This study was conducted to assess the genetic diversity and population structure of 70 amaranth accessions collected from South and Southeast Asia using 14 simple sequence repeat (SSR) markers. In total, 67 alleles were detected, with an average of 4.79 per locus. Rare alleles comprised a large portion (46.3%) of the detected alleles, and 29 unique alleles associated with rice accessions were also discovered. The mean major allele frequency (MAF), genetic diversity (GD) and polymorphic information content (PIC) of the 14 SSR loci were 0.77, 0.36, and 0.34, respectively. A model-based structural analysis revealed the presence of three subpopulations. The genetic relationships revealed by the neighbor-joining tree method were fairly consistent with the structure-based membership assignments for most of the accessions. All 70 accessions showed a clear relationship to each cluster without any admixtures. We observed a relatively low extent of genetic exchange within or among amaranth species from South and Southeast Asia. The genetic diversity results could be used to identify amaranth germplasms and so facilitate their use for crop improvement.

본 연구는 국내외에서 육성 및 수집된 장미품종에 대하여 SSR 마커를 이용하여 품종식별 연구를 수행하였다. 장미 품종식별에 적합한 SSR 마커를 선정하기 위하여 112개의 SSR 마커를 12개의 주요품종을 대상으로 분석하였다. 최종 선발된 22개의 SSR 마커를 대상으로 69품종을 이용하여 분석하였을 때 대립유전자의 수는 2～10개의 분포를 나타내었으며 총 114개의 대립유전자가 분석되었다. PIC 값은 0.211～ 0.813의 범위에 속하였으며 평균값은 0.621로 나타났다. SSR 마커를 이용하여 작성된 장미 69품종의 품종간 유전적 거리는 0.41～0.87의 범위로 나타났고, 공시 품종 모두 SSR 마커의 유전자형에 의해 구분되었다. 본 연구결과는 장미 품종의 식별과 유전적 다양성 연구를 위한 기초 자료로 유용하게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

본 연구는 복숭아 유전자원의 유전적 다양성을 분석하여 육종의 기초 자료로 활용하기 위하여 재배 품종 및 국내에서 수집한 야생 복숭아 64점을 대상으로 SRAP, AFLP와 RAPD 분석을 수행하였다. 19종과 20종의 primer조합을 이용한 SRAP와 AFLP분석에서 각각 143개(26.7%)와 193개(27.2%)의 다형성 밴드를 획득하였고, 평균 다형성 밴드 수는 7.53개와 9.65개였다. RAPD분석에서 52종의 선발 primer를 이용하여 201개(45.9%)의 다형성 밴드를 얻었으며, 평균 다형성 밴드 수는 3.90개였다. SRAP, AFLP와 RAPD분석에서 획득된 537개의 다형성 밴드를 이용하여 UPGMA(비가중 평균결합) 방식으로 유사도 및 집괴분석을 수행한 결과 유전적 유사도 0.751을 기준으로 8개의 그룹으로 분류되었다. 복숭아 유전자원 간 유전적 유사도 값은 0.370～0.978의 범위로 평균 유전적 유사도는 0.737이었다. 가장 높은 유사도 값(0.978)을 나타낸 유전자원은 PH065와 PH066 간이었고 가장 낮은 유사도 값(0.370)을 나타낸 유전자원은 Prunus davidiana와 PH020간이었다. 본 연구에서는 이용된 64종의 복숭아 유전자원은 집괴분석 결과 유전자원들이 수집된 지역은 다르지만 유전적 다양성은 낮은 것으로 추정되었다.

A wide range of sensors are used to figure out structure behaviors such as strain gauge, vibrating wire sensor, and etc. For stress sensor, it is exact but can only measure relative changed values. For displacement sensor, it is also exact but hard to figure out 3D displacement. Motion capture system can solve these problems so widely used in various fields. This paper is aimed to define accuracy for motion capture system through the capturing a stopped passive marker. From this findings, possibility to apply to structural health monitoring especially in building structure was verified.

