Fluorescent bacteria were isolated from sporocarps that browned into various mushrooms during survey at places of the production in Korea. We examined the pathogenicity, biodiversity, and genetic characteristics of the 19 strains identified as Pseudomonas tolaasii by sequence analysis of 16S rRNA and White Line Assay. The results emphasize the importance of rpoB gene system, fatty acid profiles, specific and sensitive PCR assays, and lipopeptide detection for the identification of P. tolaasii. As a result of these various analyses, 17 strains (CHM03~CHM19) were identified as P. tolaasii. The phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene showed that all strains were clustered closest to P. tolaasii lineage, two strains (CHM01, CHM02) were not identified as P. tolaasii and have completely different genetic characteristics as a result of fatty acids profile, specific and sensitive PCR, lipopetide detection, rpoB sequence and REP-PCR analysis. Pathogenicity tests showed 17 strains produce severe brown discolouration symptoms to button mushrooms and watersoaking of sporophore tissue within three days after inoculation. But two strains did not produce discolouration symptoms. Therefore, these two strains will be further investigated for correct species identification by different biological and molecular characteristics.

This study focuses on developing diagnostic compositions, kits, and information provision methods for identifying species-specific genes in domestically residing Reticulitermes speratus and Reticulitermes kanmonensis, as well as the recently introduced Cryptotermes domesticus. The core innovation of this invention lies in the utilization of species-specific genetic markers to facilitate rapid and accurate species identification using a PCR (polymerase chain reaction)-based diagnostic technique. This approach enables swift identification of termites at quarantine stages, contributing to efficient management of imported goods and minimizing ecological and economic damages caused by termites. Through genome analysis of termites, this research has identified candidate species-specific genetic markers, developed diagnostic compositions and kits based on these markers, and proposed a rapid diagnostic method capable of determining termite species within a day, optimally within three hours. This invention provides a groundbreaking tool for termite management and research, significantly contributing to pest control and biodiversity conservation efforts.

In Korea, both Sympetrum depressiusculum Sélys, 1841 (Odonata: Libellulidae) and Sympetrum frequens Sélys, 1883 are recorded. However, the identity of Korean populations and the validity of listing the two species have not yet been settled. In this study, we collected 74 individuals from Kroea, Russia, the Netherlands, and Japan. These were sequenced for COI, 16S rRNA, and ITS region. Major morphological characters and phylogenetic, network, and structure analyses all consistently suggest that Korean populations form a single species. Consequently, it could be valid to treat Korean populations as one species, S. depressiusculum, by applying the senior name.

깔따구 (Diptera: Chironomidae)는 저서성 대형무척추동 물로 환경 및 수질 변화에 민감한 영향을 받는 중요한 환경 지표생물이다. 이러한 깔따구 유충이 정수장에서 본 연구에서는 제주 정수처리장에서 발견된 깔따구 유충의 종을 분류하기 위해 형태 사진 및 COI (cytochrome c oxidase subunit I) Primer로 증폭시킨 DNA의 염기서열을 계통수 분석을 통해 분석을 실시하였다. 정수장 내 수도꼭지와 소화관 등에서 채집된 17개체는 둥근깃깔따구 (O. tamarutilus) 14개체, 타마긴털깔따구 (P. tammaater) 3개체 총 2종으로 확인되었다. 각 깔따구 종의 형태적 특징은 두부, 하순기절, 대악, 안테나, 발톱의 형태적 특징의 분류기로 종 동정하였다. NCBI Genbank에 등록된 깔따구 19종 COI 염기서열을 기반으로 본 연구에서 조사된 17개체의 계통진화적 분석 결과 채집된 깔따구 COI 염기서열이 둥근깃깔따구 (O. tamarutilus)와 타 마긴털깔따구 (P. tammaater) 2종으로 각각 계통군 (clade)를 이루는 것이 확인되었다. 이러한 결과는 정수장 환경별 발견 되는 깔따구 유충의 다양성의 확인과 형태적-유전적 종 동정 분류정보를 바탕으로 수환경 관리 및 평가를 위한 기반 정보로 활용될 것이다.

