The site coefficients in the common requirements for seismic design codes, which were promulgated in 2017, were reevaluated and the standard design spectrum for soil sites were newly proposed in order to ensure the consistency of the standard design spectra for rock and soil sites specified in the common requirements. Using the 55 ground motions from domestic and overseas intraplate earthquakes, which were used to derive the standard design spectrum for rock sites, as rock outcropping motions, site response analyses of Korean soil were performed and its ground-motion-amplification was characterized. Then, the site coefficients for soil sites were reevaluated. Compared with the existing site coefficients, the newly proposed short-period site coefficient Fa increased and the long-period site coefficient Fv decreased overall. A new standard design spectrum for soil sites was proposed using the reevaluated site coefficients. When compared with the existing design spectrum, it could be seen that the proposed site coefficients and the standard design spectrum for soil sites were reasonably derived. They reflected the short-period characteristics of earthquake and soil in Korea.

Korean horn beetles, Allomyrina dichotoma (Linnaeus, 1771) reared in many local farms are suffering from a fatal viral disease as reported in 2015, and recent sequencing analysis revealed that the virus is very closely related to Oryctes rhinoceros nudivirus. In a nationwide investigation, it was concluded that the virus can transmit vertically from an infected adult to the offspring by indirect manner, and 70 to 77% of young larvae dead in early stage were diagnosed as this virus positive. Here, we report for the establishment of on-site diagnosis method for the viral disease using loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay. A. dichotoma larvae were assayed for the OrNV infectivity with LAMP primers targeting OrNV_gp102 gene. To evaluate the LAMP specificity, two bacterial pathogens, Bacillus thuringiensis and Serratia marcescens, causing disease in A. dichotoma were tested along with OrNV. Only from the OrNV-infected larvae the reaction resulted positive. Also, to avoid DNA extraction process, the LAMP assay used diluted hemolymph directly and 50-fold dilution was set for diagnosis standardization and convenient on-site application for infected larvae from local farms. The LAMP diagnosis is fast and convenient for nontechnical user in the field and expected to stop this foreign virus spread all over the country.

고추는 한국에서 매우 중요한 양념 중 하나이다. 하지만 수입 고춧가루와 다진 양념(다대기)에 부과되는 관세율(45%/270%)의 차이로 인해, 다진 양념이 수입된 후, 건 조 및 분쇄 과정을 거쳐 고춧가루로 제작되고 있는 실정 이다. 본 연구에서는 종 특이 PCR 기술과 whole-genome amplification 방법을 접목하여 고춧가루(N=45) 및 다진 양 념(N=5) 제품의 사용원료(고추, 마늘, 양파, 파, 생강)를 분 석하였다. 모니터링 결과, 39개 고춧가루 제품은 표시사항 을 준수하였으며, 6개 고춧가루 및 5개 다진 양념 제품은 제조 기준을 충족시키지 못했다. 따라서 분석 제품의 22% 가 표시사항을 준수하지 못한 것으로 밝혀졌으며, 본 연구에 사용한 분석 방법은 고춧가루 제품에 사용된 원료 분석에 적합한 방법임을 입증하였다.

Immortalization is an essential process of the transformation of cells to a neoplastic growth. High risk human papillomavirus (hrHPV) infection has been the major cause of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC). The aim of this study was to search for a novel pathway causing immortalization in HPV16 E6/E7 transfected immortalized oral keratinocytes (IHOK). hrHPV integration sites were identified through DNA sequencing. HPV16 E6/E7 genes were integrated into 1q32.2, 12q21.2, 15q15.2, and 19q13.43 in IHOKs. Array-CGH was conducted to examine the deranged sites of the genes of IHOK. Of the 587 amplification genes, 70 genes were resided on chromosome 20. We selected PLAGL2 and MAPRE1 as the most amplified genes. PLAGL2 and MAPRE1 mRNA showed higher expression in IHOK than in normal keratinocytes. Knockdown of MAPRE1 significantly reduced telomerase activity. The analysis using a public database substantiated our data, showing the amplification of chromosome 20 and MAPRE1. In conclusion, our results suggest that MAPRE1 could play a crucial role in activating telomerase activity in hrHPV-infected cells. This finding may provide basic data to develop a novel target therapy for hrHPV-related HNSCC.

Bursaphelenchus xylophilus (Bx) is the main plant-parasitic nematode of the Japanese Black Pine (Pinus thunbergii), Red Pine (Pinus densiflora) and Korean Pine (Pinus koraiensis) in the South Korea. Until now, the nematode morphological classification or PCR method using specific marker of Bx were used for the diagnosis of pine wilt disease. However, both methods have a disadvantage that these take a long time to confirm the result. Thus, these methods can not be used quickly at the newly damaged regions. For above the reasons, we had been developed the diagnostic method for Bx combining direct gDNA extraction buffer (DAP) with Recombinase Polymerase Amplification (RPA). This method is able to directly use mixed lysates extracted from Bx-infected pinewood by DAP buffer as gDNA template to RPA without another process for increase gDNA yield. Together, our method is able to detect Bx within 20 mins.