본 연구는 총 50개의 SSR primer를 이용하여 색소옥수수(색소종실 옥수수 12계통, 색소찰 옥수수 12계통) 및 비색소옥수수(종실옥수수 2계통, 찰옥수수 5계통) 계통들에 대하여 유전적 다양성, 계통유연관계 및 집단구조를 분석하였다.1. 그 결과 50 개의 SSR primer들은 색소 및 비색소옥수수 31계통들에서 총 282개의 대립단편을 증폭시켰으며, SSR primer들에서 증폭된 대립단편의 수는 최소 2개에서부터 최대 11개까지의 범위로 나타나 평균 5.64개가 증폭되었다. MAF(major allele frequency)는 0.23(bnlg279)에서 0.90(umc2338)의 범위로 나타나, SSR primer 당 평균 0.45개로 나타났고, 유전적 다양성(GD)값은 0.17(umc2338)에서 0.86(bnlg279)의 범위로 나타나, SSR primer 당 평균 0.67의 값을 나타내었다. 2. 31개의 색소 및 비색소옥수수 계통들의 집단구조를 분석한 결과, 이들 옥수수 계통들은 Groups I, II, III, IV, V, admixed로 구분되었다. Group I은 찰옥수수 1계통, 색소종실옥수수 1계통, 색소찰옥수수 5계통이 포함되었고, Group II는 찰옥수수 1계통, 색소찰옥수수 3계통이, Group III는 색소종실옥수수 3계통, Group IV는 색소종실옥수수 2계통이, Group V는 종실옥수수 2계통, 찰옥수수 2계통, 색소종실옥수수 5계통이 포함되어 있었다. 그리고 admixed group에는 찰옥수수 1계통, 색소종실옥수수 1계통, 색소찰옥수수 4계통 이 포함되어 있었다.3. UPGMA법에 의한 계통유연관계 분석 결과, 31개의 색소 및 비색소옥수수 계통들은 유전적 유사성 27.4%의 수준에서 크게 3개의 그룹으로 나누어졌다. Group I은 10개의 옥수수 계통(종실옥수수 2계통, 찰옥수수 2계통, 색소종실옥수수 6계통)을 포함하고 있었고, Group II는 20개의 옥수수 계통(찰옥수수 3계통, 색소종실옥수수 5계통, 색소찰옥수수 12계통)을, 그리고 Group III은 색소종실옥수수 1계통을 포함하고 있었다. 따라서 본 연구의 결과는 앞으로 강원도 농업기술원 옥수수시험장에서 색소옥수수 자식계통들에 대한 선발과 품종 육성 연구에 유용한 정보를 제공할 것으로 생각된다.

밀양23호/기호벼 재조합자식 유전집단을 대상으로 PCR 기반 DNA 마커들로 구성된 분자유전자지도를 만들고자, 주로 아가로스 젤 상에서 분석이 가능한 마커들을 위주로 STS, InDel, RTM, SSR 마커들을 선발하여 분석하였다. InDel 마커 37개, STS 마커 88개, RTM 마커 8개, SSR 마커 91개를 포함한 224개의 마커로 구성된 유전지도를 만들었는데, 총 유전거리는 1,425 cM이었으며, 마커간 평균거리는 6.7 cM이었다. 이들 DNA 마커들의 프라이머 시퀀스 정보를 바탕으로 e-PCR프로그램을 이용하여 각 마커들의 벼 유전체상에서의 물리적인 위치를 파악하고 물리지도를 작성하였다. 이 물리지도에서 마커간의 물리적 거리의 합은 356.8 Mbp이었으며, 총 유전거리에서 이를 나누어 구한 1 cM당 평균 물리적 거리는 250 kbp이었다. 5% 유의수준에서 분리비 편의(segregation distortion) 현상을 보인 마커는 전체 마커의 22.8%인 51개이었으며, 주로 3번 염색체의 중간부위, 6번 염색체의 거의 모든 영역, 7번 염색체의 상단부위, 8번 염색체의 하단부위, 12번 염색체의 상단부위에 분포하였다. 이 분자유전자지도는 자포니카형 품종과 통일형 품종 또는 인디카 품종간의 교배후대 집단에서 유용형질의 유전자 위치를 분석하고자 할 때 이용 가능한 마커들에 대한 정보를 제공할 것이다.

