We determined complete mitochondrial genome of Erpobdella sp. isolated in Korea. The circular mitochondrial genome of Erpobdella sp. is 15,469 bp long, which is longer than other three complete mitochondrial genomes of Erpobdella species. It includes 13 protein-coding genes, two ribosomal RNA genes, and 22 transfer RNAs. Its GC ratio is 30.2%. Phylogenetic trees show that our mitochondrial genome is clustered in Erpobdellidae clade.

Endosymbionts of the genus Buchnera, which belong to γ-Proteobacteria, reside in specialized cells known as bacteriocytes. In this announcement, we present the complete genome sequence of Buchnera aphidicola (Aphis gossypii) isolated from Aphis gossypii with Plantago asiatica. The genome spans 628,098 base pairs and has a GC content of 25.4%. A total of 589 CDs, 32 tRNAs, and 3 rRNAs were predicted. Interestingly, the evolutionary rate of the endosymbiont's genome, inferred from intraspecific variations, may be slower than that of the host's mitochondrial genome.

Vibrio vulnificus는 그람 음성 세균의 호염성 세균으로, 5월에서 10월 사이 해수 온도가 18oC 이상이고 염도가 15- 25 practical salinity units (psu)일 때 가장 활발하게 증식 한다. 전 세계적으로 해수, 강 하구, 갯벌 등 다양한 해양 환경에 서식하며, 굴, 전복 등 해산물에서 자주 검출되는 경향이 있다. 지속적인 지구온난화로 인한 해수 온도의 상 승으로 V. vulnificus의 분포 범위가 점차 확장되고 있으며, 그에 따라 비브리오 패혈증 감염에 대한 위험도가 증가하 고 있다. 본 연구에서는 수산물에서 V. vulnificus 분리, 항 생제 감수성 검사, MLST 분석, 전장 유전체 분석을 통한 병원성 유전자 확인, MIC를 통한 항생제 내성 유전자 분 석, 더 나아가 bv-brc에 등록된 아시아에서 분리된 V. vulnificus 균주들과 함께 cgMLST 분석을 진행하였다. 2023 년4월-7월까지 서울, 경기도 및 충청도 지역의 대형마트에 서 유통되는 수산물 시료 총 84건에서 V. vulnificus가 바 지락에서 총2주(2.4%) 분리되었으며, 2균주 모두 colistin 에 강한 저항성을 보였으나, V. vulnificus의 치료에 사용되 는 ciprofloxacin, tetracycline, chloramphenicol 항생제에 내 성을 보이지 않았다. Whole genome sequencing 분석 결 과, 유전자 상 두 균주는 동일한 클론으로 확인되었으며, multi-locus sequencing typing 결과 기존에 보고되지 않은 새로운 sequence type으로 확인되었다. Virulence gene 분 석 결과, 총123개의 병원성 유전자가 확인되었으며, 그 중 중요한 병원성 유전자 rtxA, vvhA, viuB, ompU유전자가 확 인되었다. 항생제 내성 유전자 분석 결과 분리된 두 균주 에서 모두 tet(34), tet(35), varG, norM 내성 유전자가 확 인되었다. cgMLST 분석을 진행한 결과 본 연구에서 분리 된 두 균주는 동일 cluster로 확인되었고, 기타 국내 및 아 시아 지역에서 분리된 V. vulnificus를 포함한 분석에서 균 주 간 역학적 연관성은 관찰되지 않았다. 이는 V. vulnificus 가 해수의 흐름을 타고 이동하여 분포 범위가 넓고 특정 지역에 일정한 특징을 가진 균이 밀집되지 않기 때문으로 보인다. 따라서 V. vulnificus로 인해 매년 사망자와 환자가 발생하는 것은 V. vulnificus가 가지는 잠재적인 위험성을 보여주고 있고, 본 연구결과가 향후 질병 발생 시 V. vulnificus의 연구에 도움이 될 것으로 보이며, 지속적으로 V. vulnificus 검출 연구, 항생제 내성 모니터링이 필요할 것으로 사료된다. 해산물을 통한 V. vulnificus 감염 위험성 이 증가하고 있는 상황에서 국내 수산물을 통한 V. vulnificus 전파 위험도에 대한 체계적 연구는 부족하다. 따라서 본 연구 결과는 수산물 생산 및 유통 단계에서 V. vulnificus 의 모니터링 및 위험도 평가의 중요성을 제시한다.

