본 연구에서는 수산물 시료 중 Salmonella spp. 검출을 위해 단시간의 전배양(2시간 이내)과 탈염과정을 포함한 DNA 추출법을 사용하여 분자생물학적 검출을 위한 수산 물 전처리 방법에 대해 연구하였다. 배양 시간에 따른 증 균 효율을 탐색하기 위해 100, 101 및 102 CFU/mL농도 의 Salmonella spp. 5종을 NB 0.5에 접종하여 증균 전, 1시간 및 2시간 동안의 증균 효율을 비교하였다. 그 결 과, 2시간 동안 모든 농도에서 약 1 log CFU/mL가 증균 되어 초기 농도와 유의적인 차이가 나타났다. 또한 지역 별 패류시료에 S. Typhimurium을 인위적으로 감염시킨 뒤 DNA를 추출하여 염농도를 측정한 결과, 모든 시료의 염농도가 0%로 DNA 추출과 동시에 탈염이 이루어진 것 을 확인하였다. 이후 추출한 DNA를 사용하여 PCR을 수 행한 결과 모든 시료에서 S. Typhimurium의 특이적 양성 밴드가 확인되었다. 다음으로 수산물 시료 중 Salmonella spp. 검출을 위한 증균 과정과 탈염을 포함한 DNA 추출 방법의 검증을 위해 멸균 홍합시료 및 비멸균 홍합시료 에 Salmonella spp. 5종을 인공적으로 약 100, 101, 102 CFU/g의 농도로 오염시켜 전배양과 DNA를 추출하여 PCR로 특이적 증폭 밴드의 여부를 확인한 결과, 모든 농 도의 Salmonella spp. 5종에서 특이적 밴드가 확인되었다 . 결과적으로 본 연구에서 제시한 전배양 및 DNA 추출 방법을 포함한 전처리 방법과 PCR을 사용하여 수산물 시 료에서 10 CFU/g 미만의 Salmonella spp.를 검출하였으 며, 시간과 비용면에서 효율적이며 과정이 복잡하기 않기 때문에 수산물의 처리 현장에 활용될 수 있을 것으로 기 대된다.

기존의 L. monocytogenes 증균배지를 개량함으로써 증균배지를 개발하여 L. monocytogenes의 증균 효율을 높이며, DNA 추출에 사용되는 용해버퍼 및 용해조건을 개발함으로써 식육 및 식육가공품에서 L. monocytogenes를 효 율적이고 신속하게 검출하고자 하였다. 식품공전에 등재 되어 있는 L. monocytogenes 증균배지의 증균 효율을 비 교하였으며, Listeria Enrichment Broth (LEB)가 가장 우수한 증균 효율을 보였다. LEB에 탄소원, 질소원, 미네랄 등 다양한 성분을 첨가하여 증균배지를 개발하였으며, 그 결과 LEB에 0.1% pyruvate, 0.1% ferric citrate를 첨가한 개발 증균배지에서 L. monocytogenes가 가장 빠르게 증균되었다. L. monocytogenes의 DNA를 신속하고 효율적으로 추출하기 위해 용해버퍼와 용해조건을 개발하였으며, 그 결과 0.5% 또는 1% N-lauroylsarcosine sodium salt에 0.5 N NaOH와 0.5 M EDTA가 혼합된 용해버퍼를 이용하여 실온에서 30분 간 L. monocytogenes 세포를 용해시키는 것 이 DNA의 순도와 수율, 신규성과 경제적 측면에서 가장 우수한 것으로 확인되었다. 결론적으로 본 연구에서 개발 된 증균배지 및 DNA 추출법을 활용한다면 식육 및 식육 가공품에서 L. monocytogenes를 보다 신속하게 검출할 수 있을 것이다.

본 연구에서는 가축분퇴비에 존재할 수 있는 식중독균 의 검출을 위하여 기존의 배양을 이용한 방법을 대체할 수 있는 real-time PCR을 적용하고자 하였으며, 이에 따라 유전자 증폭에 영향을 미치는 DNA 추출 방법에 따른 식중독균 검출 효율을 비교하였다. 적용한 방법은 가열 처리, 유기용매 및 흡착제 처리, 효소 처리의 3가지로 구분 할 수 있으며, 각 방법에 따른 DNA의 검출 효율을 실험 결과로 나타내었다. 가열 처리 방법에서는 가열 시간의 증가에 따라 DNA 검출 효율이 높아지는 경향을 나타냈으며, 유기용매 및 흡착제는 효과를 나타내지 않았고, 효소 처리의 경우에는 그람 양성균 보다는 그람 음성균의 DNA가 추출 효율이 더 높은 것으로 나타났다. 결론적으로 퇴비에서 30분 이상의 가열 처리와 효소의 처리를 통한 DNA 추출 방법은 real-time PCR을 적용한 식중독균 검출에 적합한 것으로 판단된다.

