수염풍뎅이(Polyphylla laticollis manchurica)는 과거에는 흔히 발견되었으나, 1970년대 이후 한반도 내 개체수 가 급격히 감소하여 2005년 환경부에 의해 멸종위기 야생생물 Ⅰ급으로 지정되었다. 또한 해당종의 분자생물학적 연구는 멸종위기종이라는 특성으로 인해 제한적으로 진행되었다. 그로 인해 NCBI 등 공공 데이터베이스에서 제공되는 서열정보들 또한 부족한 실정이다. 이 연구는 이러한 한계를 극복하고 수염풍뎅이의 유전적 특성을 규명하기 위해 생물정보학적 기술을 활용하여 전사체 분석을 진행하였다. Illumina HiSeq 2500 플랫폼을 사용하여 53,433,048개의 RNA reads를 얻었으며, Trinity와 TGICL을 이용한 De novo 어셈블리 분석을 통해 18,172개의 unigenes를 생성하였다. 생성된 unigenes는 GO, KOG, KEGG, PANM DB를 활용하여 annotation을 진행하였다. 그 결과, GO 분석에서는 ‘binding and catalytic activities’와 관련된 항목이 높은 발현을 보였으며, KOG 분석의 경우 ‘Cellular Processes and Signals’ 범주가 높은 비율을 나타내었다. KEGG 분석을 통해 2,118개의 unigenes가 metabolic 카테고리에 annotation된 것을 확인하였다. SSR 모티프 분석에서는 AT/AT (42.90%) 모티프, AAT/ATT (13.13%) 모티프 순으로 많이 나타나는 것을 확인하였다. 이 연구를 통해 분석한 결과 들을 이용하여 유전자원 및 종 정보를 실시간 제공 및 정보 공유가 가능하도록 Database 및 web-interface를 구축하 였으며, 이러한 자료들은 국내 멸종위기종인 수염풍뎅이의 고유한 유전적 특성을 발굴 및 확보할 수 있는 기반자 료로써 활용될 수 있을 것으로 사료된다.
Recently, it is demonstrate that the invertebrates have a immune memory, called Immune priming (IP). It was partially studied that the IP is mainly regulated by epigenetic modification. Here, to understand the IP on antimicrobial peptides (AMPs) production, we investigated larval mortality and time-dependent expression patterns of AMP genes in T. molitor larvae challenged with E. coli (two-times injection with a one-month interval). Interestingly, the results indicate that the higher and faster expression levels of most AMP genes were detected compared to the non-primed T. molitor larvae. Our results may used to improve the understanding of mechanisms of invertebrate immune memory.
지속적인 기후변화로 인해 매개 곤충을 통한 다양한 신종감염병이 국제적으로 확산되고 있으며, 발생빈도 또한 증가하는 추세이다. 이러한 매개질병을 관리하기 위해서는 질병을 매개하는 매개체에 대한 정보와 지속적 인 모니터링이 필요하다. 이 연구는 제3급 법정 감염병으로 지정된 중증열성혈소판감소증후근(Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome, SFTS) 및 라임병(Lyme disease) 등의 매개체로 알려져 있는 참진드기를 대상으로 충남 당진 일대에서 2018년부터 2023년까지 총 6년, 4월-11월의 기간동안 월 1회 4개의 환경(무덤, 산길, 잡목림, 초지)에서 드라이아이스 유인트랩을 사용하여 발생밀도를 조사하였다. 그 결과 2018년 16,996마리, 2019년 16,698마리, 2020년 6,417마리, 2021년 7,380마리, 2022년 3,451마리, 2023년 3,465마리로, 총 54,407마리가 채집되 었으며, 초지에서 가장 많이 채집되었다. 채집된 참진드기는 2속 3종으로 작은소피참진드기(Haemaphysalis longicornis), 개피참진드기(H. flava), 일본참진드기(Ixodes nipponensis)이며, 작은소피참진드기 (H. longicornis) 가 42,489마리(78.09%)로 높은 우점도를 보였으며, SFTS 보유 여부를 확인하기 위해 RNA 추출 및 Nested RT-PCR 단계를 걸쳐 전기영동을 수행하였으나 양성 검체는 0건으로 확인되었다. 이러한 연구 결과는 SFTS의 주요 매개 체인 참진드기 발생 양상 파악 및 매개 질병 관리 전략 수립에 기초 자료로서 활용될 수 있을 것으로 사료된다.
