To evaluate the indoor air quality of food manufacturing plants, the presence of viable bacteria and fungi was assessed in the indoor air of the facilities at which 9 food items were manufactured. Air samples were collected from the general zone, low clean zone and clean zone of each factory with an air sampler, in combination with plate counts agar using for bacteria, and dichloran-glycerol agar for fungi. The samples were incubated at 25℃for 4 to 7 days. After culture, the colony forming units (CFU) on each plate were counted and corrected with a positive hole conversion table. The average concentration of bacteria was 2.2 × 10³ CFU/㎥ in the general zone, 1.2 ×10³ CFU/㎥ in the low clean zone and 7.3 × 10² CFU/㎥ in the clean zone. The average concentration of fungal microbes was 2.5 × 10³ CFU/㎥ in the general zone, 2.6 × 10³ CFU/㎥ in the low clean zone, and 2.0 × 10² CFU/㎥in the clean zone. No meaningful differences were detected between the general zone and the low clean zone, but the clean zone had significantly lower concentrations than the other zones. Additionally, the identification of the fungi was performed according to morphological method using a giant culture and slide culture. The fungi were identified as belonging to 18 genera, and the genera Cladosporium(33%), Penicillium(29%) and Aspergillus(26%), predominated. Aspergillus isolates were identified to species level, and A. ochraceus, a mycotoxigenic species, was identified. As part of the effort to control the quality of the indoor air of food manufacturing plants, our results show that continued studies are clearly warranted.
Tuberculosis (TB) is a significant disease for both humans and animals worldwide. The genus Mycobacterium includes several species that cause TB disease in humans and other animals. Amongst the members of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), M. tuberculosis is mainly a human pathogen, whereas M. bovis has a broad host range and is the principal agent responsible for TB in domestic and wild mammals. M. bovis also infects humans, causing zoonotic TB through ingestion, inhalation. M. bovis accounts for only a small percentage of the reported cases of TB in humans. In recent years, TB in farmed deer has become a disease as public health importance in several countries. Nowadays, there has been rapid outbreak of bovine TB in cattle and deer in Korea. Investigations are needed to elucidate the relative importance of M. bovis on TB incidence in humans, especially in Korea where bovine TB remains a problem. Also, the human sources as the cause of animal infection, M. tuberculosis from the farm workers also important for TB control of animals in Korea. Differentiation between the causative organisms may only be achieved by sophisticated laboratory methods involving bacteriological characteristics, biochemical properties, and routine resistance to pyrazinamide (PZA). M. bovis shows inherently resistant to PZA whereas M. tuberculosis is susceptible to PZA. In this study, we developed a multiplex-PCR assay based on a 12.7-kb fragment for the differential detection of M. bovis and M. tuberculosis. A total of 131 M. tuberculosis complex isolates were randomly obtained from cattle and deers that were PPD positive. they all yielded M. bovis. M. tuberculosis was not isolated from animals. and, a total of 25 M. tuberculosis complex isolates which is resistant to PZA were obtained from patient. PZA resistant MTC in humans was caused entirely by M. tuberculosis. The multiplex-PCR protocol was highly species-specific and time saving for identification of M. bovis and M. tuberculosis. This multiplex-PCR assay will be easily used as a routine monitoring tool in veterinary and medical laboratories.
