본 연구는 한우 개체식별 및 친자감별에 있어 기존의 di-nucleotide repeat microsatellite marker 사용 시 발생했던 stutter로 인한 대립유전자 판별 오류 등의 문제들을 극복하고, 분석결과의 신뢰도와 정확도를 높이기 위해 tri-, tetra-, penta-, hexa-nucleotide repeat microsatellite 좌위들로 이루어진 새로운 개체식별 마커 13 종(BTRC6_01, BTRC19_02, BTRC11_03, BTRC16_05, BTRC9_07, BPC19_08, BTEC17_09, BPC21_10, BTEC4_11, BPC7_12, BPC1_13, BHXC29_14, BPC1_15)을 개발하였다. 선발된 13개의 좌위를 가지고 소 1,530두에 microsatellite typing을 실시한 결과, 총 61개에 대립유전자가 발견되었으며, 좌위별로 평균 4.69개의 대립유전자를 가지는 것으로 확인되었다. 마커의 다형성과 정보력의 척도인 PIC (Polymorphism Information Contents)값은 0.25(BTRC9_07)~0.59(BTEC17_09)로 나타났으며 BHXC29_14, BPC1_13, BTEC17_09, BTRC16_05, BTRC19_02, BTRC6_01 좌위들은 PIC 0.5 이상 그리고 나머지 좌위들 모두 PIC 0.25 이상의 값을 가지는 것으로 확인되어 마커로서 다형성이 있음이 검증되었다. 개발한 마커를 활용하여 한우(영암, 장흥)와 유럽우 7종 (Brown Swiss, Limousin, Angus, Simmental, Hereford, Charolais, Holstein)의 유전적 특성을 분석하였으며, 총 9개 집단의 Heterozygosity와 FIS (inbreeding coefficient) 값을 측정하였다. 기대이형접합율은 0.451(BS)~0.605(AG) 범위 내로, 한우는 0.532(영암), 0.545(장흥)의 값을 가지는 것으로 나타났다. 한우(영암, 한우)와 7종의 유럽우들 간의 유연관계 분석은 특정 대립유전자 빈도를 근거로 한 유전적 거리의 추정으로 이루어졌다. 한우집단과 Simmental 간의 유전적 거리(0.1848)가 가장 가깝고 비교적으로 Brown Swiss와의 유전적 분포(0.3352)가 가장 먼 것으로 나타났으며, 계통발생학적으로 유전적 분화 양상을 확인함으로써 본 마커의 한우 유전적 다양성 및 유연관계 분석에 활용 가능성을 제시하였다.

Thrips from the genus Frankliniella (Thysanoptera, Thripidae) are a serious insect pest of various crops, including vegetables, fruits and ornamental plants. Thrips cause significant economic damage plants directly by feeding, and indirectly by acting as vectors for the tospoviruses such as Tomato spotted wilt virus (TSWV) and Chrysanthemum stem necrosis virus (CSNV) in chrysanthemum. To investigate the associations of thrips with tospoviruses and their ability to transmit, we have developed a protocol for identifying tospovirus and thrips species simultaneously in an individual thrips sample was successfully conducted. Total RNA was extracted from thrips according to manufacturer’s insturctions of RNeasy mini kit (Quiagen co.), and then TSWV was identified by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) using TSWV specific primers for the N genes. The residual genomic DNA in thrips RNA extract was used as a template to identify thrips species by PCR using universal primers for ITS2 region and subsequently digesting the PCR product by an restriction enzyme (RsaI) In addition, a classification into the species of thrips was confirmed using the nucleotide sequence of PCR products. The developed protocol was applied to investigate the occurrence of viruliferous thrips species in thrips populations collected from chrysanthemum fields. In this study, most of thrips were identified to Frankliniella spp. and thirps that acquire TSWV was 14 % of 65 thrips.

본 연구의 목적은 염소의 개체식별에 있어서 효율적인 microsatellite (MS) marker set를 확립하는데 있다. 염소 10집단 455두를 대상으로 국제식량농업기구(FAO) 권고 및 미국 국립생물정보센터(NCBI)에서 수집한 30개 MS 마커에 대한 유전정보량을 확인한 후 대립유전자형 크기, 형광표지 종류, PCR 조건 등 을 고려하여 7개의 MS 마커(SRCRSP1, SRCRSP8, OarFCB048, OarFCB193, BOBT24, INRA063, DRBP1)를 선정하였다. 또한 분석 효율성을 극대화하기 위해 7개 마커에 대해서 multiplex PCR 기법을 적용하였다. 분석된 7개 MS 좌위에서 총 80개의 대립유전자형이 관찰되었고, 기대이형접합도(HExp) 및 다형정보지수(PIC)의 평균치는 0.710 및 0.674로 산출되었다. 7개 좌위의 다형성을 기반으로 무작위 교배집단, 반형매 교배집단 그리고 전형매 교배집단으로 가정하였을 때의 동일개체 출현확률은 각각 2.42×10-11, 1.70×10-8 및 2.22×10-4으로 산출되었다. 이상의 결과는 국내에서 사육되고 있는 염소의 개체수를 고려할 경우 동일개체 출현 가능성이 없는 것으로 판단된다. 따라서 본 연구에 의해서 구축된 염소 개체식별 마커 세트 및 분석방법은 우리나라 염소의 개량 및 안전유통에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

The swine is one of the most widespread mammalian throughout the whole world. Presently, many studies concer-ning microsatellites in swine, especially domestic pigs, have been carried out in order to investigate general diversity patterns among either populations or breeds. Until now, a lot of time and effort spend into a single PCR method. But simple and more rapid multiplex PCR methods have been developed. The purpose of this study is to develop a robust set of microsatellites markers (MS marker) for traceability and individual identification. Using multiplex-PCR method with 23 MS marker divided 2 set, various alleles occurring to 5 swine breed (Berkshire, Landrace, Yorkshire, Duroc and Korea native pig) used markers to determine allele frequency and heterozygosity. MS marker found 4 alle-les at SW403, S0227, SWR414, SW1041 and SW1377. The most were found 10 alleles at SW1920. Heterozygosity represented the lowest value of 0.102 at SWR414 and highest value of 0.861 at SW1920. So, it was recognized appro-priate allele frequency for individual identification in swine. Using multiplex-PCR method, MS markers used to determine individual identification biomarker and breed-specific marker for faster, more accurate and lower analysis cost. Based on this result, a scientific basis was established to the existing pedigree data by applying genetics additio-nally. Swine traceability is expected to be very useful system and be conducted nationwide in future.

본 연구에서는 상수관망에서 개별적으로 노후도가 심하여 개량이 필요한 구간을 보다 정확하게 구분하기 위해 새로운 개별관로 정의 방법이 개발되었다. 적절한 관로 최소구성성분 길이를 결정하기 위하여 여러 가지 관로 최소구성성분 길이에 대한 평균 누적파손횟수경사선의 분산값을 비교하여 가장 큰 분산값을 나타내는 관로 최소구성성분 길이인 4 m 를 연구대상 지역의 상수관망에 적용하였으며 관로 ID는 39개로 구분되어졌다. 관로의 경제적 최적교체 시기는 한계파손율과