깔따구 (Diptera: Chironomidae)는 저서성 대형무척추동 물로 환경오염 및 수질 모니터링에 이용되는 중요한 지표생물이다. 본 연구에서는 인천 수돗물 정수장에서 발견된 깔따구류의 정밀한 종 동정을 위해 형태적 분류와 미토콘드리아 DNA에서 cytochrome c oxidase subunit I (COI) 유전자의 염기서열을 이용하여 분석하였다. 정수장 6곳의 20 개체는 안개무늬날개깔따구 (Chironomus kiiensis) 12개체, 노랑털깔따구 (Chironomus flaviplumus) 6개체, 등깔따구 (Chironomus dorsalis) 1개체, 용산무늬깔따구 (Polypedilum yongsanensis) 1개체 등 4종으로 확인되었다. 각 깔따구 종의 형태적 특징은 두부, 하순기절, 대악, 안테나, 발톱의 형 태적 특징을 살펴보았다. NCBI Genbank에 등록된 깔따구 17종 21개체의 COI 염기서열을 바탕으로 본 연구에서 조사된 20개체의 계통진화적 분석한 결과 각 4종의 깔따구 COI 염기서열은 등록된 동인 종과 높은 상동성을 보이며 (99~100%) 같은 계통군 (clade)으로 나타났다. 이러한 결과는 국내 깔따구의 종 동정을 위한 형태적 - 유전적 정보를 통합적으로 제공함으로 담수생태계의 모니터링을 위한 주요한 정보로 활용될 것이다.

Volvariella volvacea is mainly cultivated in subtropics area like South-East Asia. Because it is cultivated in rice straws, it is called a straw mushroom. That mushroom grows well in high temperature about 30~38°C and high humidity. Straw mushroom is a homothallic mushroom, so it is difficult to identify whether the offspring is different from the parents. This study was carried out to investigate RAPD primers that can be used for identification the DNA polymorphism of Volvariella volvacea genetic resources. 9 strains were collected from various countries like China, Vietnam etc. When ITS regions of their DNA were analyzed, they proved to be Volvariella volvacea. A cultivation test was conducted to measure the morphological characteristics of them 2 strains, KMCC04380 and KMCC04382 were selected for breeding resources because the mycelium of them grew well on medium and fruiting bodies were formed quickly. The Universal PCR Fingerprinting kits(UPF primers) were used to confirm the genetic polymorphisms of the 2 strains. As a result of confirming the DNA bands, 2 of 12 primers could be used to genetically distinguish 2 strains. About 50 spores were isolated from their fruiting bodies respectively and they also will be confirmed DNA polymorphisms by using UPF primers.

본 연구는 최근 북한강 수계에서 번성하고 있는 Anabaena strain의 16S rDNA 염기서열을 이용한 종 수준의 동정과 geosmin 합성 유전자의 탐침을 통해 이취미 물질의 잠재 생산능력을 분석하였다. 현장(경기도 양평군 조암면 삼봉리 수역)에서 분리 배양한 Anabaena는 직선형과 나선형 두 가지의 형태적 변이를 보였다. 이들은 세포의 크기와 사상체에서 형태적 차이를 나타냈으며, A. circinalis 및 A. crassa와 유사한 형태적 특징들을 보여주었다. 그러나 16S rDNA 계통수 및 유연관계를 분석한 결과, 직선형과 나선형 모두 동일한 A. circinalis 종으로 확인되었다(98%~100%의 유전적 유사도). 또한 직선형과 나선형 strain 모두에서 geosmin을 합성하는 유전자 구간이 발견되어, 북한강 수계에 존재하는 Anabaena circinalis는 종의 형태적 변이에 관계없이 geosmin을 생산할 수 있음을 보여주었다. 본 연구의 결과는 유전자 수준에서 A. circinalis의 geosmin 생산에 대한 직접적인 증거를 제공하는 국내 최초의 보고로서 북한강 수계에서 geosmin 증가의 원인종 확인 및 관리에 중요한 자료를 제공한다.

건물의 경우, 용도 변경에 따른 중력하중 변화, 시공 단계에 따라 중력하중 변화 등이 구조물 시스템에 영향을 미친다. 따라서, 본 연구에서는 시스템 식별 변수 설정에 있어 기존에 강성만을 변수로 설정한 방법에 추가적으로 질량을 변수로 설정하여 시스템을 식별하는 기법을 제안한다. 계측한 동특성과 FE모델에서 추출한 동특성 간의 차이를 최소화하여 변수를 탐색하게 된다. 최소화 기법으로 변형 유전 알고리즘을 적용하였다. 보다 전역적 해탐색을 위해 변형 유전 알고리즘은 더 넓은해 탐색 공간에서 해를 찾는다. 철골 보 구조물의 시뮬레이션을 통해 본 연구가 제시한 기법을 검증하였고 변형 유전 알고리즘과 기존의 단순 유전 알고리즘의 성능을 비교하였다. 또한, 강성 식별만을 수행한 기존 연구의 방법과 본 연구가 제시한 기법간의 차이를 비교하였다.