다양한 병원성 세균들이 양송이, 느타리, 팽이버섯 등에 갈반병, 세균성무름병, 미이라병 등을 일으키는 것으로 알려져 있다. 주로 형광성 Pseudomonas에 의해 발생되는 세균성갈반병은 버섯재배에 있어 가장 문제가 되고 있으며, 재배농가에 많은 경제적 손실을 주고 있다. 비록 Pseudomonas tolaasii가 세균성갈반병의 주요 원인균으로 알려져 있지만, 하나의 균에 의해서라기보다는 많은 세균들이 관여하여 세균성갈반병을 일으킨다는 보고도 있다. 본 연구는 전국의 버섯재배농가로부터 세균성 갈변증상을 보이는 병반으로부터 세균을 분리 하여 유전자 분석을 통하여 분류·동정하였고, 분리 균주 중 P. tolaasii 로 분류된 세균에 대 해 다양한 유전자 분석 및 생리·생화학적인 특성을 조사하였다. 버섯의 갈반증상으로부터 180균주를 분리하였고, 17균주가 white line을 형성하였다. 이들 균주에 대한 16S rDNA 분석 결과 P. tolaasii (19 strains)와 Ewingella americana (14 strains)가 가장 우점하였다. 16S rDNA 분석에 의해 19균주가 P. tolaasii로 동정되었지만, rpoB gene 분석, RAPD, Rep-PCR, RFLP 분석, lipopeptide detection, specific PCR assay, 병원성검정 및 생리·생화적인 조사를 통하여 17균주는 P. tolaasii로 동정되었고, 2균주는 P. fluorescence와 많은 유사성을 보였다. 따라서 이 2균주에 대해는 추후 면밀한 조사를 통해 정확한 동정이 이루어 져야 될 것으로 판단된다.
최근 식품 안정성에 대한 국민 의식의 고조로 식품 이물에 대한 관심이 급격히 증가하고 있으며, 기후변화로 인한 제조·유통과정에서 곤충이물의 유입빈도가 늘고 있다. 그러나 식품을 매개로 하는 곤충이물의 종합적인 조사 및 방제에 대한 국내 연구는 미비하며, 곤충이물이 훼손된 상태로 발견되는 경우가 많아 신속 정확한 동정 및 발생 원인의 규명이 어려운 실정이다. 따라서 본 연구는 곤충이물의 형태형질 및 유전정보를 연계한 DNA 바코드 적용을 시도하였다. 본 연구에서는 식품에서 이물 발생 가능성이 있는 곤충 중 식품이물로서 클레임이 발생하는 빈도가 높은 18종을 1차적으로 선정하여 미세 형태형질을 실체현미경으로 촬영하였다. 또한 곤충의 유전자 바코드 부위로 많이 사용하는 Mitochondrial Cytochrome Oxidase Ⅰ(mtCOⅠ) gene의 650bp를 증폭하여 염기서열을 확인하였다. 선정된 18종(바퀴목 4종, 딱정벌레목 9종, 파리목 3종, 벌목 2종)에 대하여 식품이물로서 발견되기 쉬운 부위(머리, 가슴, 배, 다리, 기타 부속지)를 이미지화 하였으며, 각 종의 mtCOⅠgene의 염기서열을 NCBI Genbank에서 검색하여 종을 재확인하였다. 일부 식품을 매개로 하는 곤충이물을 이용하여 상기 DNA 바코드의 검증 시스템을 적용한 결과 종의 동정이 가능함을 확인하였다. 차후 연구에서는 주요 곤충을 추가하여 형태적·유전적·생태적 정보를 통합한 종합적인 동정 및 경로 추적 시스템을 개발할 계획이다.
