Genomic DNA prepared from fruitbdies of 25 Grifola frondosa strains were amplified with the ITS primers and the PCR reaction products were enzymed. The ITS bands have same electrophoresis patterns but part of them have different restriction enzyme cutting site. These strains were divided into three broad categories. SRAP amplification employing 47 SRAP primer pairs were carried on and 138 polymorphic bands were detected. The phylogram tree showed that: ten strains were differentiated from the others effectively and fifteen strains have no obvious differences between each other. The results implied that the ITS-RFLP and SRAP markers were effective methods for strains identifica tion and germplasm evaluation but other markers were also needed to be used in conjunction.
Animal crude drugs (natural medicines derived from animal organs) have been widely used in various Chinese medicine for the therapeutic effects and for enhancement of immunologic functions. We found the specific identification methods using DNA sequencing and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analyses for mitochondrial DNA (mt DNA) in order to discriminate between the animal species and organs as well as the placenta of humans. Species-specific PCR bands of D-loop mt DNA for equine, bovine, porcine, and human were 133 bp, 137 bp, 231 bp, and 240 bp, respectively. Porcine organs were identified using restriction enzyme, HphI cut into two subfragments, 36 bp and 195 bp bands in the heart, spleen, and liver, except for kidney. The heart and liver of porcine were identified using restriction enzyme, SpeI cut into two subfragments, 84 bp and 147 bp bands, except for kidney and spleen. Bovine organs were cut into 68 bp and 69 bp bands in the liver, kidney, and spleen using NalIV, except heart and placenta. Placentas of bovine and humans were easily identified using each primer. Our results suggest that sequencing of mt DNA and its PCR-RFLP methods are useful for identification and discrimination of inter- and intra-specific variations in equine, bovine, porcine, and human by routine analysis.
최근들어 수입량이 급증되고 있는 차가버섯의 분류체계를 확립하고, 이들 종 및 계통간의 유연관계 확립과 품종 구분을 위해 계통학적 정보를 지닌 ITS 영역의 염기서열, PCRRFLP 및 STS 프라이머를 사용하여 종 특이적인 마커를 개발하였다. 시베리아 캄차카 반도에서 수집된 74008 균주의 염기서열을 이용하여 Inonotus spp.의 유연관계를 분석한 결과 2개의 그룹으로 나뉘어 졌고, I. obliquus DSM 856P균주와 약 98%의 가장 높은 유사성을 나타내어 차가버섯임이 확인되었다. 또한 ITS 증폭산물을 제한효소로 처리하여 밴드패턴을 비교하였을 때 종 및 계통에 따라 밴드가 다르게 나타났으며, STS primer를 이용하여 증폭산물을 비교하였을 때 종간에는 밴드패턴이 다르나 계통내에서는 동일한 밴드패턴을 보였다. 따라서 차가버섯의 품종 구분을 위해서는 STS 마커와 PCR-RFLP를 동시에 사용함으로서 품종 구분이 좀 더 명확하리라 사료된다.
국내에서 재배하여 생산되고 있는 상황버섯의 일종인 PMO-P4균주에 대한 ITS 영역의 염기서열 분석을 실시하였으며 목질 진흙버섯으로 잘 알려져 있는 P. linteus와 함께 RFLP분석을 통하여 상호 비교한 결과 PMO-P4균주는 P. baumii로 판명되었다. 이 결과를 토대로 이미 보고 되어 있는 Phellinus속 균주들과의 종간 ITS 영역의 상동성을 비교한 결과 48.6%-72.2%였으며 본 연구에서 비교한 종들 가운데서는 P. linteus와 상동성이 가장 높았으며 P. gilvus와 상동성이 가장 낮았다.