본 연구는 한우의 전장유전체 내에 존재하는 단일염기 다형성(SNP)에 대해 DNA chip 분석을 통해 각 개체의 유 전자형을 파악하고, SNP 표지인자간 연관불평형의 크기를 알아보기 위해 실시하였다. 강원도에서 사육되고 있던 한 우 거세우 139두의 조직을 채취하여 DNA를 추출하였으 며, Bovine SNP50K BeadChip 분석을 이용하여 분석에 사 용 가능한 최종 35,769개의 SNP 표지인자를 얻어 연관성 분석을 실시하였다. 분석에 이용된 SNP 표지인자의 총 길 이는 2499.26Mb이었고, 전장 유전체에서 평균 대립유전자 빈도(MAF)는 0.273이었으며, SNP 표지인자간의 평균 거 리는 0.060과 0.082 사이에 분포하였다. 강원지역 내 한우 거세우를 이용하여 확인한 본 실험 결과는 기존의 전국의 한우를 대상으로 한 연구결과와 유사한 패턴을 보였다. 50Kb 이하로 인접한 거리를 갖는 SNP 표지인자들의 연관 불평형 값(r2)이 0.2 초과인 인자가 34%로 나타났다. 또한 SNP 표지인자간 거리가 멀수록 측정값이 떨어지는 지수형 식의 그래프를 보였다. 염색체별로 구분한 40kb 이하로 인 접한 SNP표지인자의 연관불평형 값(r2)은 0.2 이하로 나타 난 것이 총 7개(13, 15, 19, 23, 25, 28, 29번 염색체)였다. 종 합하여 볼 때, 본 연구 결과는 강원한우의 유전적 개량을 이 용한 기초자료로서 활용될 수 있을 것이며, 유전적 개량을 이용한 육종시스템에 도움을 줄 수 있을 것으로 기대된다.

돼지는 경제적으로 중요한 동물이며, 장기 이식용 동물들 중 인간의 장기와 크기 및 구조가 유사한 돼지에 대한 연구가 활발하게 이루어지고 있다. 그 중 Major Histocompatibility Complex(MHC)는 돼지에서 SLA(Swine Leukocyte Antigen)이라 불리어지며, 이종장기 이식시 면역거부 반응에 매우 중요한 역할을 한다. 본 연구는 돼지 SLA class Ⅲ 영역에 존재하는 다양한 SNP들의 haplotype을 추정하고, 이를 이용한 계통발생학적 분류와 LD block을 조사함으로써 SLA class Ⅲ 영역 내에 존재하는 많은 SNP들이 어떤 조합의 형태로 다음 세대로 전달되는 지를 규명하고자 실행하였다. SLA class Ⅲ 영역의 haplotype을 조사하기 위해 약 10 kb 간격으로 48개의 SNP들을 선발하였고, 8품종(총 111두)에서 111개의 haplotype을 확보하였다. Principal Component Analysis(PCA)를 수행한 결과 미니돼지는 독립적인 group을 형성하였으며, Large White, Landrace, Berkshire가 하나의 group을 형성하였다. 또한 한국 재래돼지와 Duroc, 한국 야생멧돼지와 Tongcheng pig가 각각 group으로 형성되었다. SLA class Ⅲ 영역에서 선발한 48개 SNP들의 LD를 추정한 결과 모든 품종에서 SNP들 사이의 LD block이 형성되지 않았다. 이는 haplotype이 고정되어 지지 않는 이유와 마찬가지로, SLA class Ⅲ 영역에 존재하는 SNP들이 면역 또는 질병과 연관되어 있어 같은 품종 내 에서도 다형성을 보이는 것으로 사료된다.

To reveal the linkage relationship between the Ms locus, a restorer-of-fertility gene for cytoplasmic male-sterility (CMS) caused by CMS-S cytoplasm in onion (Allium cepa L.) and previously reported molecular markers linked to the Ms locus, 11 recombinants selected from 4,273 segregating plants originating from the cross between male-sterile maternal and male-fertile paternal lines were analyzed. Results showed that genotypes of a codominant marker, jnurf12, were perfectly matched with the male-fertility phenotypes in all recombinants, but that this marker was not applicable in diverse breeding lines due to multiple band patterns. For the development of more reliable markers, a 12-bp indel was identified from the sequences which were obtained by genome walking, and was used to develop a simple PCR marker which was designated jnurf13. When 104 diverse breeding lines containing CMS-S cytoplasm were analyzed with the jnurf13 marker, male-fertility phenotypes of all breeding lines were perfectly matched with marker genotypes. To our surprise, phenotypes of 153 breeding lines containing CMS-T-like cytoplasm were also matched with genotypes of the jnurf13 marker which was linked to the Ms locus for the CMS-S system. Furthermore, phenotypes of four F2 populations containing CMS-T-like cytoplasm co-segregated perfectly with jnurf13 genotypes. Allelic segregation distortion was detected in two F2 populations using the jnurf13 maker. The results of this study were in conflict with a previous model for inheritance of fertility restoration in the CMS-T system. Therefore, we proposed a new model based on the data analyzed with the jnurf13 marker, which was in linkage disequilibrium with restorer-of-fertility genes for both CMS systems.

The present study was carried out to assess the genetic diversity, population structure and linkage disequilibrium in Korea. In model-based population, Korean rice germplasm were classified into four subpopulaton designated as indica cultivated, japonica cultivated, indica weedy, and japonica weedy were identified. Pair-wise estimates of FST indicated a different degree of differentiation between the four model-based populations with values ranging from 0.073 (between japonica cultivated and japonica weedy) and 0.474 (between japonica weedy and indica weedy). The indica weedy population appeared to be highly differentiated as compared to other populations. The indica cultivated have the highest gene diversity (0.58), followed by japonica cultivated (0.50), japonica weedy (0.42) and indica weedy (0.35). The total number of specific alleles in indica weedy and japonica weedy populations was 39 alleles (23 markers) and 55 alleles (22 markers), respectively. An average of LD (r2) value of indica weedy and japonica weedy type was higher than two other populations, both in inter- and intra-chromosome, indicating the possible reproductive and geographical isolations of sub-populations in cultivated rice fields.