본 연구에서는 국내 콩 산업의 경쟁력 제고를 위해 국내 콩품종을 간편하고 신속하게 판별을 할 수 있는 기술을 개발하였다. 공우성(Co-dominant)인 STS 마커는 RCR기반으로 한 agarose gel에서 쉽게 확인이 가능한 장점이 있어 대량의 유전자원 분석 및 품종판별에 효율적으로 사용 가능하다. 본 연구에서 MF technique을 이용하여 우리나라 대표품종인 황금콩의 Genomic DNA library를 작성하고 이를 해독한 염기서열 정보로부터 STS-CAPS 마커를 개발하여 국내 콩 품종판별에 적용한 결과를 요약하면 다음과 같다.1. 선발된 총 1440개의 클론 중에서 700 bp 이상인 887개의 콜로니에 대해 염기서열 분석을 하였다. 분석된 클론의 염기서열 정보를 이용하여 총 143쌍의 STS primer를 제작하고, 황금콩에서 단일밴드로 증폭되는 101쌍의 primer를 1차 선발하였다.2. 선발된 101쌍의 primer를 국내 주요 14품종에 적용하여, PCR 증폭 후 AluI, HaeIII 등 7종의 제한효소를 처리, 2% agarose gel에서 전기영동 한 후 품종 간 다형성을 확인하였다. 14개 주요 보급 콩 품종에 대해서 다형성 분석을 통해 총 18쌍의 STS primer를 선발하였다. 3. 콩 품종판별을 위하여 선발한 18개 STS-CAPS 조합(51개 조합)의 총 대립인자 수는 147개였으며, 대립인자 수의 범위는 2-6개이었고, 평균 대립인자 수는 2.9 였다. 분석에 사용한 51개의 STS-CAPS조합의 PIC value는 0.02-0.74 의 범위였으며 평균 PIC value는0.40이었다. 4. 110개 한국 육성 품종을 대상으로 단계별(14단계)로 품종판별을 하였다. 110 개의 품종 중 동일한 패턴을 보인 4개의 품종(진품콩과 진품콩 2호 및 소원콩과 신강콩) 을 제외하고 106(96.4%) 품종이 판별되었다.

In this study, Expressed Sequence Tag-Simple Sequence Repeat (EST-SSR) analyses were used to clarify the genetic polymorphisms among Korean ginseng cultivars and breeding lines and to classify them into distinct genetic groups. Polymorphic and reproducible bands were produced by 14 primers out of total 30 primers used in this study. Fourteen EST-SSR loci generated a total of 123 bands. Amplified PCR products showed the highly reproducible banding patterns at 110~920 bp. The number of amplified bands for each EST-SSR primers ranged from 2 to 19 with a mean of 8.8 bands. P26 and P35 primers showed 13 and 12 banding patterns, respectively. The number of alleles for each EST-SSR locus ranged from 1.67 to 2.00 with a mean of 1.878 alleles. P34 and P60 primers showed the highest and the lowest genetic polymorphism, respectively. Cluster analysis based on genetic similarity estimated by EST-SSR markers classified Korean cultivars and breeding lines into 4 groups. Group included Gopoong and Chunpoong and 9 breeding lines (55%), group included 2 breeding lines (10%), group included 3 breeding lines (15%), group included Gumpoong and 3 breeding lines (20%). Consequently, the EST-SSR marker developed in this study may prove useful for the evaluation of genetic diversity and differentiation of Korean ginseng cultivars and breeding lines.

최근 옥수수는 식량작물의 역할과 더불어 간식용, 사료용, 공업원료 등의 다양한 용도로 이용되고 있다. 현재 강원도 농업기술원 옥수수시험장에서는 천연색소 원료로 이용될 수 있고, 항암, 항산화, 항당뇨에 효과가 있다고 알려진 안토시아닌 색소를 함유한 기능성 색소옥수수자식계통들을 육성하고 있다. 따라서 본 연구는 강원도 농업기술원 옥수수시험장에서 육성한 색소옥수수 24계통(색소포엽 옥수수 9계통, 색소종실 옥수수 3계통, 색소찰 옥수수 12계통)들과 종실옥수수 2 계통, 찰옥수수 5 계통들에 대하여 분자생물학적 분석법인 SSR 분자마커를 이용하여 색소옥수수 자식계통들에서 특이적으로 나타나는 분자마커를 찾기 위하여 유전적 다양성, 계통유연관계 및 집단구조를 분석하였다. 그 결과 분석에 이용된 50개의 SSR primer들은 31개의 옥수수 자식계통들에서 총 282개의 대립단편을 나타내었으며, 각 SSR primer 당 증폭된 대립단편의 수는 2개(umc2338)에서 11개(bnlg279)의 범위로 나타나, 평균 대립단편 수는 5.64개였다. 이들 집단들에서 측정된 Gene diversity 값은 전체 50개의 SSR 마커들에서 0.17(umc2338)∼0.86(bnlg279)의 범위로 나타나 평균 0.67의 값을 보였으며, PIC 값은 0.16(umc2338)∼0.84(bnlg279)의 범위로 나타나 평균 0.62의 값을 보였다. 본 연구에서 색소옥수수 계통 중 색소포엽 옥수수와 색소알곡 옥수수에 특이적으로 나타나는 대립단편을 분석한 결과, 총 100개의 특이적 대립단편을 확인하였다. 이들 100개 대립단편 중에서, 색소포엽 옥수수 자식계통들에서 특이적으로 나타나는 대립단편은 55개로 확인되었고, 색소알곡 옥수수 자식계통들에서 특이적으로 나타나는 대립단편은 45개로 확인되었다. 집단구조 분석 결과에 의하면, 31개의 옥수수 자식계통들은 membership probability threshold 0.8을 기준으로, Groups I, II, III, IV, V 그리고 admixed group으로 나누어 졌다. 그리고 UPGMA 법에 의한 계통유연관계 분석에서 31개의 옥수수 자식계통들은 유전적 유사성 27.4% 수준에서 크게 3개의 그룹으로 분리되었다. 첫 번째 그룹은 10개의 옥수수 자식계통(종실옥수수 2 계통, 찰옥수수 2 계통, 색소옥수수 6계통)들로 구성되었고, 두 번째 그룹은 20개의 계통(찰옥수수 3 계통, 색소옥수수 5계통, 색소찰옥수수 12계통)들로 구성되어 있었으며, 세 번째 그룹은 색소옥수수 1 계통으로 구성되어 있었다. 본 연구의 결과는 색소 옥수수 자식계통들에 대한 유전적 변이성 및 계통유연관계 그리고 집단구조를 밝힘으로써 앞으로 색소용 종실 및 찰옥수수 그리고 색소용 포엽 옥수수의 신품종을 개발하기 위한 육종연구에 유용한 정보를 제공할 것으로 기대된다.

