본 연구는 6개 핵돈군생산농장(Great grand parents, GGP)에서 2015년 이후 태어난 Landrace종과 Yorkshire종의 두 품종에 대하여 생시체중 (Birth weight; BW), 복당평균생시체중(Mean of litter birth weight; MBW0)과 변이계수(Coefficient of variation in MBW0; CVMBW0) 및 산자수(Litter size) 등에 대한 유전모수를 추정하였다. Landrace종에서 총산자수(Total number of piglets born; TNB), 생존산자수(Number of piglets born alive: NBA), 복당평균생시체중 및 복당평균생시체중 변이계수의 유전력은 각각 0.14, 0.09, 0.33 및 0.16. Yorkshire종에서는 각각 0.11, 0.99, 0.28 및 0.07로 추정되었다. 산자수와 복당평균생시체중 간에는 부(-)의 상관관계를 나타내었으며, 복당평균생시체중과 변이계수사이의 표현형상관과 유전상관이 두 품종에서 모두 –0.40에서 –0.45로 높게 나타났다. 자돈 생시체중에 대한 균일도를 개량하기 위해서는 복당평균생시 체중(MBW0)과 복당평균생시체중변이계수(CVMBW0)를 선발지수식에 포함시키는 것이 바람직하다고 생각된다.

Some behaviors of pigs that are not expressed in the wild state or are observed in a small minority of individuals after groups of pigs are mixed have been reported to indicate poor welfare. A GWAS analysis was performed by measuring the frequency and duration of the four ethological traits and using the mlma command provided by the genome-wide complex trait analysis (GCTA). The positional candidate genes on significantly identified single nucleotide polymorphism (SNP) markers were identified by using the dbSNP provided by the National Center for Biotechnology Information (NCBI). When the GWAS analysis was applied the 43,565 (of the purebred Landrace population) and 41,700 (of the purebred Yorkshire population) SNP markers, 1, 2, and 1 significant SNP markers were identified for the traits of feeding frequency (LOC110262254), locomotion time (LOC110260361), and locomotion frequency (LOC110260361) of the purebred Landrace population, respectively. Meanwhile, 1 and 7 significant SNP markers were identified for the traits of drinking time (LOC 110260090) and feeding frequency (MAP3K19; LOC110257013; ACMSD; TMEM163; RAB3GAP1) of the purebred Yorkshire population, respectively. The results of this study may suggest that the GWAS analysis of the ethological traits of purebred Landrace and Yorkshire populations could be used to perform a GWAS analysis on non-economic traits, and the results can thus be provided as basic data for GWAS analyses of other non-economic traits in the future.

Korean Native Pig (KNP) has a uniform black coat color, excellent meat quality, white colored fat, solid fat structure and good marbling. However, its growth performance is low, while the western origin Yorkshire pig has high growth performance. To take advantage of the unique performance of the two pig breeds, we raised crossbreeds (KNP × Yorkshire to make use of the heterotic effect. We then analyzed the liver transcriptome as it plays an important role in fat metabolism. We sampled at two stages: 10 weeks and at 26 weeks. The stages were chosen to correspond to the change in feeding system. A total of 16 pigs (8 from each stage) were sampled and RNA sequencing was performed. The reads were mapped to the reference genome and differential expression analysis was performed with edgeR package. A total of 324 genes were found to be significantly differentially expressed (|log2FC| > 1 & q < 0.01), out of which 180 genes were up-regulated and 144 genes were down-regulated. Principal Component Analysis (PCA) showed that the samples clustered according to stages. Functional annotation of significant DEGs (differentially expressed genes) showed that GO terms such as DNA replication, cell division, protein phosphorylation, regulation of signal transduction by p53 class mediator, ribosome, focal adhesion, DNA helicase activity, protein kinase activity etc. were enriched. KEGG pathway analysis showed that the DEGs functioned in cell cycle, Ras signaling pathway, p53 signaling pathway, MAPK signaling pathway etc. Twenty-nine transcripts were also part of the DEGs, these were predominantly Cys2His2-like fold group (C2H2) family of zinc fingers. A protein-protein interaction (PPI) network analysis showed that there were three highly interconnected clusters, suggesting an enrichment of genes with similar biological function. This study presents the first report of liver tissue specific gene regulation in a cross-bred Korean pig.

