샌프란시스코 평화조약에서는 독도명칭이 조문 어디에도 기재되지 않았으므로 샌프란시스코 평화조약 조문만 보면 독도의 귀속을 알 수 없다. 그런데 2차 대전 이후에 결정된 일본영토 중 “작은 섬들”에 대해서는 적어도 영국과 미국의 합의에 의해 결정되어야 하는 것이 ｢포츠담선언｣의 원칙이었다. SCAPIN 제677호로 독도가 한국영토로 정해진 내용이 샌프란시스코 평화조약의 초안 작성과정 초기에 영향을 주었고 미국이 작성한 초안은 1949년까지 주로 독도를 한국영토로 기재했다. 그 후 미국은 독도를 일본영토로 하기로 했고 이에 반대한 영국과 영연방국가들 이 독도를 일본영토에서 제외한 초안을 작성했다. 이 과정에서 독도가 일본영토로 결정되지 않았음이 분명하다. 왜냐하면 미국이 독도를 일본영토로 규정한 ｢러스크 서한｣을 영국과의 합의 없이 비밀리에 한국으로만 송부했기 때문이다. 만약에 독도가 일본영토라는 합의가 영미 간에 있었다고 한다면 미국은 ｢러스크 서한｣을 공개해도 아무 문제가 없었지만 미국이 그렇게 하지 않았다는 이유는 바로 영미 두 나라의 입장으로는 독도를 일본영토로 결정하지 않았음을 뜻한다. 그것은 결국 SCAPIN 제677호의 규정을 변경하지 않았음을 의미하는 것이다. 일본 측이 계속 독도문제를 국제사법재판소에 회부하자고 한국 측에 요구하지만 이 방법 은 한국 측에서 독도문제를 ‘분쟁’으로 인정하고 국제사법재판소 회부에 동의하지 않으면 적용할 수 없다. 1965년에 체결된 교환공문에 의한 조정방식도 독도문제를 ‘분쟁’으로 규정해야 작동되므로 한국 측의 거부로 적용이 불가능하다. 이런 상황에서 일단 이론적으로 가능한 방법은 독도문제를 분쟁으로 인정하지 않으면서 도 한일 간 합의를 통해 독도문제를 원만하게 해결하는 통상적인 ‘조정’방식이다. 이 경우에는 서로 원하는 것을 얻는 방식이어서 한국 측은 독도영유권을 얻고 일본 측은 대신 다른 무엇인가를 얻는 것이다. 그러나 독도는 한국의 고유영토이므로 한국인의 감정으로는 일본 측이 독도를 한국영토로 인정하는 것만 필요한 것이어서 일본 측에 줄 것은 없다고 주장할 가능성이 높다. 그러므로 이 방법도 국민적 공감대를 얻기가 어렵다. 가장 현실성이 있는 방법은 일본이 국제적인 선례를 따라 오키노토리 섬을 바위로 인정 한 다음 한일 간에서 독도를 섬이 아닌 바위로 간주해 독도로부터 배타적 경제수역을 설정 하지 않고 울릉도와 일본의 오키 섬 사이에 배타적 경제수역의 경계선을 설정하는 방법이다.