멸구과(Delphacidae) 8종의 internal transcribed spacer 2 (ITS2) DNA 염기서열로 종간 차이 추정값을 비교하고 분자계통수를 추론하였다. ITS2 DNA 염기서열 길이는 종(species)마다 550 bp (흰등멸구)에서 699 bp (겨풀멸구)까지 차이를 보였다. 같은 Nilaparvata 속의 겨풀멸구와 벼멸구붙이 사이 의 염기서열 차이 추정값(d ± S.E.)은 0.001 ± 0.001로 가장 낮았으며, 사슴멸구와 일본멸구 사이는 0.579 ± 0.021로 가장 높았다. 벼멸구와 다른 멸구류들 과의 종간 염기서열 차이 추정값은 0.056 ± 0.008 (겨풀멸구)에서부터 0.548 ± 0.021 (일본멸구)로 구분되었다. 반면, Neighbor-joining 방법으로 추론된 분자계통수에서는 겨풀멸구와 벼멸구붙이를 제외하고 나머지 멸구류들은 독립된 다른 그룹으로 분지되었다. 벼멸구의 ITS2 염기서열을 참고하여 벼멸구 특이 고리매개등온증폭(loop-mediated isothermal amplification, LAMP) 프라이머 4 세트(BPH-38, BPH-38-1, BPH-207 및 BPH-92)를 제작하였다. 이들 각각을 벼멸구, 흰등멸구 및 애멸구의 게놈 DNA와 65°C에서 60분간 반응시켰을 때, 벼멸구 시료에서만 증폭 산물들이 관찰되었다. BPH-92 LAMP 프라이머 세트로 65°C에서 벼멸구 DNA의 양(0.1 ng, 1 ng, 10 ng, 100 ng)과 반응시간(20분, 30분, 40분, 60분)을 달리하여 형광반응을 관찰하였을 때, 20분과 30분 반응에서는 100 ng 까지에서도 발광여부 구별이 어려웠다. 그러나 40분 반응에서는 10 ng 이상에서, 60분 반응에서는 0.1 ng 이상에서 발광여 부가 명확히 구별되었다.

폴리플루오렌(polyfluorene) 기반의 양이온성 공액 고분자를 형광 공명 에너지 전달(fluorescenceresonanceenergytransfer;FRET) 에너지 주게로, fluorescein(Fl)이 레이블 된 단일 가닥 DNA(ssDNA-Fl)를 에너지 받게 물질로 이용하여 DNA 검출 시스템의 감도 향상을 위한 연구를 수행하였다. FRET 속도는 에너지 주게-받게 간 거리에 매우 민감하여 주게-받게 간의 거리가 감소함에 따라 FRET의 효율은 증가하나, 이와 동시에 광 유발 전자 전달 (photo-inducedchargetransfer;PCT)이 경쟁적으로 일어난다. 이러한 PCT 과정은 FRET과 경쟁관계에 놓여있으며, FRET에 의해 유도된 센서 신호의 실질적인 세기를 감소시킨다. PCT 형광억제 현상 역시 거리에 매우 민감하여 주게-받게 간 거리가 증가함에 따라 지수함수적으로 감소한다. 따라서 에너지 주게 및 받게 사이의 거리를 조절하고 FRET과 PCT 간의 경쟁을 제어하기 위해 Layer-by-Layer(LbL) 기술을 도입하였다. 정전기적 인력에 따른 전해질의 흡착을 이용하여 전해질 다층 박막을 제작하고 전해질 층수를 달리함으로써, FRET 주게인 양 이온성 공액 고분자와 FRET 받게인 ssDNA-Fl 사이의 거리를 분자 수준에서 조절하였다. 이를 통해FRET에 의해 유도된 fluorescein의 형광 세기를 제어할 수 있음을확인하였다. LbL 기술을 이용한 분자 수준의 에너지 주게-받게 간 거리 제어를 통해 FRET과 PCT 사이의 경쟁을 제어함으로써 FRET을 기반으로 하는 고분자 바이온 센서의 DNA 검출 감도를 향상시킬 수 있으리라 예상된다.