Salmonella enterica는 세계적으로 가장 널리 알려진 식 중독균이다. Salmonella enterica Enteritidis MFDS1022168 은 인천보건환경연구원에서 계란에서 분리된 균주로, 이 균 주가 지니고 있는 병원성에 대한 genome 수준의 메커니즘을 이해하기 위하여 whole genome sequencing을 진행 하여 유전체를 분석하였다. PacBio Sequel 장비를 이용하 여 유전체염기서열 분석을 진행한 결과 invA를 비롯한 여 러 종류의 병원성유전자를 갖고 있는 것으로 확인됐다. 이 에 따라 해당 균주의 독성을 파악하기 위해 유전체분석을 진행하였다. 유전자 총 수 예측 결과, 4,776개의 CDSs, 84 개의 tRNA, 22개의 rRNA를 보유한 것으로 나타났다.

In this study, we have determined mitochondrial genome of Matsucoccus thunbergianae isolated in Korea. The circular mitogenome of M. thunbergianae is 15,406 bp including 13 protein-coding genes, two ribosomal RNA genes, and 22 transfer RNAs. AT ratio is 78.2%. Maximum-likelihood and Bayesian inference phylogenetic trees show that M. thunbergianae is clustered with M. matsumurae, and family Margarodidae is clustered with family Pseudococcidae with enough supportive values.

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum biovar Gallinarum causes fowl typhoid in poultry. In this study, we isolated Salmonella from a Korean retail chicken shell egg and performed whole-genome sequencing, from which we identified one chromosome (4,659,977-bp) and two plasmids (plasmid_1: 87,506 bp and plasmid_2: 2,331 bp). The isolate serotype was confirmed to be Gallinarum, with a biovar type of Gallinarum, which was finally identified as Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum biovar Gallinarum. Multilocus sequence typing confirmed that the isolate was that of sequence type 78. The antimicrobial resistance gene, aac(6')- laa, was identified on the chromosome, and 166 virulence genes were detected on the chromosome and plasmid_1.

국내에서 V. parahaemolyticus로 인한 식중독 사고가 지 속적으로 보고되고 있으며, 최근 국내 수산물 판매량 및 수산물 양식에 사용되는 항생제 판매량은 증가하는 추세 이다. 따라서 본 연구는 국내에 유통되는 수산물에서 분 리한 V. parahaemolyticus의 분포, 항생제 감수성, 유전적 특성 및 유전학적 통계를 조사하였다. 79건의 유통 수산 물로부터 47건(59.5%)에서 V. parahaemolyticus가 분리되 었다. 항생제 내성 양상의 경우, 총 47균주의 분리 균주에 서는 ampicillin에 2균주(4.3%)가 내성을 보였으며, 이외 균주는 모든 항생제에 대해 감수성을 보였다. 항생제 내 성 유전자의 경우, 모든 균주(100%)로부터 blaCARB family gene, tet(35), catC가 확인되었으며, 1균주(2.1%)에서는 fos 가 확인되었다. 병원성 유전자 여부의 경우, 모든 분리 균 주에서 tdh, trh 유전자는 확인되지 않았으나, T3SS1은 모든 균주(100%), T3SS2는 1균주(2.1%)에서 확인되었다. MLST의 경우, 17균주로부터 15가지의 ST가 확인되었으 며, ST 658가 3균주, 이외 14가지 ST는 1균주씩 확인되 었다. 확인된 ST는 대부분 중국, 태국 등의 환경 분리주로 확인되었으며, ST 396, ST 3042는 중국 임상 분리주로부터 확인되었다. 이로써, 최근 국내에 수산물과 관련한 식중독, 유통량, 항생제 판매량 등의 추세에 따른 위험성에 V. parahaemolyticus에 대한 지속적인 연구가 필요할 것으로 사 료되며, 본 연구는 그에 대한 도움이 될 것이라 사료된다.

Athalia japonica (Klug, 1815) is a significant insect pest of turnips in Korea. The complete mitochondrial genome of this species isolated in Korea is reported in this study, which is the first attempt to study Korean Athalia species. The circular genome is 15,662 bp in length and consists of 13 protein-coding genes, two rRNA genes, 22 tRNA genes, and an A+T-rich region. Consistent with most members of the genus Athalia, five of the tRNA genes are rearranged from the typical ground pattern of ancestral insect gene order. Phylogenetic analyses inferred from the nucleotide sequences of 25 mitochondrial genomes indicate that the Korean A. japonica is a distinct member of the genus Athalia. This study accumulates mitochondrial genome data of A. japonica from various countries, providing useful information on mitochondrial genetic differences across geographical distances in the East Asian region.