샌프란시스코 평화조약은 연합국과 일본 사이에 체결된 법적 구속력 있는 합의문서로서 제2차 대전 이후 아시아태평양에서의 새로운 국제질서인 샌프란시스코 체제의 법적 정점이다. 전후 국제질서에 대한 국제적 법 체제(legal system)로서 샌프란시스코 조약체제는 카이로선언과 포츠담 선언 그리고 이를 수락한 일본 항복문서, 연합국총사령부(SCAP)가 제정하여 공포한 법적 구속력 있는 명령들(instruments)과 샌프란시스코 평화조약, 그리고 샌프란시스코 평화조약 체결 이후의 국제적 합의와 관행을 포함하는 광범위한 국제적 법적 합의의 체제로 이해할 수 있다. 영토분쟁의 당사국들이 제시하는 다양한 근거에 대한 국제법원의 실행을 살펴보면 영토 주권 또는 국경관련 분쟁에 대하여 권원(title)을 입증할 적용가능한 조약법(treaty law)이 존재하는 경우 이를 우선 적용하고, 조약이 존재하지 않을 경우 그리고 특히 식민지에서 해방된 신생국들과 관련된 경우에 기존 행정관할경계유지(uti possidetis) 원칙을 고려하 며, 앞서의 두 가지 준칙을 적용할 수 없는 경우에 대상이 된 영토 또는 지역에 대한 실효적 지배(effective control) 여부 또는 정도를 기준으로 권원의 존재와 영토주권의 귀속을 판단하고 있다. 국제법원의 사례를 보면 독도문제에 국제법적 근거로서 샌프란시스코 평화조약을 최우선으로 해석하여 적용할 가능성이 있으며 이러한 경우 당사국간에 분쟁의 해결은 물론 결과를 통한 평화 달성에 한계가 분명하다. 더욱이 샌프란시스코 평화조약은 동서냉전과 한국전쟁 그리고 한미일 군사동맹체제 등 당사국의 사활적 국가이익이라는 고도의 정치적 요인으로 인하여 조약에 의한 영토경계획정을 유보하였다. 그럼에도 불구하고 독도에 대한 언급을 의도적으로 배제한 조약을 기초로 국제법원이 사법적 판단을 하는 경우에 당해 법원은 샌프란시스코 조약뿐만 아니라 동 조약의 체결 이전에 이루어진 국제적 합의로서 카이로선언, 포츠담 선언, SCAPIN 677과 1033 등을 동 조약의 영토조항 해석의 기준으로 인정해야 할 것이다.

독도는 1946년 SCAPIN-677에 의해 일본국 외로 규정되었다. 이 규정은 대일강화조약 등에서 최종적으로 결정될 때까지 유효하지만 강화조약은 독도에 대해 아무 것도 규정하지 않았다. 그럼에도 불구하고 한 · 일 양국 정부는 각각 강화조약에 인해 독도는 자국 영토로 됐다고 주장한다. 그러나 조약 성립 과정을 살펴보면 조약 공동초안을 작성한 영 · 미 양국은 독도에 대한 견해가 엇갈린 채였다. 따라서 샌프란시스코 강화조약은 독도의 귀속을 최종적으로 결정하지 않았던 것이며, 조약은 독도의 법적 지위에 아무 영향을 미치지 않았 던 것이다. 일본정부는 이 관점에 서서 독도를 ‘본방(本邦)’의 범위 외로 규정한 법령을 조약 후에 개정하지 않았을 뿐더러 새 법령에서도 독도를 ‘본방’ 외로 규정하였다. 그 후 일본정부는 강화조약에서 일본의 포기가 규정되지 않았던 지역은 당연히 일본에 귀속된다는 논리를 개발하였다. 그러나 독도 외에도 조약에 규정되지 않았던 섬들은 결코 일본 영토로 되지 않았으므로 일본정부의 주장은 성립되지 않는다. 예를 들어 동사제도, 센카쿠(댜오위다오)제도, 하보마이 · 시코탄 등은 조약에 규정되지 않았지만 일본영토로 결정된 것은 아니다.