This study was conducted to find out that how much does it effects as it considered not only animal additive genetic effect but also maternal genetic effect for improving litter traits of pigs. The data of 10,836 records on 2,636 sows in Landrace and 14,463 records on sows in Yorkshire were analyzed which had been measured from 1998 to July 2017 in a nucleus herd of pig population. The traits used on this analysis were total number of born with (TNB2) and without mummy (TNB1) and number of born alive (NBA). Two different multivariate animal mixed models were considered and compared of variance components estimated from these models. The one (Model 1) was set up with assumed to parity, return events and batch effects as fixed and service sire, permanent environment and animal additive genetic effects as random. The other (Model 2) was same with Model 1 except considering maternal additive genetic effects as random. (Co)variance for random effects and genetic parameters were estimated using restricted maximum likelihood method and breeding values as best linear unbiased prediction were estimated using preconditioned conjugate gradient algorithm on each model and breed. From these models, heritability estimates for NBA were about 0.10 and 0.11 on both models in Landrace and Yorkshire, respectively. Forthermore, it was estimated that there were little variations in the maternal genetic effects with roughly 1~2% of total variation. Result from comparing estimated breeding values for each trait between each model, ranking of genetic capability through total breeding values on model 1 and on model 2 showed highly correlated with more than 0.92. Consequently, for improving litter traits, selection based on breeding values by direct genetic effects without considering maternal genetic effects were reccommendable.

본 연구는 고온 환경에서 Yorkshire 품종의 혈액 내 전해질과 혈액학적 성분의 변화를 조사하기 위하여 실시하였다. 73 일령(BW 40.6±1.4 kg)의 Yorkshire종 10두를 공시하여 개별 pen에 1두씩 배치하였다. 시험기간은 한국에서 폭염이 시작되는 2013년 7월 24일부터 동년 9월 4일까지 6주간 실시하였다. 시험기간 중 평균온도가 가장 높은 시기는 시험 3주차(28.6℃)였으며, 최고온도는 시험 4주(32.1℃)에 관찰되었다. 일당증체량은 온도가 가장 높았던 시험 3주차부터 감소하는 경향으로 나타났다. 혈청 내 pH와 삼투압은 시험기간 동안 유의적인 변화가 관찰되지 않았다. 나트륨이온 (P<0.01)과 염소이온(P<0.05)의 농도는 시험 6주에 유의적으로 증가하였다. 일반혈액검사 분석 결과에서 혈액 내 호중구(P<0.05)와 단핵구(P=0.057)의 수준은 시험 6주에 증가하고, 헤모글로빈과 평균 적혈구 혈색소 농도는 시험 4주와 6주에 감소하는 것으로 관찰되었다(P<0.05). 혈액생화학 분석에서는 총 콜레스테롤(P<0.01), 총 단백질(P<0.001)과 혈중 요소태 질소(P<0.01)의 농도가 4주와 6주에 높아지는 것으로 관찰되었으며, glucose 농도는 6주에 유의적으로 낮아졌다(P<0.05). 본 연구의 결과는 한국의 여름철 폭염기간 동안 돼지의 체내에서 생리생화학적, 혈액학적 변화가 어떻게 변하는지에 대한 기초정보를 제시하며, 이러한 정보는 혹서기 고온 스트레스로 인한 돼지 생산성저하 방지 기술을 개발하는 데에 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

본 연구는 R을 기반으로 하여 벌점화 축소추정 기법을 활용한 유전체 선발 방법론들을 소개하고 이를 활용하여 요크셔 돼지의 산자수를 추정하고 비교 분석하고자 하였다. 비교하고자 하는 7가지의 벌점화 축소추정 기법은 다음과 같다: 능형회귀, 능형회귀 BLUP, LASSO, adaptive LASSO, fused LASSO, elastic net 그리고 SCAD. 농촌진흥청에서 제공한 519마리 암퇘지의 2,000개 유전자형 자료와 종속변수로 사용된 산자수가 연구에 사용되었다. 연구 결과의 비교 평가를 위해서 사용된 예측오차와 Pearson 상관계수에 따르면, 예측오차는 LASSO와 elastic net이 각각 0.6884과 0.6876으로 가장 작은 값을 가졌으며, 상관계수는 0.7466과 0.7388로 7가지 방법론 중에서 가장 좋은 예측력을 나타내었다. R을 활용한 이러한 연구 결과를 토대로 LASSO와 elastic net이 유전체 선발 기법 중 좋은 방법론임을 알 수 있었다.