The DNA probes Pn17 and Pn34 were evaluated for their ability to specifically detect clinical strains of P. intermedia and P. nigrescens from a Korean population by dot blot hybridization. These probes were sequenced by extension termination and their specificity was determined by Southern blot analysis. The results revealed that the Pn17 sequence (2,517 bp) partially encodes an RNA polymerase beta subunit (rpoB) and that Pn34 (1,918 bp) partially encodes both rpoB (1-169 nts) and the RNA polymerase beta subunit (rpoB'; 695-1918 nts). These probes hybridized with both HindIII- and PstI-digested genomic DNAs from the strains of P. intermedia and P. nigrescens used in this study. Interestingly, each of the hybrid bands generated from the HindIII-digested genomic DNAs of the two bacterial species could be used to distinguish between them via restriction fragment length polymorphism. These results thus indicate that Pn17 and Pn34 can simultaneously detect P. intermedia and P. nigrescens.

om llnique miRNA encoding genes and also from intergene seqllences. 80 far it is generally suggestecl that one miRNA could target multiple genes. and also several miRNAs could be orchestrated to downregulate a s pecific gene. However. there would be many possibilities to procluce more miRNAs and to target gene in more compli catecl manners tha n we expected Here‘ we developed a detection program of miRNA consensus sequences from non- cocling region of genetic corcls As the ha irpin structure 01' tRNA has step-loop like hybridi zation by a single strand RNA. the repeated 3-5 nt symmetric arrangement with 6- 12 nt spanning sequences for hail‘pin head is necessary to form a preCllrsor rruRNA The DNA base pair‘ polarity program symbolizecl by the electrostatic polarities of pyrimidine and purine is now reinforcecl by the cletection program fOI symmetric DNA strand from non-coding regions. For example, we iclentifi ecl candidate miRNAs targeting eIF5A mRNA (miR-eIF5A-l)‘ 288 ribosomal RNA (miR- 28S-1). and dentin sialophosphate protein mRNA (miR- D8PP-1). 1n t his study the detection methocl of 288 ribosomal RNA was demonstrated ancl the molecular biological effects 01' miRNA targeting in vitro culture system were evaluatecl by miRNA RT• PCR, Northen blot, siRNA interference, and in situ hybridization. We firstly sea rched the candidate miRNA from the intron sequences of each objectiγe gene using the programs of syrrunetric sequence cletection a ncl DNA base pair polarity, ancl secondarily siRNA procluced by in vitro transcription and inclucible lenti virus vector cons tru ction was transfectecl into HEK293 cells. The transfectecl siRNA of miR-28S-1 was accumulated in the nucleoli ancl inclllced apoptosis extens ively in 2 days cultur8. Northern blot using miR-288-1 probe showed strong reaction in t he 288 bancJ of total RNA and also showed a smeared band in small size representing the presence of t he precursor and mature miRNAs 이 miR-288-1. In in situ hyridi zation most of cells revealed intensive miR-288-1 positive reaction in their cytopl asms. mirni cking t he abllndant localization of 288 RNA From the above study. we presume that rniRNAs targeting s pecific genes are possibly derivecl from the in tron seq uences of the objective gene, and suggest that the symmetirc sequence detect ion ancl DNA base pair polarity program is useflll to define the candiclate miRNA

The magnetic ferrite nanoparticles were synthesized and coated by silica precursor in controlling the coating thicknesses and sizeses. The surface modification was performed with amino-functionalized organic silanes on silica coated magnetic nanoparticles. The use of functionalized self-assembled magnetic ferrite nanoparticles for nucleic acid separation process give a lot of advantages rather than the conventional silica based process.

