것이다. 이 때 만들어지는 여러 형태의 DNA band유형을 이용하여 살모넬라를 분류할 수 있다. 살모넬라를 효과적으로 RAPD typing할 수 있는 sprimer들을 엄선하기 위하여 살모넬라 표준균주 16종을 대상으로 총 20가지 primer들의 RAPD 분리력을 비교하여 보았다. 결과는 재현성이 높았으며 이중 primer A, OPG04, OPG10, OPL-03은 16가지 균 모두를 다른 유형으로 분리하였고 primer OPB-17, OPB-6, OPG08, OPL-02는 15가지 유형으로 분리하였다. 이들은 discrimination index, band의 숫자, band scoring의 난이도 등을 고려해 볼 때 나머지 primer 들에 비해 우수한 분리력을 보였다. 이들 primer들은 장차 살모넬라의 RAPD typing에 이용될 수 있을 것으로 보이며, 현재는 이들을 이용하여 돈육 공장의 오염원 규명을 위한 연구를 수행 중이다.

RAPD 분석은 한 개의 primer를 이용하여 임의의 DNA조각을 증폭하는 것이다. 이때 만들어지는 여러 형태의 DNA pattern을 이용하여 리스테리아 모노사이토제네스를 분류할 수 있다. 리스테리아균들을 효과적으로 RAPD typing 할 수 있는 primer들을 엄선하기 위하여 리스테리아 표준균주 13종을 대상으로 총 31가지 primer들의 RAPD분리력을 비교하여 보았다 결과는 재현성이 높았으며 이중 6가지 primer(primer 6, HLWL74, UBC155, UBC127, Lis5, Lisll)가 discrimination index, band의 숫자, band scoring의 난이도 등을 고려해 볼 때 나머지 primer 들에 비해 우수한 분리력을 보였다. 이들 primer들은 장차 리스테리아의 RAPD typing에 이용될 수 있을 것으로 보이며, 현재는 이들을 이용하여 돈육공장의 오염원 규명을 위한 연구를 수행 중이다