총 22개의 감 SSR primer set을 사용하여 주요 재배품종 17품종, 수집한 단감 변이개체 13종 등, 총 30개의 유전적 연관성을 분석하였다. 획득한 469개의 다형성 밴드를 이용하여 UPGMA 방식으로 유사도 및 집괴분석을 수행한 결과, 30개의 품종 및 수집 계통들은 크게 2개의 그룹(cluster)으로 나뉘어졌으며, 제 1 cluster는 다시 3개의 subcluster로, 제 2 cluster는 다시 2개의 subcluster를 형성하였다. 이는 수집 계통들이 기존 대조품종들과 서로 동일군으로 분포되고 있어 형태적으로 유사할 수 있고 근연되어 있지만, 유전자적 수준에서는 다른 조성을 가지고 있음을 보여준다. 평균 유사도의 값은 0.164 이였고 품종간 가장 높은 유사도 값(0.31)을 나타낸 것은 ‘차랑’과 ‘전천차랑’이였고, 가장 낮은 유사도 값(0.02)를 나타낸 것은 Ⅱ 그룹과 비교하여 Ⅰ 그룹에 속하는 ‘Rojo Brillante’였다. 본 연구에 사용된 22 SSR primer set을 통해, ‘차랑’과 ‘전천차랑’을 제외한 대조품종과 수집 계통간의 구별이 가능하여 향후 신품종 개발시 품종보호를 위한 특이적 마커로 효율적으로 사용될 수 있을 것으로 판단된다.

포도 대목 품종 육성 시, 주요 교배친으로 사용되는 대목 품종 29점 및 국내 자생 머루를 포함한 포도 속(Vitis) 야생 유전자원 13점 등 총 42점의 유전적 다양성을 분석하기 위하여 RAPD와 SSR 분석을 수행하였다. Random decamer 30 종을 분석하여 329개의 다형성 밴드(60.3%)를 얻었으며 primer 당 평균 다형성 밴드 수는 11.0개였다. SSR 마커 20종을 이용하여 분석한 결과 263개의 대립인자가 확인되었고, 마커

우리나라에서 수집한 재래종 조 26계통들에 대하여 9개의 AFLP primer조합을 사용하여 유전적 다양성 및 계통유연관계를 분석한 결과는 다음과 같다. 1. 분석에 이용한 9개의 AFLP primer조합들은 국내에서 수집한 조 26계통들에서 총 170개의 DNA단편을 나타내었고, 이중에서 145개의 단편(85.3%)들은 다형성을 나타내었다. 9개의 AFLP primer조합들에서 측정된 유전적 다양성 값(Hs)은 1.84에서 6.80의 범위로 나타나, 평균 3.85값을 나타내었다. 강원지역에서 수집한 조 계통(Group 1)들은 평균 3.39의 유전적 다양성 값을 나타내었고, 경기도 등 타 지역에서 수집한 조 계통들(Group 2)은 평균 2.99의 유전적 다양성 값을 나타내었다. 2. 국내에서 수집된 재래종 조 26계통들은 유전적 유사성 73% 수준에서 크게 두 개의 그룹으로 구분되었다. Group I은 유전적 유사성 76.8% 수준에서 강원도에서 수집한 13계통들과 경기도에서 수집한 1계통을 포함하고 있었으며, Group II는 유전적 유사성 78.9% 수준에서 강원도에서 수집한 2계통들과 타 지역에서 수집한 10계통들을 포함하고 있었다. 본 연구결과는 우리나라에서 수집한 재래종 조 계통들에 대한 유전적 다양성 및 계통유연관계 이해 그리고 이들 자원의 수집 및 보존 등에 유용한 정보를 제공할 것으로 기대된다.