모기는 인간의 생명에 직접적인 피해를 주는 여러 질병을 매개한다. 특히 West Nile과 Dengue fever와 같은 질병은 미국과 동남아시아에서 심각한 문제를 일으키고 있으며, 향후 기후 온난화로 인해 국내에서도 전파 가능성이 높은 것으로 여겨지고 있다. 흡혈성 곤충에 의해 전파되는 질병은 매개곤충과 숙주동물간의 상호관계에서 역학적 특성을 규명해야 하기 때문에 매개곤충의 흡혈원 동정이 매우 중요하다. 본 연구에서는 흡혈원 동정을 위해 동물의 혈액을 포유류, 조류, 파충류, 양서류로 구분할 수 있는 primer(group-primer; g-primer)를 개발하였고, 포유류에서는 세부적으로 5종(사람, 소, 돼지, 개, 염소)을 구별하는 primer (species-specific primer; ss-primer)를 이용한 PCR결과로 종을 확인 할 수 있었다. 제작된 primer의 평가는 야외(익산시, 담양군)에서 채집한 흡혈 모기를 이용하였다. 흡혈모기의 혈액 cyt b 유전자의 염기서열 분석을 통해 그 종을 확인하였고, 개발한 g-primer를 이용한 PCR 결과와 비교하였다. 염기서열 분석 결과 모기가 사람, 너구리, 집쥐, 시궁쥐, 황로, 꿩, 박쥐를 흡혈한 것으로 나타났으며, 이것은 g-primer 결과에서 정확하게 포유류와 조류로 동정되었고, 포유류의 ss-primer 결과에서 사람 혈액을 확인할 수 있었다. 또한 시간에 따른 흡혈원 검출능력 실험을 통하여 흡혈 후 최소한 48시간 까지는 흡혈원 분석이 가능함을 확인하였다. 따라서 향후 폭넓은 ss-primer 개발로 신속, 정확한 흡혈원 종 분석이 가능할 것으로 판단된다.
복숭아심식나방의 신속한 동정을 위한 간이진단킷트용 marker 개발을 위하여 유충의 전사체를 454 NGS를 통하여 분석하였다. 그 결과 총 237,000개의 서열을 확보하였으며, 약 160,000개의 서열이 복숭아심식나방 유충의 전사체 정보를 포함하였다. 이 전사체 정보는 약 3,000개의 contigs를 구성하였으며 singleton의 수는 17,000개로서, 이들을 genome 서열이 밝혀진 B. mori의 유전자와 BlastX로서 상동성유전자를 탐색하였을 때 68%, 44%의 서열들이 각각 B. mori, D. melanogaster의 유전자와 상동성을 나타내었다. 그 중 기능이 알려진 유전자의 수는 총 4500여개로서 중복을 고려하였을 때 약 2000개의 유전자에 대한 annotation이 가능하였다. 서열이 밝혀진 유전자의 64%가 B. mori의 유전자와 70% 이상의 상동성을 나타내었으며 60% 이하의 상동성을 나타내는 서열은 약 20%를 차지하였다. 이들 서열로부터 유충의 진단에 사용 가능할 것으로 예상되는 다수의 후보 단백질을 선정하였으며 이들의 서열 상동성을 비교하였다.
프로테오믹스 기법을 이용하여 벼 고온 스트레스 관련 단백질을 분리 동정하기 위하여 에서 고온처리한 벼의 줄기로부터 단백질을 분리하였다. 분리한 단백질로부터 Rubisco 단백질을 제거하기 위해 15% PEG fractionation을 실시한 후 상등액 분획의 단백질을 이차원전기 영동한 후, CBB 염색을 통해 차별적 발현을 보이는 단백질을 분석하였다. 총 46개의 단백질 spot이 발현양에 변화를 보였으며, 그 중 24개의 단백질이 고온 스트레스에 의해
김치 및 젓갈 등의 150여 전통 발효 식품을 시료로 하여 protease 활성을 갖는 유산균을 분리한 결과, 24 U/mgcrude protein의 높은 활성을 갖는 젖산균 BV-26 균주을 분리하였다. API 50CHL kit를 이용하여 BV-26 균주의 당 이용성을 분석하고 16S rRNA 염기서열(99.9% 상동성)을 비교한 결과, 분리된 균주를 L. plantarum BV-26으로 표기하였다. L. plantarum BV-26의 생장과 protease 활성 변화를 MRS 배지를 이용하여 측정한 결과, L. plantarum BV-26의 생장은 배양 6시간 이후 활발하게 진행되어 18시간에 최고의 균체 농도를 보였으며, protease 활성은 배양 후 12시간부터 생성되기 시작하여 16시간에서 최고의 활성을 나타내는 것으로 확인되었다. 따라서 본 연구에서 분리된 L. plantarum BV-26을 동물사료의 발효용 스타터로 이용할 경우 유산균이 갖는 유익한 장점 및 안전성을 확보할 수 있을 뿐만 아니라, 특히 대두박의 발효시 사료의 영양적 가치를 높일 수 있을 것으로 기대된다.
