본 연구는 PCR 기반 RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism; 제한절편 길이 다형성) 분자기법을 활용하여 난 및 치어 대상 납자루아과 어류 3종의 동정을 좀 더 빠르고 정확하게 파악하고 납자루아과 어류의 종별 산란양상 및 번식생태 이해에 대한 기여가 목적이다. 본 연구를 위해 기존 선행된 문헌자료를 확인하고 납자루아과 어류가 2종 이상 동서하고 있는 지역을 확인하여 현지조사를 수행하였다. 현지조사 결과 확인된 납자루아과 어류는 묵납자루 (Acheilognathus signifer), 줄납자루 (A. yamatsutae) 및 각시붕어 (Rhodeus uyekii)로 총 3종이 확인되었으며, 확인된 납자루아과 어류와 동서하고 있는 숙주조개 (작은말조개; Unio douglasiae sinuolatus)를 채집하여 숙주조개 속 납자루아과 어류의 난 및 치어를 확보하였다. 현지조사 결과 확인된 납자루아과 어류 3종을 대상으로 미토콘드리아 DNA COI과 cyt b 유전자 염기서열을 비교하여 각각 종별로 특이성을 지닌 부위 (단일염기변이; Single Nucleotide Variation: SNV)에 맞는 제한효소를 선정하였고, 숙주조개 속 난 및 치어를 대상으로 genomic DNA를 추출하여 PCR-RFLP 실험을 수행한 결과 현지조사 시 확인된 납자루아과 어류 3종의 독특한 제한절편 길이 양상을 전기영동을 통하여 확인하였다. 본 연구를 통해 묵납자루, 줄납자루 및 각시붕어의 종을 판별할 수 있는 RFLP 마커를 개발하였으며, 숙주조개 난 및 치어를 대상으로 정확한 종의 동정을 보다 빠르고 효과적으로 수행하여 각각 납자루아과 종별 산란양상을 보다 정확히 규명하고 향후 이들 자연개체군의 효과적인 유지, 관리 및 보전 방법 개발에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

무당벌레(Harmonia axyridis)는 종내에서 초시색상패턴이 매우 다양하게 존재한다. 본 논문에서는 서로 다른 색상패턴의 무당벌레를 대상 으로 amplified fragment length polymorphism (AFLP)을 실시하여 무당벌레의 초시색상 패턴간 유전형질의 차이를 확인하고자 하였다. 총 28 개의 프라이머 조합으로 실험을 실시한 결과, 총 2,741 개의 밴드가 검출되었다. 그 중 20 개의 밴드(S1-S20)만이 특정 색상패턴에서 나타났다. 이들 가운데 9 개의 밴드를 색상에 연관된 AFLP 후보 지표로 선발하였다. 밴드 가운데 S1과 S2, S20은 Succinea 1, 2 변이형에 공통적으로 나타났으며, S3와 S5는 Conspicua 변이형에 특이적이었다. 또한 S13는 Spectabilis 변이형에, S15와 S18, S19는 Succinea 2 변이형에 특이적이었다. 특정 색상패턴에만 나타나는 9 개의 AFLP 지표들은 cloning을 통해 염기서열 분석을 실시하였고, GenBank를 이용해 다른 염기 서열과 비교를 해보았지만 아무런 상동성도 찾을 수가 없었다. 무당벌레 종 내 유전적 다양성을 평가한 결과, Spectabilis가 Conspicua보다 Succinea 변이형에 높은 유사성을 보였다. 색상에 연관된 AFLP 후보 지표를 기준으로 sequence characterized amplified region (SCAR) 지표로 변환하여 9 개의 AFLP 분자지표들 가운데에서 5 개만이 SCAR 지표로 전환될 수 있었으며, 이를 통해 AFLP 지표가 무당벌레의 색상과 연관되어 있는지 확인할 수 있었다.

