For preliminary molecular typing, PCR-based fingerprinting using random amplified polymorphic DNA (RAPD) is the method of choice. In this study, 14 bacterial strains were isolated from different Korean food sources, identified using 16S rRNA gene sequencing, and characterized through RAPD-PCR. Two PCR primers (239 and KAY3) generated a total of 130 RAPD bands, 14 distinct PCR profiles, 10 polymorphic bands, one monomorphic band, and four unique bands. Dendrogram-based analysis with primer 239 showed that all 14 strains could be divided into seven clades out of which clade VII had the maximum of seven. In contrast, dendrogram analysis with the primer KAY3 divided the 14 L. citreum strains into four clades out of which clade IV consisted of a maximum of 10 strains out of 14. This research identified and characterized bacterial populations associated with different Korean foods. The proposed RAPD-PCR method, based on sequence amplification, could easily identify and discriminate the lactic acid bacteria species at the strain-specific level and could be used as a highly reliable genomic fingerprinting tool.

For preliminary molecular typing, PCR-based fingerprinting using random amplified polymorphic DNA (RAPD) is the method of choice. In this study, 14 bacterial strains were isolated from different Korean food sources, identified using 16S rRNA gene sequencing, and characterized through RAPD-PCR. Two PCR primers (239 and KAY3) generated a total of 130 RAPD bands, 14 distinct PCR profiles, 10 polymorphic bands, one monomorphic band, and four unique bands. Dendrogram-based analysis with primer 239 showed that all 14 strains could be divided into seven clades out of which clade VII had the maximum of seven. In contrast, dendrogram analysis with the primer KAY3 divided the 14 L. citreum strains into four clades out of which clade IV consisted of a maximum of 10 strains out of 14. This research identified and characterized bacterial populations associated with different Korean foods. The proposed RAPD-PCR method, based on sequence amplification, could easily identify and discriminate the lactic acid bacteria species at the strain-specific level and could be used as a highly reliable genomic fingerprinting tool.

본 연구는 Cymbidium 원종 및 주요 품종을 대상으로 RAPD 분석을 이용하여 이들의 유전적 근연관계를 비교하고, 또한 유전적 구별성과 균일성을 확인하여 이들 생화학적 표지를 품종식별의 지표로 활용함으로써 교배모본을 선정할 때 품종의 기초자료를 얻기 위하여 수행하였다. 심비디움의 PCR 반응조건 구명하고자 각각의 반응액 조건을 알아본 결과 PCR tube(0.5mL)에 10ng template DNA, 100ng primer, 200μM dNTP mixture, 1unit Taq DNA polymerase, 1.5mM MgCl2, 10mM Tris-HCl을 첨가하여 25μL로 조정하여 최적 반응액을 만들었다. PCR 반응 조건은 94oC에서 5분간 예비 변성시키고, 94oC에서 3분 변성, 37oC에서 1분간 primer 접촉 및 72oC에서 5분간 증폭시키는 과정을 45회 반복했을 때가 가장 효과적이었다. 선발된 10개의 primer로부터 87개의 밴드로부터 심비디움 원종 및 품종 30종의 군집분석을 한 결과, 유사도 0.647을 기준으로 2개의 군집으로 분류할 수 있었고, I 집단은 유사도값 0.660을 기준으로 3 소군집, II집단은 유사도값 0.737을 기준으로 3 소군집이 속하였다. II집단 C. ‘Place court’ 와 C. Pure Destiny ‘Ultimate’는 유사도가 0.920으로 높게 나타났다. 중형종인 C. ‘Juulyang’과 C. ‘Tropical Yellow’도 0.908의 높은 유사도 지수를 보여 근연관계가 가깝게 나타났는데 화색은 초록색과 노란색이며 설판의 색과 화형이 비슷한 특징을 보였다. 본 연구를 통해 심비디움 원종 및 품종 30종간의 유전적 근연관계를 밝힘으로써 이후 심비디움 육종 및 유전연구에 유용한 기초자료가 될 수 있을 것으로 생각된다.

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) and fluorescent amplified fragment length polymorphism (FAFLP) analyses were executed on a total of 28 Salmonella spp., including 6 ATCC reference strains, 2 isolates from outbreaks of food poisoning in Gwangju, and 20 isolates from carcasses. For RAPD analysis, four primers, named P1254, 23L, OPA-4, OPB-17 were used producing amplification fragments ranged from 0.18kb to 2.6kb. As a result, 5 types using P1254, 5 types using 23L, 3 types using OPA-4, and 6 types using OPB-17 and a total of 18 RAPD types were achieved. For FAFLP analysis, bacterial genomic DNA was digested with endonucleases EcoRⅠ and MseⅠ, site-specific adaptors were ligated, and PCR amplification was carried out with an EcoR1 adaptor-specific primer labelled with fluorescent dye. Amplified fragments, which were separated on a polyacrylamide sequencing gel ranged from 35bp to 300bp were analysed. Results were displayed as a dendrogram with genetic distance. Twenty two Salmonella isolates and 6 reference strains were divided into 14 groups in a level of 0.136 genetic distance. In conclusion, Salmonella isolates of chicken carcasses have different genetic properties when compared to reference strains and isolates from outbreak of food poisoning.