멸구과(Delphacidae) 8종의 internal transcribed spacer 2 (ITS2) DNA 염기서열로 종간 차이 추정값을 비교하고 분자계통수를 추론하였다. ITS2 DNA 염기서열 길이는 종(species)마다 550 bp (흰등멸구)에서 699 bp (겨풀멸구)까지 차이를 보였다. 같은 Nilaparvata 속의 겨풀멸구와 벼멸구붙이 사이 의 염기서열 차이 추정값(d ± S.E.)은 0.001 ± 0.001로 가장 낮았으며, 사슴멸구와 일본멸구 사이는 0.579 ± 0.021로 가장 높았다. 벼멸구와 다른 멸구류들 과의 종간 염기서열 차이 추정값은 0.056 ± 0.008 (겨풀멸구)에서부터 0.548 ± 0.021 (일본멸구)로 구분되었다. 반면, Neighbor-joining 방법으로 추론된 분자계통수에서는 겨풀멸구와 벼멸구붙이를 제외하고 나머지 멸구류들은 독립된 다른 그룹으로 분지되었다. 벼멸구의 ITS2 염기서열을 참고하여 벼멸구 특이 고리매개등온증폭(loop-mediated isothermal amplification, LAMP) 프라이머 4 세트(BPH-38, BPH-38-1, BPH-207 및 BPH-92)를 제작하였다. 이들 각각을 벼멸구, 흰등멸구 및 애멸구의 게놈 DNA와 65°C에서 60분간 반응시켰을 때, 벼멸구 시료에서만 증폭 산물들이 관찰되었다. BPH-92 LAMP 프라이머 세트로 65°C에서 벼멸구 DNA의 양(0.1 ng, 1 ng, 10 ng, 100 ng)과 반응시간(20분, 30분, 40분, 60분)을 달리하여 형광반응을 관찰하였을 때, 20분과 30분 반응에서는 100 ng 까지에서도 발광여부 구별이 어려웠다. 그러나 40분 반응에서는 10 ng 이상에서, 60분 반응에서는 0.1 ng 이상에서 발광여 부가 명확히 구별되었다.

관측된 지반진동은 지진원, 지각감쇠 및 지반의 증폭특성 등 3가지 주요 인자로 구성되어 있고 특히 지반증폭 특성은 지진원 및 감쇠특성을 평가할 때 필요하다. 또한 지진재해도를 분석하기 위해 지반의 증폭 특성에 정보가 내진 공학 뿐만 아니라 암반공학적 특성 분석에서 필수적이다. 지반의 증폭특성 분석을 위해 분석대상 관측소와 기준 관측소 지반진동의 수평/수직 비를 이용하는 방법을 적용하였다. 기존의 기준관측소의 수직성분 방법에 더하여 새로이 기준관 측소의 수평성분 방법을 새로이 시도하였다. 본 연구는 예당저수지 인근에 설치한 4개의 관측소에서 관측된 6개의 가 속도 지반진동을 이용하여 각 지반진동의 S파, Coda파 및 배경잡음 각각을 분석한 지반증폭 특성을 상호 비교하였다. 4개 관측소 공통적으로 S파와 Coda파를 이용한 결과는 상호 유사한 지반증폭 특성을 보였다. 다만 배경잡음은 다른 2 개 지진 에너지와 비교할 때 전혀 다른 지반증폭 특성을 보였고 이는 배경잡음의 발생 원인이 관측소 마다 서로 다르 기 때문으로 입증되었다. 4개 각각의 지진 관측소마다 저주파수 및 고주파수 증폭특성과 관측소 고유의 우월주파수가 서로 상이하여 관측소 고유의 증폭특성을 보여주었다. 또한 본 연구의 결과와 다른 방법의 결과와 비교하면 지반의 동 적특성 및 지반분류 연구에 많은 정보를 제시할 수 있다.

In 2015, we reported a viral disease extremely fatal to Allomyrina dichotoma larvae spread in the majority of the larva-rearing farms in Korea. Currently, the virus-infected larva is diagnosed by PCR-based amplification but this requires laboratory equipment and agarose gel electrophoresis. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP), a highly sensitive DNA amplification method, uses DNA polymerase isolated from Bacillus stearothemophilus and a set of six primers. It has great potential for field use because DNA is amplified under single temperature and the overall reaction completes in 30 min without laboratory equipments. Here, we report the development of on-site diagnosis method for Korean horn beetle larva infected by Allomyrina dichotoma Nudivirus.