This study identified the formula of the antioxidant substance separated from the ethyl acetate and the butanol extract and tested the antioxidant properties with the electron donating ability(EDA). Each phase with the fractionated methanol extract from mulberry leaf was screened in advance for the antioxidant substance with EDA. As the result, activity appeared in the ethyl acetate and butanol phase and the antioxidant component was separated. As the consequence, 2 components from the ethyl acetate phase and 1 from the butanol phase were separated, among which the structures of the components from ethyl acetate were determined by wogonin and linarin, whereas the structure of the component from the butanol phase was determined by pectolinarin. In the screening of antioxidant activity by the scavenging effect of the DPPH radical, the wogonin and linarin components from ethyl acetate phase showed more powerful antioxidant property than the component from butanol. The results from this study indicate that the chemical compound separated from the ethyl acetate extract has more powerful antioxidant property than the one separated from the butanol extract. The components separated from the ethyl acetate extract were wogonin and linarin, which are flavonoids, whereas the component from butanol was pectolinarin. Therefore, this study suggested that the feasibility of mulberry leaf as a functional food additive and its value as a natural antioxidant is very high.
In the previous molecular cloning study from human salivary gland cDNA library novel clones (C75‐014, C76‐022) were known as candidate genes for proline rich proteins by GenBank data base search and RNA in situ hybridization. C75‐014 and C76‐022 genes were characterized as those expressing excretory basic proteins primarily composed of alanine, proline, and leucine residues, mimicking basic proline‐rich proteins (bPRPs) with helical structures and multiple consensus sequences of phosphorylation sites. In the immunohistochemical stainings using polyclonal antisera against each C75‐014 and C76‐022 peptide showed strong reaction in the secretory granules of striated and excretory ducts. And in Western blot for the different salivary specimens relatively distinctive bands appeared at lower molecular weight, ranging about 15‐50 kDa. This study was aimed to identify the molecular characteristics of C75‐014 and C76‐022 proteins, which showed properties of basic proline rich protein. These data suggest that C75‐014 and C76‐022 are candidate genes for proline rich proteins in human salivary gland, which may play a role for protecting and stabilizing the mucosal epithelium against numerous proteolytic damages and stresses.
In the previous molecular cloning study from human salivary gland cDNA l ibrary a novel clone (C77-091) was known as a candidate gene for antimicrobial protein by GenBank database search and RNA in situ hybridization. This study is aimed to identify the molecular characteristics of C77-091 protein, which showed an antimicrobial activity on E.coli, thereby named as salivary antimicrobial protein (SAMP). SAMP consisted of a typical hydrophobic amino acid rich domain in the N-terminus, a cluster of basic amino acids, carbohydrate attachment site, a possible transglutaminase catalyzed cross-linking site, and multiple consensus sequences of phosphorylation site in the C-terminus. Western blot analysis of human organs and tissue with the monospecific antibody to the synthetic SAMP peptide showed strong interacting protein from the extracts from submandibular gland and parotid saliva but absent in the mixed saliva, and the immunohistochemical staining detected a strong positive regions in the secretory granules in the luminal cytoplasm of interlobular ductal cells of salivary gland. The SAMP was also distributed in the human sebaceous gland and prostate. These data suggest that C77-091 named SAMP gene is a novel antimicrobial protein in human salivary gland, which may play a role for the innate immunity by protecting and stabilizing the mucosal epithelium to maintain homeostasis of oral mucosa.