This study was conducted to investigate the changes of hormone levels of serum progesterone (P4) and estradiol-17 β (E2) in sows of Landrace (L), Yorkshire (Y) and F1 (L × Y) (respectively n=3) with excellent ability, and to provide a baseline data for improving reproductive performance. In this experiment, the sows at the age of 12 months or more were used. The sows were fed by two way methods, one is conventional methods and the other is 3 days-flushing feed before estrus. Each pig’s blood was collected in 3, 6, 9, 12, 15 and 18 days after the estrus for the analyses of P4 and E2. Serum was separated by centrifugation for 15 min. with 3,000 rpm. Progesterone and estradiol-17β were measured by immunochemical assay (ELIZA test). In conventional feeding, serum progesterone levels were significantly (p<0.01) higher in F1 than in L and Y. No significant differences in P4 concentrations were seen between the L and Y of sows. Serum E2 levels were similar the serum progesterone levels. In the case of flushing feed, the tendency of hormonal changes were similar to conventional methods. But almost of hormonal levels were a little higher than that of conventional methods. P4 level of L and Y in flushing feed were significantly different (p<0.01). Serum E2 level of Y in flushing feed was significantly different among the breeds (p<0.01). These results were similar to the tendency of hormonal changes in general sows and moreover, flushing feed is known to develop the swine production, these results proved the fact of the methods. And these results suggested that more studies about hormonal changes in sows according to seasonal and nutritional factors should be needed.

본 연구에서는 2000~2010년까지 11년간 경남 소재 K 종돈장 Yorkshire 종빈돈 9,086두에 대한 자료를 근거로 하여 돼지의 주요 경제 형질인 등지방 두께, 등심단면적, 정육율, 일당증체량, 및 90 kg 도달일령에 영향을 미치는 환경효과를 추정하기 위하여 Harvey et al. (1979)의 최소제곱 평균법으로 SAS @9.2 Package/PC를 이용하여 분석하였으며(SAS Institute, 2006), 상이한 검정개시 체중과 검정 종료 체중을 보정하는 방법으로 검정종료 일령을 공변이로 포함하여 분석하였다. 본 연구의 결과를 요약하면 다음과 같다. 조사된 돼지의 주요 경제형질의 평균치와 표준 편차는 90kg 도달일령의 경우 147.537 ± 12.401 일, 일당증체량의 경우 614.614 ± 56.900 g, 보정 등지방 두께가 15.771 ± 3.071 mm, 등심단면적의 경우 28.644 ± 3.634 cm2, 정육율의 경우 55.363 ± 3.901%로 나타났다. 각 요인에 대한 유의성 검정 결과를 보면 조사된 모든 형질에 대해 출생 계절과 검정 계절의 효과에서 고도의 유의성(p<0.01)을 나타내었다. 표현형 상관에서 90 kg 도달일령과 일당증체량은 강한 부의 상관을 나타내었다. 90kg 도달일령과 등지방 두께는 정의 상관을, 일당증체량과 등지방 두께는 부의 상관을 나타내었다. 등지방두께와 등심단 면적은 -0.294의 부의 상관을 등지방두께와 정육율은 -0.723의 부의 상관을 나타내었다. 등심단면적과 정육율은 0.586의 정의 상관을 나타내었다. 본 연구에서 공변이 분석으로 포함한 종료체중의 효과에 대해 추정된 회귀계수는 검정종료일령에 대해 검정 종료 일령이 1일씩 증가함에 따라 등지방두께, 등심단면적, 정육율, 일당증체량, 90 kg 도달일령은 각각 -0.04 mm, -0.02 ㎠, 0.03%, -1.26 g, 0.61 일씩 변화하였으며, 특히 일당증체량과 90 kg 도달일령에 많은 영향을 미치는 것으로 사료된다. 이상의 연구결과를 통해 농장 검정돈의 표현형적 특성을 파악할 수 있었고, Yorkshire 종빈돈의 능력을 평가할 때 유전적 능력과 환경요인에 의한 부분을 고려하여야 할 것으로 사료된다. 또한 능력검정을 통한 우수한 종빈돈의 선발과 개량이 곧 현 국내의 축산업의 발전을 위한 노력의 기반이 될 것이다.