Nicrophorus Fabricius, 1775, commonly known as necrophagous beetle, is associated with vertebrate carrion. Up to date, the genus consists of 72 species worldwide. In recent years, various phylogenetic studies explored on the evolution and relationship of the species in the genus. However, morphological and molecular phylogenetic studies produced conflicting results, continuing the problem over whether Nicrophrous quadraticollis is monotypic or not. The present study is to report the complete mitochondrial genome (mitogenome) of N. quadraticollis that was sequenced in prior to a systematic research of Silphinae. It was 17,747bp in length and comprised 12 protein-coding genes(PCGs), 2 rRNA Genes, 22 tRNA Genes and one non-coding region. The nucleotide composition is 40.9% for A, 36.7% for T, 9.0% for G and 13.4% for C.

The clearwing moth, Synanthedon bicingulata (Staudinger, 1887), is a pest that infests various species of cherry trees. However, genetic information regarding the genus Synanthedon including S. bicingulata, is limited. In this study, we sequenced a complete mitochondrial genome (mitogenome) of the species. The 16,255 bp of S. bicingulata mitogenome differs from the typical gene arrangement formed in Lepidoptera: trnQ-trnS2-trnM-trnI arrangement between the A+T-rich region and the ND2 junction. Moreover, the genome has untranslated repetitive sequences in the intergenic space between lrRNA and trnV, as well as the CGA start codon in COI and the TTG start codon in ATP8. Similar observations are noted in species belonging to the tribe Synanthedonini within the genus Synanthedon.

차세대 염기서열 분석(Next Generation Sequencing, NGS)은 대량의 병렬 데이터 생산으로 유전체의 염기서열 을 고속으로 분석하는 기술이며, 이 기술은 바이러스 유전체 분석에도 광범위하게 사용되고 있다. 하지만, 바이 러스의 전장 유전체가 100kb를 넘을 경우, 동일한 raw data라도 분석 방법 및 소프트웨어 그리고 매개변수 (parameter)에 따라 유전체의 크기와 구조가 다르게 결정된다. 따라서 유전체가 큰 바이러스 분석 시, 최적화된 NGS 분석 방법을 선택하는 것이 중요하다. 본 연구는 장수풍뎅이 누디바이러스(Oryctes rhinocerous nudivirus, 120kb) 유전체를 기반으로, 다양한 Assembly 소프트웨어(metaviralSPAdes, metaSPAdes, velvet, shovill, Geneious, megahit)를 사용하여, 최적화된 NGS 분석 방법을 고안하였다. Assembly 소프트웨어에 따라 바이러스 유전체 크기와 특징(Single Nucleotide Polymorphism, Insertion&Deletion, repetitive genomic variants)의 차이를 확인하였 다. Assembly 소프트웨어 간의 차이가 있는 염기서열은 Sanger sequencing을 통해 재확인하여, 참조 유전체 (reference sequence)를 구축하였다. 이 참조 유전체를 기반으로 가장 정확한 Assembly 소프트웨어와 parameter를 평가하였다. 본 연구는 분석 방법에 따라 달라지는 유전체의 특성을 이해하고, 바이러스 유전체를 정확하게 구축 하는 분석 파이프라인을 제공할 것으로 기대된다.

Urbanization is a driving force of global biodiversity changes, and species that successfully adapt to city environments can become pests with the assistance of human factors. Here we present the first genomic data of Plecia longiforceps, an invasive pest exhibiting intensive outbreaks in the Seoul Metropolitan Area of Korea. HiFi and Pore-C sequencing data were used to construct a highly continuous genome assembly with a total size of 707 Mb and 8 major pseudochromosomes. Gene annotation using transcriptome data and ab initio predictions revealed significant numbers of genes related to detoxification and heat tolerance. Comparison to the Bibio marci genome showed high levels of synteny with some regions of chromosomal rearrangement. Our data will serve as an essential resource for population and functional genomic studies on dispersal and outbreaks of P. longiforceps, and facilitate research on eco-evolutionary processes of dipterans in urbanizing habitats.