The seven-spotted lady beetle, Coccinella septempunctata (Coleoptera: Coccinellidae) has a broad ecological range, living almost anywhere there are aphids for feeding. In this study, we isolated and characterized a total of 10 microsatellite loci from the species. The loci were validated and characterized using 25 samples collected from five Korean localities. The number of alleles and heterozygosity observed at each locus ranged from 4 to 16 and from 0.37 to 0.89, respectively. None of the loci deviated significantly from Hardy-Weinberg equilibrium and there was no indication of significant linkage disequilibrium among pairs of loci. These microsatellite markers should be very valuable markers for population genetic studies of Coccinella septempunctata.

본 연구에서는 서로 다른 지역에서 재배된 장뇌삼 8 품종과 밭에서 재배된 재배인삼 등 총 9개체에 대해 장 뇌삼 품종들 간의 유연관계를 분석하였다. RAPD분석에 사용한 random primer는 총 40종류(OPA 1～20, OPB 1～20)였으며, 이 중 34개가 각기 다른 지역에서 재배된 품종간의 집단을 형성하여 9개 품종간 유연관계를 밝히 는데 유용하였다. 유연관계를 분석한 결과, 홍천과 재배 인삼, 의성과 금산, 진안과 풍기와 강화, 상주와 안동 4개 의 그룹으로 구분되었으며 이는 다시 2개의 그룹「홍천- 재배인삼-의성-금산」,「풍기-강화-상주-안동」으로 구 분 되었다. 9개 지역에서 수집한 품종간의 유사도 값은 최저 0.30, 최고 0.53으로 나타났다. RAPD방법은 사용법 이 간단하고 소요시간이 적게 소요될 뿐만 아니라 적은 양의 DNA시료로도 분석이 가능한 검정법으로 형태적인 차이가 구별되지 않는 장뇌삼 품종 간의 유전적 유연관 계를 밝히는 데 유용한 방법임을 알 수 있었다. 그러나 품종별 계통유연관계를 보다 정확히 분석하기 위해서 AFLP 또는 Molecular Maker를 이용하거나 계통분류에 널리 이용되는 핵, 엽록체 DNA의 유전자 염기서열 비교 와 같은 정밀한 분자계통학적 연구가 수행되어져야 할 것으로 사료된다.

The Nilaparvata lugesn(BPH) and Laodelphax striatellus(SBPH) are major insect pests of rice in Korea. These BPHs migrate from China to Korea, but we have not exactly known about the route of long-distance migration of them. Molecular markers including microsatellite will be critical to asses gene flow in relation to geographical distance. In our work several microsatellite markers were developed for basic population genetic analysis of BPH and SBPH. Among each 21 microsatellite markers in BPH and SBPH, we could select 6 markers for BPH and 2 markers for SBPH as putative markers for analysis of population genetics. Others are further investigated for the possibility as markers. Development of polymorphic microsatellite loci are final stage of our work. But for good microsatellite markers to population genetics, we should do more experiments. Our work for development of microsatellites should facilitate the study of future population genetics of BPH and SBPH, and eventually elucidate the route of BPH and SBPH migration to Korea.

한반도 전지역에 줄장지뱀이 서식하고 있지만, 이 종에 대한 연구는 거의 전무한 상태이다. 한반도의 5지역(경기도, 충청북도, 제주도, 전라남도, 경상남도)의 한국산 줄장지뱀에 대해 RAPD method를 통한 종내 유전적 차이를 비교하였다. 총 28개의 primer를 사용하였고, 그 중 유의성이 있는 17개의 primer에 대한 결과를 Nei's(1972) genetic distance를 통해 유전적 거리와 UPGMA 방법을 통한 phenogram을 구

RAPD 분석은 한 개의 primer를 이용하여 임의의 DNA조각을 증폭하는 것이다. 이 때 만들어지는 여러 형태의 DNA band유형을 이용하여 살모넬라를 분류할 수 있다. 살모넬라를 효과적으로 RAPD typing할 수 있는 sprimer들을 엄선하기 위하여 살모넬라 표준균주 16종을 대상으로 총 20가지 primer들의 RAPD 분리력을 비교하여 보았다. 결과는 재현성이 높았으며 이중 primer A, OPG04, OPG10, OPL-03은 16가지 균 모두를 다른 유형으로 분리하였고 primer OPB-17, OPB-6, OPG08, OPL-02는 15가지 유형으로 분리하였다. 이들은 discrimination index, band의 숫자, band scoring의 난이도 등을 고려해 볼 때 나머지 primer 들에 비해 우수한 분리력을 보였다. 이들 primer들은 장차 살모넬라의 RAPD typing에 이용될 수 있을 것으로 보이며, 현재는 이들을 이용하여 돈육 공장의 오염원 규명을 위한 연구를 수행 중이다.