본 연구에서는 계층적 깊이 입방체(LDC, Layerd Depth Cube)의 확장이자, 직교 프레그먼트 버퍼(OFB, Orthogoanl Fragment Buffer)에 메모리 효율성을 높인 통합 직교 프레그먼트 버퍼(UOFB, Unified Orthogonal Fragment Buffer)를 제안한다. UOFB는 기존의 텍스처 매핑 기법의 다양한 장점을 유지하는 동시에, 초고해상도의 표현이 가능한 텍스처 매핑을 위한 자료구조로서 3차원 데이터를 세 방향의 2차원 격자에 리샘플링 하여 각각의 깊이 레이어를 하나의 통합된 버퍼에 밀도있게 저장한 버퍼구조이다. 이러한 자료구조는 그래픽스 하드웨어의 퍼픽셀 연결리스트를 활용하여 쉽게 렌더링할 수 있다. 이를 통해 기존의 접근법들 보다 현저한 메모리 효율성을 보장하며 GPU상에서 구축되고 다루어 질 수 있으며 게임과 같은 실시간 응용분야 적용될 수 있다.

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) and fluorescent amplified fragment length polymorphism (FAFLP) analyses were executed on a total of 28 Salmonella spp., including 6 ATCC reference strains, 2 isolates from outbreaks of food poisoning in Gwangju, and 20 isolates from carcasses. For RAPD analysis, four primers, named P1254, 23L, OPA-4, OPB-17 were used producing amplification fragments ranged from 0.18kb to 2.6kb. As a result, 5 types using P1254, 5 types using 23L, 3 types using OPA-4, and 6 types using OPB-17 and a total of 18 RAPD types were achieved. For FAFLP analysis, bacterial genomic DNA was digested with endonucleases EcoRⅠ and MseⅠ, site-specific adaptors were ligated, and PCR amplification was carried out with an EcoR1 adaptor-specific primer labelled with fluorescent dye. Amplified fragments, which were separated on a polyacrylamide sequencing gel ranged from 35bp to 300bp were analysed. Results were displayed as a dendrogram with genetic distance. Twenty two Salmonella isolates and 6 reference strains were divided into 14 groups in a level of 0.136 genetic distance. In conclusion, Salmonella isolates of chicken carcasses have different genetic properties when compared to reference strains and isolates from outbreak of food poisoning.

The diamondback moth, Plutella xylostella, is one of the most important pests of cole crops in the world and is the first insect to evolve resistance to Bt toxins in open-field populations. To search for useful molecular markers for Bt reistance monitoring, the PCR-based restriction fragment length polymorphism (RFLP) profiles of three aminopeptidase N (PxAPN1, PxAPN2 and PxAPN4) were determined for 15 representative regional field populations of P. xylostella. Most regional samples had similar RFLP patterns, whereas PxAPN1 from four regions and PxAPN4 from two regions showed different banding patterns after restriction enzyme treatment, but no differences were found in PxAPN2 among populations. The DNA sequence analysis revealed that a point mutation at the restriction site was responsible for the polymorphism of PxAPN1 but no mutations were observed in PxAPN4. Comparing amino acid sequences of PxAPNs from regional populations with reference PxAPNs (GenBank accession no. AAB70755) revealed that four regional populations possessed a point mutation in the Cry1A binding site of PxAPN1 and five regional populations possessed a deletion of eight amino acids in PxAPN4. These RFLP patterns were consistently observed in Southern regions of Korea, including Kyungsangnam-Do and Jeju-Do. The functional association of these RFLP with Bt resistance is currently under investigation

This research aimed to compare the detection methods of Anisakis simplex in Sea fish by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and macroscopic inspection. We examined 18 Trichiurus lepturus, 11 Scomber japonicus, and 65 Todarodes pacificus collected from the retail markets in the areas of Uljin, Kyuonggi province and Seoul. As the result of examinations, we found that detection rate of Anisakis simplex by macroscopic observation was 89% in Trichiurus lepturus, 90.9% in Scomber japonicus, 32.3% in Todarodes pacificus. The detection rate of Anisakis simplex by PCR-RFLP was 77.7% in Trichiurus lepturus, 81.8% in Scomber japonicus, 26.1% in Todarodes pacificus. We could conclude that PCR-RFLP method of Anisakis simplex was more specific rather than macroscopic observation.