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is a rapid, specific, cost-effective detection method by amplifying nucleic acid under isothermal conditions. In this study, we used LAMP for detection of Hamiltonella defensa that lives as a facultive endosymbiont of whitefly ‘Bemisia tabaci’. We designed the Hamiltonella-specific primers by targeting 16S ribosomal RNA gene and validated the specificity of one primer set. To find the optimum temperature for our primer set, the LAMP reaction was held at the temperature, 60℃, 62℃ and 65℃. As a result, 62℃ was the optimum reation temperature for LAMP reaction. Specificity of primer set was tested by the reaction to both Trialeurodes vaporariorum and B. tabaci. After the whole procedure, the amplicons by LAMP were visualized by adding SYBR Green to the reaction tube.

We developed a simple molecular detection tool that rapidly and accurately identifies Spotted wing Drosophila (SWD) without sophisticated instruments or expertise. We first identified a gene that is present in the SWD genome but not in that of any other insect species. Then, we developed the loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay, which was designed based on genomic DNA of SWD specific gene. This LAMP assay detected only genomic DNA from SWD—not from Drosophila melanogaster. In addition, this assay could detect genomic DNA in SWD geographical strains collected from 8 different locations in Asia, Europe, Hawaii, and the USA. Our LAMP assay could be a useful detection tool for identifying SWD rapidly in the field. This work was carried out with the support of the Cooperative Research Program for Agriculture Science & Technology Development (Project No: PJ0116302016).

실제 국내에서 관측된 가속도를 이용한 스펙트럼 값이 내진설계기준보다 상대적으로 크게 나타나는 경향을 보 이며, 특히 고진동수 구간에서 국내 내진설계 기준이 국내 고유의 지반증폭 특성을 제대로 반영하지 못하고 있어 문제 점이 많다고 지적되어 왔다. 지반증폭 특성을 분석할 때 여러 가지 방법이 제시되어 왔으며 본 연구는 현장에서 자주 적용되고 있는 지반진동의 수평/수직 스펙트럼 비율을 이용하는 방법을 적용하였다. 이 방법은 S파 및 레일리파를 이용 하는 것으로부터 출발하였으나, 최근 Coda파 및 배경잡음 등에 확대 적용되어 지반의 동적인 증폭특성 연구에 많이 이용되고 있다. 제한된 연구 기간 동안 4개 변전소시설 관측소 각각 2개 지점(노두 및 시추공)에서 운영되었고 본 연구는 4개 관측소의 노두에서 동시에 관측된 3개 중규모 지진의 가속도 지반진동(S파, Coda파 및 배경잡음)을 이용하여 지반 증폭을 분석하였다. 분석결과는 4개 관측소 각각에 대해 기존 연구결과인 시추공 지반증폭 특성과 상호 비교하였다. 또 한 각각 관측소 및 지점에서 지반의 우월진동수를 이용하여 각각 지반에 대한 등급분류도 시도하였다. 각각의 지진관측 소마다 저진동수 및 고진동수 특성, 관측소 고유의 우월진동수가 서로 상이하여 관측소 고유의 증폭특성을 보여주었다. 대다수 관측소는 S파, Coda파 및 배경잡음 에너지를 분석한 결과와 많은 부분이 유사함을 보여 주었다. 물론 본 연구 로부터 도출된 결과를 다른 방법에 적용하여 얻어진 결과와 비교한다면 지반의 동적 특성 및 지반분류 연구에 많은 정 보를 제시할 수 있다고 판단된다.

지반진동은 지진원, 지각감쇠 및 지반의 증폭특성 등 3가지 주요 인자로 구성되어 있다. 이 중 지반 증폭특성은 지진원 및 지각감쇠를 신뢰성 있게 평가하기 위해 반드시 고려하여야 한다. 본 연구의 목적은 수평/수직(H/V) 스펙트럼 비를 이용하여 각 관측소의 지반증폭 특성을 평가하는 것이다. 주파수 영역에서 H/V 스펙트럼 비를 구하는 방법은 Nakamura(1989)에 의해 처음으로 제시되었으며, 초기에는 상시미동의 표면파 특성을 이해하기 위해 사용되어 왔다. 최 근에 와서 강진동의 전단파 에너지 등으로 확장되면서 지반 증폭특성 연구에 많이 이용되고 있다. 본 연구는 예당저수 지 인근에 4개의 관측소에서 관측된 6개의 가속도 지반진동을 이용하여 H/V 스펙트럼 비를 분석하였고 각 지반진동의 S파, Coda파 및 배경잡음 각각으로부터 분석된 지반증폭 특성을 상호 비교하였다. 분석결과, 4개 관측소는 각각의 우월 주파수 대역(YDS: ~11 Hz, YDU: ~4 Hz, YDD: ~7 Hz)에서 관측소 고유의 증폭특성을 보여준다. 본 연구의 도출 결과 와 다른 방법을 통해 구한 결과의 비교 평가는 국내 지반의 동적특성 및 지반분류 연구에 유익한 정보가 될 것으로 판 단된다.