독도는 서기 512년 이래 대한민국의 땅이다. 1588년 스페인의 무적함대 (Spanish Armada)가 영국 침략에 실패한지 4년 후, 이 지구상 반대편에서는 일본이 1592년 4월 12일 30만 대군으로 정명가도(征明假道)를 구실삼아 조선국을 침략하였으며, 이로 인하여 7년간의 임진왜란이 이 땅에서 벌어졌다. 이순신 장군의 일본 해군 섬멸과 전국 방방곡곡에서 일어 난 의병(義兵)과 명(明)의 원군의 분전으로 침략군 왜군은 패퇴하였다. 그러나 이 7년 전쟁으로 조선국토는 황폐화되었고, 동해상 조선과 일본 간 해상 국경은 장기간 일본 어선들의 불법월경으로 혼란 상태에 있었다. 드디어, 1693년 3월 우리 어부들이 독도 근해에서 불법 조업 일본 어부들에 납치되는 일이 발생했다. 이 때 납치된 우리 어부는 안용복(安龍福) 과 박어둔(朴於屯)이었다. 일본어에 능숙하였던 안용복은 일본의 지방 정부 및 막부에 ‘울릉도와 독도’는 조선국 강원도에 속한 우리 땅이며, 이곳 해역에서 조업하는 조선 어부들을 불법 월경한 일본 어부들이 납치한 것에 항의하고 재발 방지를 요구했다. 그 결과 일본 막부는 조선어부들을 동년 9월 귀국조치 시켰다. 그러나 귀국한 조선 어부들과 함께 보내온 일본국 서계에, 앞으로 “일본 땅”인 울릉도에 조선어부들의 출어금지를 요구하는 문구가 포함되어 있었다. 조선국은 “일본 땅 울릉도”주장을 묵과할 수 없었다. 조선 정부는 1694년 3월 이의를 제기하는 서계를 일본측에 보냈다. 이를 계기로 조· 일 간에 수년에 걸친 외교 교섭인 소위 “울릉도 쟁계”가 이어졌다. 드디어 조선 정부는 1698년 3월 조선 예부 이선부(李善溥) 명의로 서계를 일본측 에 보냈으며, 동 서계에서 울릉도와 독도가 조선국 영토임은 『동국여지승 람(東國輿地勝覽)』및 그 부속지도인 ｢8도총도(八道總圖)｣에도 명시되어 있음을 역설했다. 그 후 일본국이 동 조선국 서계 내용을 수용하는 1699 년 1월자 서계를 조선 정부에 보내옴으로써, 울릉도와 독도에 대한 조선 의 영토 주권은 국제법상 그 완성을 성취했다. 이렇게 완성된 조선의 영토 주권은 그 소유국인 조선의 명시적 포기가 없는 한 국제법상 영유권은 유지된다(국제판례: ｢불란서와 멕시코 간 클리퍼튼섬(Clipperton Island) 분 규사건(1931년)에서 중재재판관 Victor Emmanual의 판시｣). 울릉도 및 독도의 조선 영유권이 완성된 이후 역대 일본 정부는 1905년 일본 정부가 국제법을 위반하며, 불법적으로, 은밀하게 러·일 전쟁 중 ‘독도’를 일본에 편입 조치 할 때 까지 조선의 그 영토 주권을 200여 년간 존중하여 왔던 것이다. 1836년 죽도도해금지령을 위반한 일본인 어업자 아이즈야 하치에몽(會津屋八衛門)을 1837년 처형한 것과 1877년 3월 29일 자 일본 정부 최고 기관인 태정관 지령이 그 증거가 된다. 태정관 지령은 “일본해내 죽도 외1도(독도 지칭)는 일본과 관계없음을 마음에 새길 것”을 일본 내무성에 시달했던 것이다(동 일자 1877.3.29). 일본 관보의 전신 격인 ｢태정유전(太政類典)｣에는 “일본해내 죽도외 1도를 판도 외로 정함”이란 제목 하에 태정유전 내용을 실었던 것이다. 특히 이 태정관 지령문 내용이 중요한 것은 태정관 스스로 이를 결정한 것이 아니라 “조사해 보니, 이미 전 막부 정부와 당해국 (조선)이 수년간 내왕하며 외교 교섭 결과 “울릉도와 독도”가 일본과 관계없게 된 것을 근거로 한 일종의 지적(외교적 종결에 관한)으로서 기존의 사실을 증거한 것”이기 때문이다. 