In order to unravel unidentified genes from human salivary gland, a cDNA library of human submandibular gland was constructed in the Uni‐ZAP XR vector by use of mRNA from human submandibular gland and ZAP‐cDNA® Gigapack® III Gold Cloning Kit. cDNA of salivary gland was subtracted with cDNA of immortalized human keratinocyte cell line, Rhim Human Epithelial Keratinocyte cell line. The phage cDNA library was converted into a pBluescript phagemid cDNA library, which was subsequently plated on LB plates with ampicillin, IPTG, and X‐gal, and white colonies were selected for sequencing. Among 200 clones analyzed, four clones containing C77‐091, C75‐014, C76‐022, and C76‐012 designated orphan genes that are intensely expressed in the interlobular ductal and serous acinar cells of human submandibular gland. Particularly C77‐091 gene expresses 46 amino acids peptide (pI=9.45). C75‐014 and C76‐022 genes were characterized as those expressing excretory basic proteins primarily consist of alanine, proline, and leucine residues, mimicking a basic proline‐rich protein (bPRP) showing helical structures and having multiple consensus sequences of phosphorylation sites. The strong expression of C76‐012 mRNA in the nuclei of salivary ductal and acinar cells suggests a role of C76‐012 gene as a DNA binding RNA/protein. These data suggest that the identification of four orphan genes from the human salivary glands may add further understanding of greater role of salivary proteins providing innate immunity by protecting and stabilizing the mucosal epithelium in the maintaining homeostasis of oral mucosa.
Xylanase를 생산하는 호알칼리성 균주를 토양으로부터 분리하여 동정하였다. 토양으로부터 분리한 호알칼리성 균주 3000여종 중 xylanase 활성이 가장 높은 균주인 strain DK-2386 균주를 선별하였다. Gram 염색과 SEM을 통한 형태학적 특성을 관찰하였으며, Methods for General and Molecular Bacteriology와 Bergey's manual of systematic bacteriology, 그리고 Biochemical tests for identification of medical bacteria에 준하여 생화학적 특성을 확인한 결과 배양액의 색은 붉은 빛을 나타내었으며, Gram양성 간균, 내생포자형성, catalase 양성, oxidase 양성, 혐기성 양성, glucose로부터 gas 형성 양성, casein 가수분해 양성, starch 가수분해 양성, CMC 가수분해 양성, xylan 가수분해 양성, nitrate 환원능 양성이며 10% NaCl 농도에서도 생육하는 것을 확인하였다. 균체의 지방산 조성 분석 결과 C15:0 ISO 27.35%와 C15:0 ANTEISO 31.54%, C16:0 9.70%로 이루어져 Bacillus속으로 동정되었으며, 16S rDNA 염기서열 분석결과 B. agaradhaerens와 100%의 유사성을 갖는 것을 확인하였다. (사)한국종균협회로부터 분양받은 Bacillus agaradhaerens 40952, B. alcalophilus와 strain DK-2386 균주사이의 생화학적 특성을 비교한 결과 B. agaradhaerens와 속과 종이 같으나 미세하게 특성이 다른 균주로 판단되어 B. agaradhaerens DK-2386이라 명명하였다.
줄버섯(Bjerkandera adusta)은 표고 접종목에 발생하는 주요 해균으로 표고의 품질 및 수확량 감소에 영향을 초례한다. 비정상적인 재배환경과 각종 해균의 이동매개체들로 인해 발생하며, 형태적으로 유사종이 많아서 동정하기가 까다롭다. 줄버섯을 채집하여 조직분리배양한 후 균사체에서 추출한 genomic DNA를 염기서열 결정에 이용하였으며, Blast 결과로 줄버섯과 90%일치함을 확인하였다. 줄버섯의 분류학적 위치는 민주름버섯목(APHYLLOPHORELES), 구멍장이버섯과(PORYPORACEAE), 줄버섯속(Bjerkandera)이다. 형태적 특징으로는 자실체의 크기는 1~6.5×1.6~9.8㎝이고 두께는 0.1~0.65㎝이다. 균모의 물결 모양이고 거칠며 방사상의 섬유 줄무늬를 나타낸다. 백색 또는 회갈색으로 가장자리는 얇고 예리하다. 살은 연하지만 건조하면 코르크질로 변한다. 관공은 흰색 또는 회색이고 작고, 원형 또는 각형으로 건조하면 막힌다. 자루는 없고 기주 옆에 밀생한다. 포자의 크기는 2.5~5.5×1~3㎛이며, 원형통형 또는 타원형으로 표면은 매끄럽고 무색이다. 생태적 특성은 1년 내내 활엽수의 고목 또는 줄기에 군생하며, 부생생활을 하는 백색부후균으로 반배착생 또는 배착생으로 중첩되어 발생한 후 기주에 융합한다.