본 연구는 총 50개의 SSR 마커를 이용하여, 찰옥수수 및 종실용 옥수수 핵심집단(찰옥수수 40계통, 종실용 옥수수 40계통)의 자식계통들의 유전적 다양성, 집단구조 및 계통유연관계를 분석하였다. 1. 그 결과 65bp에서 225bp 크기의 범위로 총 242개의 대립단편들을 증폭시켰다. SSR primer들에서 증폭된 대립단편의 수는 최소 2개에서부터 최대 9개까지의 범위로 나타났고, 평균 4.84개가 증폭되었다. 그리고 GD값은 0.420에서 0.8

This study was conducted to investigate the genetic diversity and to develop a technique for cultivar identification using SSR markers in grapevine. Thirty Korean bred and introduced grapevine cultivars were evaluated by 28 SSR markers. A total of 143 alleles were produced ranging from 2 to 8 alleles with an average of 5.1 alleles per locus. Polymorphic information contents (PIC) were ranged from 0.666 (VVIp02) to 0.975 (VVIn33 and VVIn62) with an average of 0.882. UPGMA (unweighted pair-group method arithmetic average) clustering analysis based on genetic distances using 143 alleles classified 30 grapevine cultivars into 7 clusters by similarity index of 0.685. Similarity values among the tested grapevine cultivars ranged from 0.575 to 1.00, and the average similarity value was 0.661. The similarity index was the highest (1.00) between 'Jinok' and 'Campbell Early', and the lowest (0.575) between 'Alden' and 'Narsha'. The genetic relationships among the 30 studied grapevine cultivars were basically consistent with the known pedigree. The three SSR markers sets (VVIn61, VVIt60, and VVIu20) selected from 28 primers were differentiated all grapevine cultivars except for 'Jinok' and 'Campbell Early'. Five cultivars ('Narsha, 'Alden', 'Dutchess', 'Pione', and 'Muscat Hamburg') were identified by VVIn61 at the first step. Then 21 cultivars including 'Hongsodam' by VVIt60 at the second step and 2 cultivars ('Heukbosuck' and 'Suok') by VVIu20 at the third step were identified. These markers could be used as a reliable tool for the identification of Korean grapevine cultivars.

본 연구에서는 관행의 교배육종과 DNA 마커를 이용한 MAS의 접목을 통하여 벼멸구 저항성과 관련된 단점을 보완하고, 효율적으로 도열병, 줄무늬잎마름병, 흰잎마름병, 벼멸구, 끝동매미충 저항성이 집적된 복합내병충성 우량계통을 육성하고자 수행하였다. 교배모본으로는 완전미율이 높고, 끝동매미충에 저항성인 '남평'과 단간이면서 흰잎마름병에 저항성인 '주남'을 반복친으로 사용하였고, 벼멸구저항성 유전자 Bph1을 가지고 있지만 간장이 크고 재배안전성이 미흡한

In this study, simple sequence repeat (SSR) analyses were utilized for evaluation of genetic diversity and discrimination of 17 accessions. Five cultivars, which were developed from Korea, and 12 foreign accessions, which were collected from China, Japan, Russia and USA, were evaluated by nine markers out of 22 SSR markers. A total of 39 alleles were detected, ranging from 2 to 8, with an average of 4.3 alleles per locus. The expected heterozygosity and PIC values were 0.627 and 0.553, with a range from 0.21 (GB-PG-078) to 0.76 (GB-PG-142) and from 0.19 (GB-PG-078) to 0.70 (GB-PG-142), respectively. Four makers out of nine SSR markers, GB-PG-026, GB-PG-043, GB-PG-142 and GB-PG-177, were selected as key factors for discrimination of Korean ginseng cultivars and foreign accessions. All of Korean ginseng cultivars and foreign accessions were individually by the combination of four SSR markers. Consequently, the SSR markers developed in this study may prove useful for the evaluation of genetic diversity and discrimination of Korean ginseng cultivars and foreign accessions.