이렇게 역대 일본 정부가 조선국의 영토 주권을 존중하여 왔던 ‘독도’를 소위 “무주지”라는 명목 하에 은밀히 일본 영토에 편입 결정한 1905년 일본 정부 결정은 국제법상 금반언원칙(principle of Estoppel)에도 저촉되며, 원천 무효인 것이다. 원천 무효인 동 일본 정부의 편입 결정에 근거를 둔 ‘독도’ 편입 시마네현 고시 제40호(1905. 2, 22)도 자동적으로 무효임은 재론을 요치 아니한다. 1905년 ‘독도’를 불법 편입한 일본은 그 5년 후인 1910년 무력을 배경으로 조선국을 강제 병합하였으나, 이 역시 불법 조치로 무효임은 재론을 요치 아니한다. 일본이 제2차 세계대전 말까지 조선을 폭압으로 식민지 통치하였으나, 그것은 국제법상 영유권이 없는 불법적인 무력에 의한 강점에 불과했던 것이다. 이는 제2차 세계대전 후, 미국정부가 무치오(Jon M. Muccio)를 미국정부의 특별 대표로 파한 시 1948년 8월 12일자 미국 정부 성명에도 명시되어 있다. 동 성명에서 미국 정부는 “...비록 일본에 의 한 조선 병합은 1945년 8월 및 9월 소련과 미국군의 조선 점령으로 효율 적으로 종결되었지만, 4대강국이 그렇게도 엄숙하게 서약했던 조선 (Korea)의 자유와 독립은 그 실현이 지연되어 왔다”고 지적하였다. 즉, 일 본의 무력에 의한 1910년의 불법적 편입은 (카이로선언 중 “폭력 과 탐욕 에 의한 탈취”를 함축) 한·일병합은 미소양국군 (armed forces)의 한반도 점령으로 종결되었음을 시사한 것이다. 우리는 한·일 관계를 고려 시 고 노무현 대통령의 2006년 4월 25일자 한·일관계 특별담화 (대·국민)중 다음 지적을 마음에 새기고 접근해야 마땅할 것으로 본다. (생략) 러·일전쟁은 제국주의 일본이 한국에 대한 지배권을 확보하기 위해 일으킨 한반도 침략 전쟁입니다. 일본은 러·일전쟁을 빌미로 우리 땅에 군대를 상륙시켜 한반도를 점령했습니다. 군대를 동원하여 궁을 포위하고 황실과 정부를 협박하여 한·일의정서를 강제로 체결하고 토지와 한국인을 마음대로 징발하고 군사시설을 설치했습니다. 우리국토에서 일방적으로 군정을 실시하고 나중에는 재정권과 외교권마저 박탈하여 주권을 유린하였습니다. 제2차 세계대전 후 “독도”는 한국인의 품에 다시 돌아 왔으며, 그 국제법적 근거는 카이로선언 (1943.12.1.), 포츠담선언 (1945.7.26.), 스카핀(SCAPIN) 677(1946.1.29.) 및 샌프란시스코 평화조약 19(d)에서 찾을 수 있다. 또한, 일본 정부가 1951년에 샌프란시스코 평화조약에 서명 후 동 조약 비준을 위하여 일본 의회에 동 조약을 보낼 때 함께 보낸 「일본영역참고도」에 ‘독도’는 울릉도의 속도로서 일본 국경선 밖의 한국 영역에 들어가 있었던 것이다. 이것도 상기 국제법적 제 근거에 따른 것이라 볼 수 있을 것이다. 일본중의원에서 동 비준 심의 시 동 영역도상 ‘독도’의 위상에 관한 논란이 있었으나 동 조약은 그대로 비준되었던 것은 일본 정부뿐만 아니라 일본 의회도 ‘독도’가 한국의 영토임을 인정한 명백한 국제법적 증거가 된다. 이로써 국제법상 한·일간 소위 “독도영유권 문제”는 그 종언을 고한 것이다. 항간에 ‘독도’와 관련하여, 샌프란시스코 평화조약 2조(a)에 “울릉도”만 명시되어 있고, ‘독도’는 명시되어 있지 아니하여 ‘독도’는 일본이 방기해야 할 대상에서 빠진 것이다라고 운운하나, 전혀 그런 것이 아니다. 