To identify subspecies and stocks of minke whale meats purchased from Korean markets during 2005-2007, we first obtained their complete sequences of mitochondrial DNA cytochrome b and control region sequences, and compared these sequences to the corresponding sequences of the common minke whale (Balaenoptera acutorostrata), obtained from GenBank. From analyses with partial cytochrome b sequences (383 bp) and non-coding, partial control region sequences (463 bp), Korean mink whale meats are identified as products from the North Pacific minke whale (B. a. scammoni). In addition, the sequences of the partial control region from these meats showed G at site no. 298 and G or A at site no. 463, and the meats appeared to originate from the J stock within this subspecies. Thus, because the J stock has been protected since 1986, implementation of strict regulation measures to reduce their accidental fisheries by catch seems urgent. In addition, B. a. scammoni is distinct from B. a. acutorostrata, with an average Jukes-Cantor distance of 2.21% in the complete control region sequence analysis (935 bp) and 1.31% in the complete cytochrome b gene sequence analysis; the current results support the current subspecies classification, although further sequencing analyses with nuclear genes are necessary.

Animal crude drugs (natural medicines derived from animal organs) have been widely used in various Chinese medicine for the therapeutic effects and for enhancement of immunologic functions. We found the specific identification methods using DNA sequencing and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analyses for mitochondrial DNA (mt DNA) in order to discriminate between the animal species and organs as well as the placenta of humans. Species-specific PCR bands of D-loop mt DNA for equine, bovine, porcine, and human were 133 bp, 137 bp, 231 bp, and 240 bp, respectively. Porcine organs were identified using restriction enzyme, HphI cut into two subfragments, 36 bp and 195 bp bands in the heart, spleen, and liver, except for kidney. The heart and liver of porcine were identified using restriction enzyme, SpeI cut into two subfragments, 84 bp and 147 bp bands, except for kidney and spleen. Bovine organs were cut into 68 bp and 69 bp bands in the liver, kidney, and spleen using NalIV, except heart and placenta. Placentas of bovine and humans were easily identified using each primer. Our results suggest that sequencing of mt DNA and its PCR-RFLP methods are useful for identification and discrimination of inter- and intra-specific variations in equine, bovine, porcine, and human by routine analysis.

본 연구에서는 국내 콩 유전체의 변이밀집영역(dVB)에서 유 래한 27개 InDel 마커를 신품종 20개에 적용하여 품종판별용 마커로서 범용성을 검증하고 신품종의 구별성과 국내 품종의 유전적 다양성을 확인하였다. 20개 신품종과 MyCrops에 포함된 기존 149개 품종과의 유사도는 평균 61.3%이고, 최저 25.9%에서 최대 96.3%의 유사도로 완전 일치(100%)되는 바코드는 없어 20개 신품종의 유전적 구별성을 모두 확인할 수 있었다. 유연관계를 분석한 결과에서는 신품종을 포함한 국내 169품종이 4개의 유전집단으로 구분되었으며 풋콩 및 단기성 콩의 80%가 I-2 소그룹, 나물콩의 65.9%가 II-2 소그룹에 주로 속한 반면, 장류 및 두부콩은 I-1 (44.4%), I-2 (26.4%), II-2 (23.6%) 소그룹에 고르게 분포하였다. 20개 신품종에 대한 계보도는 나물콩 주요 계보와 장류 및 두부콩으로 크게 두 그룹으로 나누어지며 유연 관계분석을 뒷받침하였다. 품종판별을 위한 최소 마커를 선발 하기 위해 PIC가 높은 공통마커와 품종별 특이마커를 선발하는 2단계 과정을 통해 품종에 따라 7~9개의 최소 마커로 신품종의 진위를 판별할 수 있었다. 이처럼 콩 변이밀집영역에서 유래된 27개 InDel 마커와 이를 이용한 신품종 바코드 정보의 지속적인 업데이트는 수입산에 대한 국산 품종의 보호와 육성가의 권리 증진에 기여하며, 더불어 육종과정 중 신규 유전변이를 도입하고 목표형질을 선발하는 등 육종 효율을 개선하는데도 도움이 될 것으로 기대한다.