Mycoplasma hyorhinis (M. hyorhinis) is considered an etiological agent of arthritis in suckling pigs. Recently, some M. hyorhinis strains were shown to produce pneumonia that is indistinguishable from the mycoplasmosis caused by M. hyopneumoniae. In this study, we developed a sensitive and specific PCR assay to detect M. hyorhinis and applied the developed PCR assay for detection of Mycoplasma infection in clinical piglets infected with M. hyorhinis. We developed a new PCR assay using a M. hyorhinis-specific primer pair, Mrhin-F and Mrhin-R, designed from the Mycoplasma 16S-23S rRNA internal transcribed spacer (ITS) region. The primers and probe for the assay were designed from regions in the Mycoplasma 16S-23S rRNA ITS unique to M. hyorhinis. The developed PCR assay was very specific and sensitive for the detection of M. hyorhinis. The assay could detect the equivalent of 1 pg of target template DNA, which indicates that the assay was very sensitive. In addition, M. hyorhinis PCR assay detected only M. hyorhinis and not any other Mycoplasma or bacterial spp. of other genera. The new developed PCR assay effectively detected M. hyorhinis infection in pigs. We suggest that this PCR assay using a M. hyorhinis-specific primer pair, Mrhin-F and Mrhin-R, could be useful and effective for monitoring M. hyorhinis infection in pigs.

This paper provides a study on the application and proposals of safety culture, new public management and social amplification of risk framework via ship accidents in Korea. This document analyzes what are the concept of safety culture, new public management as well as social amplification and risk framework and describes how 3 issues act, harmonize, interrelate through M/V Sewol accident. Korean government is needed to apply social amplification of risk framework to the in order to promote the safety culture in the maritime administration. Hence, this paper proposes safety framework in order to prevent and resolve future unexpected accident especially for maritime field.

A suspension bridge is a type of bridge in which the beam is suspended by load-bearing cables. There are two classifications: the self-anchored suspension bridge has the main cable anchored to the bridge girders, and the earth-anchored suspension bridge has the main cable anchored to a large anchorage. Although a suspension bridge is structurally safe, it is prone to be damaged by various actions such as hurricanes, tsunamis and terrorist incidents because its cables are exposed. If damage to a cable eventually leads to the cable rupture, the bridge may collapse. To avoid these accidents, studies on the dynamic behavior of cable bridges due to the cable rupture have been carried out. Design codes specify that the calculated DAF (dynamic amplification factor) should not exceed a certain value. However, it has been difficult to determine DAFs effectively from dynamic analysis, and thus no systematic approach has been suggested. The current study provides a guideline to determine DAFs reliably from the dynamic analysis results and summarizes the results by applying the method to an earth-anchored suspension bridge. In the study, DAFs were calculated at the location of four structural parts, girders, pylons, main cable and hangers, with variations in the rupture time.

최근 국내 포도원에서 과실 표면에 구름모양의 흰색 얼룩이 자주 발견되고 있으나, 그 원인에 대해 명확히 알려진 바가 없어 방제대책을 세우지 못하고 있는 실정이다. 흰색의 달무리 반점은 포도 과실 표면에 부정형으로 퍼져 있으며, 그 중앙에는 총채벌레가 산란할 때 만들어진 작은 구멍의 상처가 남아 있다. 이 상처부위는 시간이 지나면서 코르크화되고 표피세포와 분리되어 딱지로 남거나 떨어져 나가게 된다. 이러한 증상은 총채벌레의 섭식이나 노린재의 흡즙에 의한 상처와는 구별된다. 산란구멍에서 발견한 총채벌레 알껍질에서 DNA를 추출하여 ITS2 부위의 염기 서열을 PCR-RFLP 방법으로 분자동정을 실시한 결과 꽃노랑총채벌레의 것으로 확인되었다. 미토콘드리아 COI 염기서열은 이러한 분자 동정 결과를 재확인하여 주었다. 본 연구결과는 포도 과피에 꽃노랑총채벌레 산란에 의해 유발되는 독특한 피해 증상에 대한 정확한 정보를 제공하며 포도원에서 이 해충에 대한 방제전략 수립에 도움이 될 것으로 여겨진다.