동 조약 2조(a)에는 다음과 같이 명시되어 있다. 일본은 코리아의 독립을 인정하며, 제주도, 거문도 및 울릉도를 포함한 코리아에 대한 모든 권리, 권원 및 청구를 포기 한다. 동 조항은 코리아의 ‘독도’ 뿐만 아니라 ‘한반도’ 와 ‘4,195개의 도서 (명시된 3개 도서 외)’가 누락되어 있다. 이것은 ’코리아‘의 사실과 거리가 먼 우스광스러운 (absurd) 표현이다. 이런 경우 조문 해석에 관하여, 조약법에 관한 비엔나협약 (Vienna Convention On the Law of Treaties) 은 동 31조의 규정에 의하여 조약문에 사용된 용어에 주어진 통상적 의미로 해석하되 그 의미가 모호할 때는 동 제32조 (보충적 해석수단)에서, 당해 조약의 준비자료 및 그 조약체결환경 등을 포함한 보충적 해석수단에 따라 해석할 것을 규정하고 있다. Recourse may be had to supplementary means of interpretation including the preparatory works of the treaty and the circumstances of its conclusion in order to confirm the meaning resulting from the application of Article 31 or determining the meaning... 동 샌프란시스코 평화조약주진을 주도한 미국의 대표 덜레스(John Foster Dulles)는 동 조약조인 3일 전에 동 조약 체결 준비 과정 및 그 체결 환경 등에 관한 연설을 하였는바 (1951.9.5.), 그 연설 내용은 전기 비엔나협약 제32조에서 규정한 조약문의 보충적 해석수단으로 활용대상이 되는 것이다. 동 연설에서 덜레스 대표는 일본의 영토 주권에 대하여 다음과 같이 언급했다. 일본의 영토주권은 무엇인가? 제2장이 이를 다룬다. 일본에 관한한 실제로 6년 전에 시행된 포츠담항복조건의 영토규정을 일본이 공식적으로 인정(비준) 하는 것이다. 그렇다. 6년전 스카핀 677호(1946.1.29.)에 의거, 연합국최고사령관(SCAP)이“울릉도, 독도, 제주도 와 코리아”를 일본주권에서 명문으로 제외 조치하였으며, 그 위에 한국인들은 1948년 8월 15일 대한민국정부를 수립하였던 것이다. 따라서 평화조약 2조(a) 상 “울릉도”에는 ‘독도’가 그 부속도서로서 포함된 것으로 해석되어야 마땅한 것이다. 즉, 일본이 동 조약에 의거 “울릉도”를 포기할 때 그 속도인 ‘독도’도 함께 포기된 것이다. 또한, 이를 뒷받침 한다고 볼 수 있는 것이 일본정부가 평화조약에 서명 후 동 조약비준을 받기 위하여 일본 의회에 제출 시 함께 제출한 「일본영역참고도」가 있다. 동 참고도에도 ‘독도’는 울릉도의 속도로서 일본국경 밖의 한국영역에 들어가 있다. 그렇게 ‘독도’가 그려진 것도 상기 비엔나협약 32조의 해석에 따른 결과라고 볼 수 있을 것이다. 이 「일본영역참고도」에 관한 일본 중의원 제17회 외무위원회(1953.11.4.)의 속기록 발췌문에서도 동 영역참고도상 ‘독도’의 위상에 관하여, 즉 분명히 한국 땅으로 되어 있는 것에 관한 일본 의회내의 인식을 찾아 볼 수 있다. 동 속기록 발췌문 중 가와가미 칸이치(川上貫一) 위원의 질의는 다음과 같다. 처음부터 이것은 애매한 상태로 남아 있었습니다. 