본 연구는 319두의 서로 다른 품종에서 PSE육을 생산하는 PSS 돼지 출현빈도를 조사하였다(Yorkshire 150; Landrace 89 and Duroc 80). PCR-RFLP법을 이용하여 돼지의 모근을 DNA sample로 사용하여, PCR로 증폭된 유전자는 Cfo I 제한 효소로 절단하여 종돈에 존재하는 ryanodine receptor (RYR 1) 돌연변이 유전자의 출현빈도를 조사한 결과를 요약하면 다음과 같다. 모근에서 추출한 DNA를 주형으로 한 Primary PCR을 수행한 결과 ryanodine receptor 유전자 중 659bp의 증폭산물을 얻었으며, second PCR을 수행한 결과에서는 522 bp의 증폭산물을 얻었다. 이 증폭산물은 porcine ryanodine receptor 유전자의 exon 영역 중 PSS를 유발하는 point mutation(C→T; Arg→Cys) 부분을 포함하고 있으므로 Cfo I 제한효소에 의해 분석될 수 있으며, agarose gel 전기영동에 의하여 세 가지의 유전자형으로 분류할 수 있다. 정상 homotype(NN)은 두 개의 DNA band(439, 83bp)로 나타나며, 열성 homotype(nn)은 552 bp의 단일 밴드로 출현한다. 그리고 세 개의 밴드(522, 439 그리고, 83 bp)는 heterotype(Nn)의 잠재성 돼지로 표현된다. Yorkshire종에서는 정상돼지가 98.00%로 나타났으며, hetero 돼지는 2.00% 그리고, PSS돼지는 출현하지 않았다. Landrace 돼지에서는 정상돼지가 87.64%로 나타났으며, hetero 돼지와 PSS패지가 각각 11.24와 1.12%로 나타났으나, Duroc종에서는 정장돼지(NN)만이 출현하였다. 대립 유전자 빈도는 Yorkshire종은 정상 N유전자가 0.990의 비율로 나타났으며, 열성 n 유전자는 0.010의 비율로 출현하였으며, Landrace종에서는 N유전자와 n유전자가 각각 0.933과 0.067의 빈도로 출현하였으며, Duroc종에서는 N 유전자의 빈도가 1.000의 빈도로 나타났으나, n유전자의 빈도는 0.000의 빈도로 나타났다. 3품종 집단 모두에서 Hardy-Weinberg 법칙과 일치하여 유전적 평형을 이루고 있었다.

본 연구는 분만시 동복 신생자돈의 제대혈에서 추출한 genomic DNA를 PCR-RFLP 기법을 이용하여 농가수입증대를 위하여 육질이 불량한 PSS 돼지를 판별하는 방법을 개발하기 위한 기초실험으로써 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 자돈 제대에서 혈액 genomic DNA를 추출하여 PCR에 의하여 증폭된 ryanodine receptor gene 영역의 산물은 자돈의 제대혈에서 1.8kb의 길이로 증폭되었음을 확인하였다. 제대혈에서 추출된 DNA 의 PCR 증폭 단편을 가지고 Hha I 제한효소로 digest 하여준 결과에서 PSS 돼지는 Yorkshire 종에서 출현하지 않았으나, Landrace 종과 Crossbred 종에서 각각 4.76%와 7.14%로 교잡종(LYD 또는 YLD)에서 더욱 많이 출현되었다. 이상의 결과로 볼 때 분만시 신생자돈의 제대혈을 채취하여 PSS 돼지를 조기에 선발하면 스트레스 감소는 물론 혈액채취의 간편성을 기대할 수 있을 것으로 판단된다.

This study was carried out to determine the sex of genomic and embryonic DNA using polymerase chain reaction(PCR). Bovine specific(216bp) and Y chromosome speicific DNA primers(l4lbp) were synthesized and tested for sexing. Bovine embryos used in this study were produced by in vitro fertilization. Few blastomeres for PCR were bisected by nicromanipulator and demi -embryos were cultured in TCM 199 medium containing 0.1% of solcoseryl. The results obtained were as follows; 1. Average optical density of genomic DNA extracted from blood of Hanwoo was 1.79 0.14. 2. 2. The ratio of the demi-embryos developed to blastocyst was 62.1 and 81.9% in morula and blastocyst, respectively. 3. When DNA of 2~4, 5~10 and more than 11 blastomeres was amplified with Y chromosome specific DNA primer by PCR, appreance rate of Y specific DNA band was 16.7, 46.2 and 40.0%, respectively. At least 5 to 10 blastomeres were required to determine the sex of embryos. 4. The rate of demi-embryos developed to blastocyst was 73.3% in TCM 199 medium supplemented with 0.1% solcoceryl. but 55.6% in control.

정확한 in vitro 전사가 일어날 수 있는 진딧물의 세포추출액을 제조하였다. 전사를 직접 조절할 수 있는 단백질 인자를 규명하기 위하여 전사개시점과 그의 상류에 결합하는 DNA 결합단백질을 탐색했다. 전사개시점을 포함하는 단편 A(-194/23)에는 52kDa, 50kDa, 40kDa의 단백질들이 결합했으며 전사개시점 상류의 DNA 단편 B(-393/-263)에는 52kDa, 50kDa, 40kDa의 단백질들이 결합한 반면 DNA 단편 C(-263/-195)는 53kDa단백질만이 결합했다. 그리고 이들 DNA 결합단백질들의 DNA 결합 활성에는 양이온이 요구되었다.