RAPD 분석은 한 개의 primer를 이용하여 임의의 DNA조각을 증폭하는 것이다. 이때 만들어지는 여러 형태의 DNA pattern을 이용하여 리스테리아 모노사이토제네스를 분류할 수 있다. 리스테리아균들을 효과적으로 RAPD typing 할 수 있는 primer들을 엄선하기 위하여 리스테리아 표준균주 13종을 대상으로 총 31가지 primer들의 RAPD분리력을 비교하여 보았다 결과는 재현성이 높았으며 이중 6가지 primer(primer 6, HLWL74, UBC155, UBC127, Lis5, Lisll)가 discrimination index, band의 숫자, band scoring의 난이도 등을 고려해 볼 때 나머지 primer 들에 비해 우수한 분리력을 보였다. 이들 primer들은 장차 리스테리아의 RAPD typing에 이용될 수 있을 것으로 보이며, 현재는 이들을 이용하여 돈육공장의 오염원 규명을 위한 연구를 수행 중이다

파밤나방(Spodoptera exigua(Hubner))의 유전변이가 다형 동위효소를 이용하여 분석되었다. 집단들은 다른 기주, 지리적 위치, 그리고 시기에 따라 세분화되었다. 평균 이형접합자빈도(0.013)는 파밤나방 전체 집단의 높은 유전변이를 나타냈다. 각 소집단들은 모두 Hardy-Weomberg 균형에서 벗어난 뚜렷한 동계교배 양식을 보였다. 이러한 높은 동계교배 효과는 지역고립에 의한 집단간 분화보다는 대부분 소집단 내 표본 추출 효과에 기인된 비임의교배에 의해 야기되었다. Wright( ) 와 Nei의 유전거리(D)는 소집단들간 유전적 분화가 낮음을 나타내지만, 일부 남쪽지역의 소집단들(해남과 사천)은 상대적으로 북쪽의 소집단들(안동과 군위)과 차이를 보였다. 유전적 거리를 기초하여 추정된 세대당 이주 개체수는 서로 다른 기주 집단간 5.9마리, 지역 집단간 10.6마리, 시기 집단간 31.8마리였다. 이러한 유전분석 결과들을 보아 국내 파밤나방은 이들의 탁월한 집단간 이주 능력 때문에 집단간 유전분화가 적은 것으로 나타냈다.

연초에 채집하여 Blackman(1987)의 기주선호성과 형태적인 특징을 이용하여 분류한 방법에 의해 두가지 타입을 (M. persicae Sulzer와 M. nicotianae Blackman)으로 구분된 무시성충 복숭아 혹진딧물 8 클론의 유전적 특성을 분석을 위하여 RAPD-PCR방법을 이용하였다. 사용된 random primer(10-mer) 100개 중에서 20개의 primer을 선발하였는데 GC content가 70, 80, 90%인 primer에서 각각 26.9%, 50.5% 및 66.^%로 GC content가 높아질수록 PCR결과 band의 양상이 좋게 나타났다. simple matching coefficient를 구하여 matrix를 작성해 본 결과 유사계수(similarity coefficient)의 범위는 0.414~0.808사이이었다. 복숭아혹진딧물 clone 간에 유사계수가 가장 높은 것은 PG2와 PG3 클론으로 0.808로 나타났으며, DBR클론을 기준으로 하여 볼 때 PG2 클론간의 유사계수를 0.414로 유사도가 가장 낮았다. 유사계수를 이용하여 8가지 클론의 진딧물들에 대한 유전적 근연관RP를 살펴보면 M. persicae typer에 속하는 PG1, PG2, PG3 클론들과 M. nicotianae type에 속하는 RED 클론이 유사도 0.643에서 한그룹, M. nicotianae type에 속하는 GR1, GR2, BRN크론들이 유사도 0.636에서 유연관계가 있었으며 그리고 M. persicae type에 the하는 DBR클론 등 세 개의 그룹으로 구분되었다. 따라서 연초에서 발생한 복숭아혹진딧물 형태형 2종 (M. persicae와 M. nicotianae)에 대하여 RAPD 기법을 이용하여 분석해본 결과 뚜렷한 유전적 유연관계는 발견하지 못하였다.