Sperm-mediated gene transfer (SMGT) can be used to transfer exogenous DNA into the oocyte at fertilization. The main objective of this study was to assess efficiency of transferring mitochondrial DNA (mtDNA) fragment into boar spermatozoa in either presence or absence of liposome and quality of transfected spermatozoa. The mtDNA of chicken liver was isolated and purified by phenol and alkaline lysis extraction, and it was inserted to plasmid. The genome of transfected spermatozoa treated with DNase Ⅰ was purified by alkaline lysis, and then amplified by the PCR analysis. After electrophoresis, DNA quantitation of each well was calculated by comparison of the band intensity with standard. As a result, exogenous DNA was composed of mtDNA fragment (1.2 kb) and plasmid (2.7 kb). On the other hand, efficiency of transfection by liposome (9.0±0.34 ng/l) in SMGT was higher than that by DNA solution (6.9±0.53 ng/l). However, there was no significant difference. Transfering exogenous DNA into spermatozoa was completed within 90 min of incubation. In another experiment, there were significant (p<0.05) differences between transfected spermatozoa using both DNA solution and DNA/liposome complexes with untreated spermatozoa for viability (70.8±1.80 and 68.0±2.16% vs. 83.3±1.69%, respectively) and motility (78.7±1.59 and 79.3±2.14% vs. 86.7±1.59%, respectively). This study indicates that exogenous mtDNA can be efficiently transferred into boar spermatozoa regardless of the presence of liposome, and transfected spermatozoa can also use insemination and in vitro fertilization to generate transgenic pig.

국내에서 재배하여 생산되고 있는 상황버섯의 일종인 PMO-P4균주에 대한 ITS 영역의 염기서열 분석을 실시하였으며 목질 진흙버섯으로 잘 알려져 있는 P. linteus와 함께 RFLP분석을 통하여 상호 비교한 결과 PMO-P4균주는 P. baumii로 판명되었다. 이 결과를 토대로 이미 보고 되어 있는 Phellinus속 균주들과의 종간 ITS 영역의 상동성을 비교한 결과 48.6%-72.2%였으며 본 연구에서 비교한 종들 가운데서는 P. linteus와 상동성이 가장 높았으며 P. gilvus와 상동성이 가장 낮았다.

두부, 콩나물, 된장에서 유전자재조합 대두의 혼입여부를 판별하기 위해 가장 적합한 PCR 프라이머의 선택과 생산 고정에서 물리?화학적인 변성을 재조합 DNA의 손실정도를 공정단계별로 비교 분석하였다. 내재유전자인 β-actin은 600, 495, 250, 160bp을 비교한 결과 160bp에서 가장 광범위하게 검출되었으며, 35S promotor는 130bp, NOS terminator 132bp의 작은 사이즈 프라이머가 유효하였다. 가공공정별로 유전자의 손실정도를 팡가한 결과 두부는 대부분 DNA가 잘 보존되어 가공공정에 따른 DNA의 손실은 거의 관찰되지 않았다. 콩나물은 대부분의 DNA가 발아직후 줄기로 이동하여 적절한 분석부위는 줄기로 판단되었으며, 된장은 효소의 작용에 의하여 유통기간내에 DNA의 검출차이를 보였다. 20일 후 삽입유전자는 소실되었고 특히 50일 이후에는 대부분의 내재유전자 뿐만 아니라 분해되어 검출이 어려운 것으로 판단되어다. 가공처리조건인 열에 의한 DNA의 변성은 100℃에서 40분간 가열하여도 DNA의 손실되지 않고 보존됨을 알 수 있었다.