과피와 과육의 다양한 색은 복숭아 분류에 가장 널리 사용되는 상업적 기준 중 하나이다. 새로운 적색 과육 품종을 육성하기 위해서는 많은 교배 조합과 세대가 진전되어야 한다. 따라서 육종 효율을 높이기 위해서는 목적 형질을 가진 개체에 적용할 조기 선발 분자표지를 개발할 필요가 있다. 과육색이 다르게 발현되는 복숭아 품종의 유전자 발현을 비교하기 위해 2개의 cDNA library를 제작하였다. 적색 과육 품종인 ‘조생혈도’와 백색 과육 품종인 ‘미백도’의 유전자 발현 차이를 보기 위해 차세대 염기서열 분석(NGS) 기술을 사용하였고, 두 품종으로부터 얻은 EST의 염기서열을 결정하고 기존에 보고된 유전자와의 상동성을 분석하였다. ‘조생혈도’와 ‘미백도’의 EST database로부터 72쌍의 SNP 분자표지를 선발하였고, 적색 과육 품종 8개와 백색 과육 품종 24개를 구분할 수 있는 SNP 분자표지를 HRM 방법으로 분석하였다. 본 연구에서는 복숭아 EST database를 기반으로 HRM 분석 방법을 이용하여 복숭아 품종의 적육계와 백육계를 구분할 수 있는 효율적인 SNP 분자표지를 개발하였다. 이러한 SNP 분자표지는 복숭아 육종에 유용하게 사용할 수 있으며, 복숭아 품종의 다양한 색 변화에 관한 분자 기작 연구에 좋은 참고자료가 될 수 있을 것이다.

Recently, as the awareness of safety has become more important, studies on damage assessment techniques for building structures have been actively conducted. The damage of the building structure is caused by the decrease of the stiffness which is inherent dynamic characteristic of the structural system, and the decrease of stiffness acts as a direct variable connected to the collapse of the structure. there have been developed techniques for estimating the inherent dynamics of a structure to identify and evaluate damage to the structure. In this study, we estimate the layer mass due to the modeling error through the optimization algorithm, Genetic Algorithm, and use the optimization algorithm GA to optimize the error covariance matrix, system noise and measured noise covariance matrix We propose an optimal state estimation algorithm. The objective function of the GA algorithm is obtained by the residual which is the difference between the measured values obtained from the EKF calculation and the values obtained from the system model. We verified the feasibility of the algorithm through a 4-DOF system.

Eleven RAPD primers were assessed to analyze genetic diversity of Korean wheat varieties and to develop DNA marker for cultivar identification. The average of the number of polymorphic bands was 5.2 and PIC values showed 0.48, respectively. Ten major clades were presented by phylogenetic analysis. Three cultivars containing Uri, Hanbeak and Jonong were distinct from the others in the phylogenetic dendrogram. Seven cultivar-specific fragments were detected from 11 RAPD fingerprinting among 35 wheat cultivars and they were sequenced. Four Korean wheat cultivars, Eunpa, Jopoom, Yeonbaek and Jeokjoong, were identified newly by four markers, 84, 173, 174 and KWSM011. We convince that these new DNA markers are useful for cultivar fingerprinting and are applied to marker-assisted selection in wheat breeding program.

Soybean germplasm have diverse accessions with great variation in their ability to survive and reproduce under salt stress conditions. In general, cultivated soybeans are more sensitive to salt stress than their wild relatives, however exceptions are found in both the groups. These variations in response to salt stress makes soybean germplasm an interesting collection of genetic resources to be explored for the identification of salt-tolerance genes, and their mechanism of action. Here, in this report we presented a data showing differential response of selected accessions of both cultivated and wild soybeans to salt stress. Two modes of salt treatment; gradual salt stress (GS) as well as salt shock (SS) were used in this study. The GS was found more effective in finding the difference in response of soybean accessions to salt stress. Various genetic marker based methods are in use to identify and isolate the potential genes contributing to the salt tolerance in soybean. Even then there is a paucity of knowledge on the key genes contributing to the salt tolerance in soybean. We expect that a recently developed functional screen based method, like yeast based functional screen, using cDNA library generated from different salt tolerant accessions of soybean could lead to identification of novel genes responsible for salt tolerance in soybean. Also, we propose for the use of RNA isolated from different stages of GS and SS for making cDNA library to be used for functional screening.