국립기상연구소의 보고에 의하면 최근 한반도의 기온 상승으로 인해 온대내륙성 기후형에 속했던 지점은 온대해양성 기후형으로, 온대해양성 기후형은 아열대습윤 기후형으로 변화하고 있다. 이러한 한반도의 기후 변화는 환경 변인에 민감한 질병 매개 곤충의 분포와 밀도 변화에 영향을 미칠 수 있어 지속적인 모니터링이 중요하다. 이 연구는 철새도래지 내 발생 및 유입될 수 있는 모기와 관련 바이러스 감염률을 확인하기 위해 충남 당진의 철새도래지에서 BG-sentinel trap 및 LED trap을 사용하여 2021년부터 2023년까지 4-11월간 월 2회 수행하 였다. 채집된 모기는 총 3,723마리로, 4속 16종을 확인하였다. 그 중 금빛숲모기 (Aedes (Aedimorphus) vexans nipponii) 가 1,711마리(45.96%)로 가장 높은 우점도를 나타냈으며, 흰줄숲모기 (A. (Stegomyia) albopictus) 와 큰검 정들모기 (Armigeres (Armigeres) subalbatus) 각각 588마리(15.79%), 빨간집모기 (Culex (Culex) pipiens pallens) 269마리(7.23%)로 나타났다. 채집된 모기의 Flavi-virus 감염 여부를 확인하기 위해 RNA 추출 및 RT-PCR을 통해 확인하였으나, 모두 음성으로 확인되었다. 이러한 연구 결과들은 기후변화에 맞추어 변화하는 감염병 매개 모기 의 발생 현황을 감시·예측하는데 유의한 자료로 활용될 수 있으며, 향후 모기 매개 질환 발생을 예측하기 위한 기초 자료로 활용될 수 있을 것으로 사료된다.
털진드기 유충 (Acari: Trombiculidae)은 쯔쯔가무시증을 전파하는 주요 매개체이다. 털진드기 유충의 발생량 은 가을철에 증가하는 것으로 알려져 있지만, 환경 및 시기에 따라 발생 패턴이 다르게 나타날 수 있어 각 지역에 대한 조사가 필요하다. 이 연구는 충남 예산의 털진드기 발생 양상을 확인하기 위해 2017년부터 2023년까지 36-51 주차 (9-12월)에 걸쳐 현장 조사를 수행하였다. 논, 밭, 수로, 초지에 5m 간격으로 털진드기 트랩을 환경별로 5개씩 설치하여 채집하였다. 그 결과 총 3,257개체로 2017년 1,104마리, 2018년 785마리, 2019년 650마리, 2020년 160마 리, 2021년 139마리, 2022년 233마리, 2023년 186마리 채집되었다. 동정 결과 5속 12종이 확인되었으며 둥근혀털 진드기(Neotrombicula tamiyai)가 1,882개체(57.78%)로 우점도가 가장 높게 나타났다. 이러한 발생 양상에 관한 연구는 매개 질환의 예방 및 관리 전략 수립에 있어 중요한 기초 자료로 활용될 수 있으므로 지속적인 연구와 모니터링이 필요할 것으로 사료된다.
2D 퍼즐은 인기있는 보드게임이다. 2D 퍼즐을 완성하는 기술은 많이 연구되었다. 하지만 2D만으로는 대상 을 효과적으로 표현하기 어렵다는 한계가 있다. 본 연구에서는 영상으로부터 높이를 가진 2D+ 레고 퍼즐을 생성하는 방법을 제안한다. 이를 위해서 본 연구에서는 영상의 높이 맵과 분할 맵의 정보를 활용한다. 우리 는 2D+ 퍼즐에 적용하기위해 다양한 대상의 높이 및 영역 정보를 적절하게 처리해야한다. 이러한 이유로, 우리는 깊이 맵과 분할영역 맵을 추출하기 위해 모델에 심층 학습 모델을 적용한다. 높이 맵을 추출하기 위 해 우리는 CelebAMask-HQ dataset으로 학습한 BiseNet을 채택했다. 그리고 분할 맵을 얻기 위해 NYU Depth V2 dataset으로 학습한 DenseDepth를 사용했다. 입력 영상에 대해서 저해상도 영상 및 높이 맵과 분할 맵을 추출하고, 저해상도 영상을 레고 브릭의 색 팔레트를 적용한 영상에 대해서 높이 맵과 분할 맵 정보를 적용해서 높이를 가진 2D+ 픽셀 아트 영상을 생성한다. 그리고, 이 픽셀 아트 영상에 대해서 같은 높이와 같은 색을 가진 픽셀들에 대해서 최대한 큰 브릭을 적용하는 그리디 알고리즘을 적용해서 2D+ 레 고 퍼즐을 완성한다. 본 연구에서는 다양한 초상화를 대상으로 2D+ 레고 퍼즐을 완성하는 예를 제시하였으 며, 그 중 하나를 직접 제작하여 그 결과를 제시한다.