버섯의 품종육성을 위해서는 종간 및 종내의 다른 두 개의 단포지를 분리하여 교배한 후 우량형질을 선발하여 신품종으로 등록된다. 전세계적으로 25%를 재배생산되고 있는 느타리버섯은 4극성교배시스템을 가지고 있어서 이러한 교배 불화합성을 이용하면 육종 시간 및 노력을 단축할 수 있다. 느타리버섯의 교배형은 4개의 딸핵으로 분열되는 세포분열에 A형, 클램프 연결체의 형성에 관여하는 B형으로 나눈다. 최근에는 게놈프로젝트에 의해 교배기작에 관련된 유전자가 밝혀짐에 따라 이것을 이용한 육종효율 제고를 위해 많은 연구자들이 교배형 결정인자의 동정에 심혈을 기울이고 있다. 최근에는 분홍느타리(Pleurotus djamor)에서 CLA4(MAP kinase) 유전자의 CAPS 분석에 의해 교배형 B가 동정되었다. 따라서 본 실험에서는 제한효소를 사용하지 않고 바로 PCR로 동정할 수 있는 방법으로 교배형 A에 해당하는 homeodomain 유전자를 이용하여 교배형 A를 동정하였다.
팽화홍삼으로부터 용매추출, 용매분획 및 silica gel column chromatography를 반복하여 두 개의 화합물을 분리하였다. 이들 두 화합물의 결정특성, 녹는점, 비선광도, Infrared spectrum 분석 결과, TLC에서의 Rf값, HPLC에서의 retention time 및 NMR 데이터를 측정하여 고찰한 결과 두 개의 화합물은 20(S)-ginsenoside Rg3와 ginsenoside Rg5임을 확인할 수 있었다. 특히 1H- 및 13C-NMR 데이터를 HSQC 및 HMBC와 같은 2D-NMR 실험을 통하여 더욱 정확하게 동정하였다.
Candida albicans and their associated Candida species are opportunistic pathogens which exists as normal flora in the oral cavities of healthy individuals. In response to physiological changes in the host, these yeasts can become pathogenic, resulting in oral candidiasis. The rapid detection and identification of Candida species in clinical laboratories are extremely important for the management of patients with hematogenous candidiasis. The presently available culture and biochemical methods for detection and species identification of Candida are time-consuming and lack the required sensitivity and specificity. In this study, we have established a seminested PCR (snPCR) using universal and species-specific primers for detection of Candida species in saliva. The universal outer primers amplified the 3end of 5.8S ribosomal DNA (rDNA) and the 5end of 28S rDNA, including the internally transcribed spacer 2 (ITS2), generating 350- to 410-bp fragments from the four commonly encountered Candida spp., viz., C. albicans, C. tropicalis, C. glabrata, and C. parapsilosis. The saliva from 331 healthy and, over 50 years of aged people lived in Dong-gu, Gwangu city, was collected. Total DNA were extracted by Hoffman-Winston yeast total DNA prep. method and performed t he s nP CR. R esults appeared to b e negative on 292 people ( 88.2%), however, 2 6 people ( 7.9%) were p ositive Candida albicans, 6 people (1.8%) were positive Candida glabrata, 5 people (1.5%) were positive Candida tropicalis, and only 2 person (0.6%) were positive Candida parapsilosis. These result showed that detection and identification of Candida species could be established by saliva analysis, so that snPCR on saliva is useful method of diagnosis of clinical fields