첫째로, 이 평화조약을 비준 당시 제출한 지도, 뒤에 정부가 서둘러 취소했습니다만, 그 지도에 「일본영역참고도」라고 쓰여 있었습니다. “영역”이라고 쓰여 있는 이 지도에 분명하게 “竹島”는 제외되어 있었습니다. 그런데 이것은 참의원위원회에는 제출되지 않았고, 중의원에는 제출되었습니다. 왜 제출을 하다가 중단 되었을까요? 이는 미국이 태도를 분명히 보여주고 있지 않다는 반증입니다. 그렇기 때문에 오가다(小紡) 부총리께서 노농당의 질문에 대해 평화조약에 의해서 “竹島”는 우리(日本) 영토라고 대답하지 못 하고 국제법에 따라 우리 영토라고 대답했던 것입니다. 평화조약에 확실히 정해져 있었다면, 그렇다고 대답해도 되지 않았을까요? 더 이상 말씀드리지 않겠습니다. ... 일본정부는 평화조약상에서 “죽도”가 일본의 영토임을 증명한 자료를 제시하여야 함에도 불구하고 아직 제출하고 있지 않아서, 제출을 다시한번 촉구하는 바입니다. 소위 “독도문제”는 과거 일본의 한반도 침략의 역사 문제이지 단순한 한 낙도에 대한 문제가 아니다. 요컨대, 일찍이 ‘독도’에 대한 조선국의 영토 주권은 울릉도와 독도가 조선국의 강원도에 속한 영토임을 명시한 조선국 서계 (1698.3월)에 대하여 그 조선의 입장을 수용한 1699년 1월자 일본국 서계에 의하여 국제법상 조선국의 영토 주권이 완성된 것이다. 외교 교섭을 통하여 이렇게 완성된 영토 주권은 소유 국가가 명시적으로 그 영토 주권을 포기하지 아니하는 한 국제법상 그 영유권이 유지된다. 조선국은 ‘독도’영토주권을 포기한 바가 없다. 그리고 역대 일본정부가 200여년 간 이 조선의 영토주권을 존중하여 왔던 것이다. 그런데 1905년의 일본정부가 국제법을 위반하며, 러·일전쟁 중 은밀하게 ‘독도’를 소위 “무주지”란 구실을 붙여 일본에 편입결정 했던 것이다. 이는 국제법상 금반언 원칙(principle of Estoppel)에 저촉되어 원천 무효가 됨은 재언을 요치 아니한다. 동 원천 무효인 일본 내각의 편입 결정에 근거한 시마네현 고시 제40호(1905.2.22.) 또한 무효가 됨은 물론이다. 일본정부는 1910년 무력을 배경으로 불법적으로 소위 한·일병합조약을 체결하였다. 그리고 이 불법적 병합조약 체결 이전부터 ‘독도’를 제2차 세계대전이 끝난 1945년까지 관할하여 왔다고 주장하고 있으나 그것은 어디까지나 영유권이 없는 폭력에 의한 강점에 불과했던 것이다. 제2차 세계대전 후 ‘독도’는 “카이로선언”, 포츠담선언(8), 스카핀(SCAPIN) 677 및 평화조약 19조(d)에 의거 다시 한국인의 품에 돌아왔다. 포츠담선언(8)에 근거한 스카핀 677에 의거 연합국최고사령관은 “울릉도, 독도, 제주도 및 코리아”를 명문으로 일본주권에서 제외조치 하였다. 한국인들은 평화조약 체결 3년 전인 1948년 8월 15일 그 위에 대한민국 정부를 수립하였던 것이다. 이러한 제반 여건에서 볼 때, 오늘날 일본 정부가 ‘독도’가 일본 땅이라고 주장하는 것은 샌프란시스코 평화조약 2조(a), 동 조약 19조(d), 포츠담선언(8) 및 스카핀 677호 (1946.1.29.)를 위반할 뿐만 아니라 유엔 헌장 제2조에 따른 유엔 총회 결의 2625 (1970.10.24.), 즉 “타국의 영토는 협박과 무력의 사용으로 획득할 수 있는 대상이 아니며, 협박과 무력사용으로 획득한 어떤 영토도 합법적인 것으로 인정될 수 없다”를 위반하는 것임을 지적할 수 있을 것이다. 따라서 일본정부는 한·일간 평화공존과 공동번영을 위하고, 동북아평화를 위하여 한국의 독도영유권 존중이 요망된다.