This study focused on the genomic analysis of Anopheles kleini and Anopheles pullus, both vectors of vivax malaria within the Anopheles Hyrcanus group. Using Illumina NovaSeq600 and Oxford Nanopore platforms, we identified 126 and 116 contigs, along with 40,420 and 32,749 genes from An. kleini and An. pullus, respectively. The assembled genome sizes were 282 Mb for An. kleini and 247 Mb for An. pullus, which are within a similar range to the sizes previously estimated by digital PCR (249 Mb and 226 Mb). We are currently also estimating the genome sizes of other Anopheles spp. and manually curating key genes determining vectorial capacity.

Tropilaelaps mercedesae Anderson and Morgan, 2007 (Acari: Laelapidae) is a serious ectoparasite of the brood of several honey bee species. Among the four recognized species of Tropilaelaps, Korean population was renamed as T. mercedesae from T. clareae on the basis of morphological evidences and genetic data. In this study, we report the complete mitochondrial genome (mitogenome) sequence of T. mercedesae. The 15,119-bp long mitogenome has an identical gene arrangement to that of Chinese sample reported previously. Comparison of two geographic samples showed COII, ND5, ND4, ND6, CytB, and ND1 to have higher number of variable sites than COI, which is often used for population-level study, suggesting these genes to have potential usefulness for population genetic study. The mitogenome sequence of T. mercedesae from Korea could be useful for species identification for geographic samples, trace of the origin of local populations, and illustration of evolutionary distinction among Tropilaelaps species either using part of or whole genome.

한국 귀뚜라미 산업은 최근 큰 성장을 보였으며, 수직농장을 이용한 대량생산과 기술발전으로 사육수와 판매 량이 늘어나는 추세다. 그러나 귀뚜라미 사육시스템은 농가 간의 교류 및 밀집 사육으로 인해 곤충병원체에 의한 전염병에 매우 취약한 구조를 가진다. 사육 곤충의 질병을 이해하는 것이 중요함에도 곤충병원성 미생물에 대한 연구가 부족한 실정이다. 본 연구는 국내 쌍별귀뚜라미 농가에서 발견된 볼보바이러스를 식별하였으며, Gryllus bimaculatus volvovirus (GbVVV-KR)의 게놈 특성을 분석하였다. GbVVV-KR의 전체 게놈 서열은 Sanger 시퀀싱 을 통해 얻어졌으며, 게놈 크기가 2,515개 뉴클레오티드인 원형 단일가닥 DNA 바이러스임을 밝혔다. 단일 핵산 염기 다형현상 분석(Single nucleotide polymorphism, SNP)으로 정지코돈 돌연변이로 인한 ORF3 영역이 다른 귀뚜 라미 volvovirus 들에 비해 큰 변화를 확인하였다. 또한, 전국 11개 농장에서 수집한 귀뚜라미를 대상으로 PCR/qPCR을 실시하여 GbVVV-KR의 감염 정도를 확인하였다. 이러한 결과는 GbVVV-KR의 게놈 구조와 유전 적 특성, 계통발생 및 유병률에 대한 귀중한 통찰력을 제공하고 귀뚜라미 바이러스에 대한 이해를 도울 것으로 기대한다.

Chromosomal level of Korean Diadegma fenestrale (Jeju strain, JK-2023a) of genome assembly was achieved through a combined approach utilizing Nanopore long-read sequencing and Illumina NovaSeq short-read sequencing (approximately 217.2× coverage). The assembled genome spans 221.1 Mb, comprises 68 scaffolds, with most of the genome contained within 11 chromosomal level scaffolds. The completeness of the assembly is reflected in BUSCO assessment, with values reaching 99.6%. Scaffold N50 was 17.4 Mb, and GC % was 40%. RNAseq was performed using RNA extracted from larvae, pupae, and adults at various developmental stages (trimmed RNA-Seq data, 11.3 Gb), and a total of 13,544 genes were predicted by synthesizing the transcriptome information with the annotation information of five closely related species such as, Campoletis sonorensis (GCA_013761285.1), Venturia canescens (GCF_019457755.1), and Nasonia vitripennis (GCF_000002325.3, and GCF_009193385.2). Of these, 13,498 genes were identified by BLAST and are being further analyzed. Although the frequency of DfIV genome integration into the host’s 11 chromosomes varies from 0 to 32%, it was confirmed that all 62 DfIV genome fragments were inserted into the Hymenopteran host genome.