The objective of this study was to find out candidate genes associated with litter size trait in pigs of inbred Large Yorkshire and Landrace populations. 86 sows were screened for candidate genotypes along with litter size data recordings. Association of litter size with genotypes of candidate genes were investigated to verify the usefulness of each gene's genotypes as markers for the trait. For the lines of Large Yorkshire, PRLR3 and RBP4 genes were genotyped. Frequency distribution of PRLR3 with genotypes AA, AB and BB were each 0.14, 0.44 and 0.42. And the average litter size by PRLR3 genotypes were 8.83, 10.81 and 10.70 piglets per litter, the average estimated breeding values of which were 0.243, 0.332, 0.365, respectively for AA, AB and BB genotypes. Genotypic frequencies of RBP4 by AA, AB and BB genotypes were 0.10, 0.44 and 0.46. The average litter size by genotypes of RBP4 were 10.40, 10.57 and 10.35 piglets per litter and their corresponding average estimated breeding values were 0.451, 0.353 and 0.261, respectively for genotypes AA, AB and BB. Significance in differences among genotypes were not observed, but B allele of RBP4 seems to be associated with litter size. In Landrace lines, frequencies of RBP4 genotypes, AA, AB and BB were 0.29, 0.55 and 0.16. And the average litter size of these genotypes were 10.50, 11.08 and 11.00 piglets per litter. The corresponding averages of estimated breeding values of each genotypes were 0.172, 0.135 and 0.104. In Landrace lines, allele A was more likely to be associated with litter size, even if differences among average litter size were not significant. We conclude that genotyping of two candidate genes is a helpful tool to identify genetic potentials of litter size in pigs.

본 연구는 2001년부터 2005년까지의 요크셔종 모돈 분만기록 4,989복의 번식성적 자료를 근거로 요크 셔 모돈의 번식형질에 대한 유전모수 추정시 년도-계절, 산차, 교배웅돈을 교정효과로 포함하였으며, 영 구환경효과 포함여부에 따른 두 개의 혼합모형을 설정하여 번식형질에 대한 환경효과 및 유전모수 추정을 실시하였다. 연구의 결과는 다음과 같다. 요크셔종의 초교배일령, 경산돈의 발정재귀일령 및 포유기간이 번식형질에 미치는 효과를 추정한 결과 경산돈의 번식형질에 있어 사산두수, 미라두수, 기타두수를 제외한 번식형질에서는 계절의 요인을 제외하 고는 년도, 산차, 발정재귀일령, 포유기간에 대해 각 요인별로 유의적으로 차이를 나타내었다 (p<0.05). 총산자수와 포유두수 사이의 표현형상관과 유전상관은 고도의 정의 상관을 나타내었으며 유전상관이 표현 형상관보다 높은 결과를 나타내었다. 번식형질에 대한 유전력의 경우 영구환경 효과를 고려하지 않은 유 전력 및 영구환경 효과를 고려한 유전력은 각각 총산자수에서 0.240과 0.076, 포유두수에서 0.187과 0.096으로 추정되어 영구환경 효과를 고려한 유전력이 영구환경 효과를 고려하지 않은 유전력 보다 매우 낮게 추정되었다. 이상의 결과로 보아 유전모수 추정시 영구환경 효과를 고려한 모델식을 적용한다면 육 종가의 정확도를 높일 수 있을 것으로 사료된다.

본 연구는 1999년부터 2005년까지 K GGP 종돈장에서 농장검정된 Yorkshire종 16,202두의 산육형질자료 를 근거로 다변량 통계모옇을 이용한 산육형질에 대한 유전모수를 추정 하고자 실시하였다. 조사된 모든 산육형질에 대해 성, 출생년도, 출생계절, 산차 및 생시체중의 효과는 고도의 유의성(p<0.01)을 나타내었다. 산육형질에 대한 생시체중 그룹의 효과는 생시 체중이 높은 그룹일수록 일당증체량 및 정육율은 높아지는 반면, 90 kg 도달일령, 등지방 두께 및 등심단면적은 결과치가 낮아지는 경향을 보였다. 생시체중이 높은 그룹이 복 평균개체중과 복 총체중이 높은 경향을 보였다. 산육형질에 대한 유전력의 경우 복의 효과를 고려하지 않은 유전력 보다 10~30%까지 낮게 추정되었다. 복의 효과를 고려하지 않은 유전력 및 복의 효 과를 고려한 유전력 결과는 각각 일당증체량이 0.468, 0.328, 90 kg 도달일령이 0.474, 0.326, 등지방 두께가 0.452, 0.396, 등심단면적이 0.240, 0.200, 정육율의 경우 0.458, 0.380로 추정되었다. 따라서 최근 연구문헌의 자료 및 유전모수추정치 결과를 종합하여 볼 때 정확한 유전모수 추정을 위해 분석시 복의 효과를 고려한 모델식을 적용하여 육종가의 정확도를 높여야 할 것으로 사료된다.