제2차 세계대전 직후 일본외무성은 SCAPIN 677에 의해 일본의 영역에서 분리된 일본 주변 섬들을 되찾기 위해 이들에 관한 영토조서 4권을 1947년까지 작성해 미국에 제출하였다. 이 중에 독도(다케시마)도 포함되어 있었으나 일본정부는 영토조서 제출 후 독도에 거의 관심을 가지지 않았다. 독도는 류큐 등에 비해 중요도가 각별히 낮음으로 거의 무시되었다. 1951년에 조인된 샌프란시스코 강화조약에 독도는 규정되지 않았다. 이에 위기감을 가진 시마네현의 호소를 계기로 외무성은 독도 연구를 시작하였다. 또한 한국이 1952년에 평화선을 선포하고 독도를 그 안에 넣자 외무성은 독도 영유권의 공고화에 나섰다. 그 하나가 미·일 합동위원회에서 독도를 주일 미군의 폭격 연습장에 지정하는 것이었다. 이 지정에 인해 한국 어민들이 피해를 입었기 때문에 1953년 5월에 지정이 해제되었다. 해제를 계기로 독도로 항행한 시마네마루가 한국인의 어로를 발견하자 일본정부는 ｢다케시마 대책 요강｣을 결정하였다. 이 목적은 독도를 경찰력으로 탈취하는 것이었다. 이런 횡포에 한국 측은 분노해 일본 순시선에 총격을 가했는데, 오히려 외무성은 한국정부에 사건을 항의하고 영유권 시비를 걸었다. 그러나 외무성은 ｢한국정부견해1｣을 받자 영유권 논쟁만 으로는 문제를 해결할 수 없다고 보고 국제사법재판소(ICJ)로 제소하는 준비를 시작하였다. 다음해 다시 일본 순시선이 총격을 당하자 일본정부는 ICJ 제소를 한국정부에 제안하였다. 물론 한국정부는 이를 거부해 재판은 성립되지 않았다. 일본정부는 독도를 일본 영토로 하려고 여러 방도를 시도했으나 모두 실패했고, 나머지 방도는 한일회담에서 쟁점화 하는 것이었다.

제2차 대전기 연합국은 전시회담에서 전후 일본의 영토에 관한 정책에 합의했다. 카이로선언(1943)과 포츠담선언(1945)은 전후 일본의 영토가 주요 4개 섬과 연합국들이 정할 작은 부속도서로 한정된다고 결정했다. 일본은 이에 동의함으로써 항복이 성립되었다. 전후 미국과 영국에서 대일평화조약을 다루던 실무진들은 대일영토정책에서 이러한 전시 합의를 기초로 삼았다. 이러한 전시 합의에 기초해 연합국 실무진들은 대일영토정책에서 첫째 일본령에 포함될 작은 도서들을 특정하고(일본령 도서의 특정), 둘째 1천 여 개를 상회하는 작은 도서들을 문서상으로 표시하기 불가능했으므로 경도선과 위도선을 활용해 일본의 영역을 표시했으며(경위도선의 활용), 셋째 복잡한 조약초안을 이해하기 쉽게 일본영역을 표시한 지도를 제작해 첨부했다(첨부지도의 활용). 이에 따라 1947년과 1949년에 제작된 미국 국무부의 대일평화조약초안의 첨부지도와 1951년 제작된 영국 외무성의 대일평화조약초안의 첨부지도가 작성되었다. 이들 지도들은 모두 독도를 한국령으로 표기하거나, 일본령에서 배제될 지역으로 특정하고 있다. 연합국의 대일영토정책은 1945~49년간 전시 합의한 대일영토정책이 유지되었으나, 1950~51년간 새로운 정책으로 전환되었다. 냉전이 격화되면서 영토정책에서 전시합의는 폐기되었으나, 새로운 정책은 논의·합의·결정되지 않았다. 1950년 대일평화조약 특사로 임명된 존 포스터 덜레스가 진정한 평화조약을 추진한 결과, 이전의 징벌적 조약과는 다르게 일본의 전쟁책임, 영토할양, 배상금 지불이라는 일본의 책임조항이 사라졌다. 이 결과 샌프란시스코평화조약에서 미국과 관련된 남태평양 위임통치령, 오키나와 문제는 정확히 기술되었지만, 조약에 참가하지 못한 동북아시아의 한국·중국, 조약에 서명을 거부한 소련과 관련된 영토조항은 명확히 기술되지 않았다. 샌프란시스코평화조약 체결 이후 일본정부는 한국을 상대로 독도영유권을 주장하는 한편 독도를 미공군의 폭격연습장으로 지정·해제한 후 1953~54년간 독도 상륙 및 일본령 표지 건설을 지속적으로 시도했다. 이에 맞서 한국은 1952~53년간 독도조사 작업을 실시했고, 독도에 등대, 막사, 통신시설, 한국령 표지 등 상비시설을 설치하고 경비병력을 주둔시켰다. 이를 통해 독도가 한국령이라는 점이 ‘기성사실’로 인식되게 되었고, 일본의 도발은 외교적 각서 교환의 수준으로 전환되었다. 미국은 샌프란시스코평화조약 이후 한일 ‘독도문제’에서 중립을 표방하게 되었다.