Clubroot is a devastating disease caused by Plasmodiophora brassicae and results in severe losses of yield and quality in Brassica crops including Brassica oleracea. Therefore, it is important to identify resistance gene for CR disease and apply it to breeding of Brassica crops. In this study, we applied genotyping-by-sequencing (GBS) technique to construct high resolution genetic map and mapping of clubroot resistance (CR) genes. A total of 18,187 GBS markers were identified between two parent lines resistant and susceptible to the disease, of which 4,103 markers were genotyped in all 78 F2 plants generated from crossing of both parent lines. The markers were clustered into nine linkage groups spanning 879.9 cM, generating high resolution genetic map enough to refine reported reference genome of cabbage. In addition, through QTL analysis using 78 F2:3 progenies and mapping based on the genetic map, two and single major QTLs were identified for resistance of race 2 and race 9 of P. brassicae, respectively. These QTLs did not show collinearity with CR loci found in Chinese cabbage (Brassica rapa) but roughly overlapped with CR loci identified in cabbage for resistance to race 4. Taken together, genetic map and QTLs obtained in this study will provide valuable information to improve reference genome and clubroot resistance in cabbage.
This study was carried out to develop a prom ising japonica rice variety resistant to brown planthopper(Bph) through marker-assisted selection(MAS) and backcross breeding methods. 'Milyang 64' which is known as resistant japonica variety to Bph used as a
This experiment was conducted to elucidate the relation-ship between vertical distribution of rice roots and yield traits under field conditions. Eight IRRI's new plant type rices (NPTRs) were tested in a volcanic ash soil paddy field under dense (IO 10 cm) and common (20 20 cm) planting densities. These lines were evaluated to have more spikelet numbers per panicle (SNP), lower filled grain rate (FGR), and lower rough grain weight per hill (RGWH). In dense planting, rough grain weight per stem (RGWS) was increased due to heavier culm and leaf dry weight (CLDW), and both RGWS and CLDW were related with the percentage of root distribution (%RWI) in the 10~30 cm soil layer, while in common planting, RGWS was not closely related with CLDW. SNP was highly related with root dry weight (RDW) in the 0~10cm soil layer. FGR was mainly affected by ROW in the 10~30 cm soil layer under both planting densities. RGWS was positively correlated with top dry weight (TDW) and harvest index (HI), and TDW was positively correlated with RWI under common planting or %RWI under dense planting, and HI was positively correlated with RWI in the 10~30 cm soil layer only under dense planting. RGWS was closely related with root weight index by dry weight (RWI) in the 10~30 cm soil layer and %RWI in the 0~30 cm or 10~30 cm soil layer under dense planting, and with only RWI in the 10~30 cm soil layer under common planting. But RGWH showed the close positive relationship with RDW and RWI in the 10~30 cm soil layer under dense planting, while under common planting, it showed the close positive relationship with RWI and %RWI in the 10~30 cm soil layer or %RWI in the 0~30 cm soil layer. The deeper root system in rice, especially under dense planting, is important for high yield of NPTRs focusing on the increment of top mass production and harvest index.
자포니카 벼 내염성 품종육성을 위한 모본들의 조합능력을 아는 것은 교배친의 선정과 육종효율면에서 대단히 중요하다. 본 연구는 유묘기 내염성 관련형질에 대해 내염성 정도가 다른 9개 품종을 가지고, 이면 교배를 실시하여 모본 및 F1 에 대한 유묘기 내염성 검정을 통하여 조합능력을 평가할 목적으로 수행하였다. 유묘기 내염성 평가형질에 대한 일반조합능력 및 특수조합능력은 친품종간 및 F1 간에 고도로 유의한 차이가 있었으며, 특히 일반조합능력이 특수조합능력보다 크게 나타나서, 여기에는 상가적 유전자작용이 비상가적 유전자작용보다 훨씬 크게 관여하고 있음을 알 수 있었다. 각 모본들에 대한 일반조합능력은 Gaori, Namyang 7 그리고 Agami M1 같은 내염성 품종들이 지상부 건물중 및 뿌리 건물중 감소율에서 모두 다른 친품종들에 비하여 우수하였다