DNA 다형성을 이용한 누에 유전자 해석기술을 개발하기 위하여 광식성 누에 계통 J111과 비광식성계통 의 DNA를 분리하여 유전자 은행을 제작하였다. 누에 유전자 은행은 genomic DNA를 EcoRI로 절단한후 pUC18에 ligation 시켜 DH5 E. coli에 형질전환 시켰다. 형질전환 후 얻어진 colony는 15개 누에 품종의 genomic DNA에 hybridization하였을 때 누에의 품종에 관계없이 highly repetitive, moderately repetitive 및 single 혹은 low copy number 로 구분되었다. RFLP마커에 적합한 single 및 low-copy number band만을 형성하는 colony probe을 신속하게 선발하고자 colony또는 genomic DNA로 hybridization하였다. Single 및 low-copy number의 특성을 가진 219개의 clone을 선발하여 Hind III등 8종의 제한효소별로 처리한 genomic DNA를 이용하여 다형성을 검정하여 J111과 계통간 다형성을 보인 46개의 clone을 선발하였다. 선발된 clone의 일부를 J111과 를 교배하여 얻은 의 blot에 hybridization 결과 RFLP clone들이 양친검정에 이용가능하여 누에 RFLP 연관 지도 작성의 기반을 조성하게 되었다.

흰 불나방 핵 다각체바이러스(Hyphantria cunea nuclear Palyhedrosis virus: HcNPV) 다각체 단백질 유전자포함 절편의 탐색과 클로닝을 행하였다. Autographa cahfornica NPV EeoRI-I 절편 (약 7.3 kb), Bombyx mori NPV PstI-F 절편 (약 7 kb) 및 합성 oligonucleotide ( 3D-mer) 를 probe로 한 southern hybridization을 행하여 HcNPV PstI - L 절편 (5.3 kb)을 탐색하고, pUC18을 이용하여 E. coli에 형질전환시켜 클로닝하였다. 클로닝한 plasmid의 EeoRI, SaIl, Kpnl, HindIII, SacI 및 AvaI의 제한효소지도를 작성하고 pHeP-L(8.0 kb)이라 명명히였으며, 이를 다시 pHcP-Ll(4.7 kb), pHcP-L2(7.1 kb), pHcP-L3(5.3 kb), pHcP-L4(4.2 kb) 및 pHeP-L5(4.5 kb)로 subeloning 하였다.

Why the negation movement rule that negation in the embedded clause may move to the higher clause cannot be applied to the Korean bi-clausal structure where the negative concord item (i.e., NCI) undergoes the so-called exceptional case marking (i.e., ECM) is because the ECMed element occupies some position in the matrix clause. When the so-called CP anaphora kulehkey ‘so’ replaces the embedded clause of the ECM construction, the ECMed NPI cannot be incorporated in it. These observations are in accordance with Lee's (2006) argument that the ECMed element is in a non-thematic argument position of the matrix clause (i.e., Spec of the matrix vP). Merchant's (2004) and Park's (2013) suggestions that the invisible negative head in fragment constructions can only appear in the matrix clause, but not in the embedded clause reveal the secret that there arises a grammatical contrast between fragment answers to an ECMed wh-question and a matrix question containing a wh-question in the embedded clause. The NCI fragment as a response to the ECMed wh-question is slightly degraded but acceptable, whereas the NCI fragment as a response to a matrix question containing other wh-questions in the embedded clause is considerably degraded and unacceptable.

We previously reported that reverse transcription-polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism (RT- PCR/RFLP) was an effective method to identify SMV strains. Using this method a new SMV strain G6H was successfully identified. To introduce resistance locus Rsv4 of V94-5152, we made crosses between two parents, Hwanggumkong and V94-5152, and obtained 6 BC3 F3 progeny lines, which have different size of DNA fragment of Rsv4 locus region. To confirm the virus resistance of progeny lines, artificial inoculation were conducted with 10 SMV strains, G1-G7, G7A, G6H, and G7H. Genomic DNA of tested lines was extracted and used marker genotyping using 9 SSR marker, which covered about 20 cM genetic distance including Rsv4 locus. In the virulence test, only two progeny lines showed resistance to all the SMV strains like a V94-5152. However, the other lines showed necrotic symptoms to G6H strain. It is considered that a minor gene is located near the Rsv4 locus between Satt157 and Sat_254 marker which interacts with G6H. A new strain can be a clue to find a minor gene in the SMV resistance soybean breeding.