꼬막 종류 중 하나인 Tegillarca granosa는 해양 이매패류로서 한국, 중국, 일본 등의 중요한 수 산 자원 중 하나이다. 꼬막의 염색체 수는 2n=38로 알려져 있지만, 유전체의 크기와 유전 정보에 대해서는 아직 명확하게 알려져 있지 않다. 꼬막의 유전체 크기 예측을 위하여 NGS Illumina HiSeq 플랫폼을 이용하여 얻은 짧은 DNA 서열 정보를 통하여 in silico 분석으로 유전 체 크기를 분석하였다. 그 결과 꼬막의 유전체 크기는 770.61 Mb로 예측되었다. 이후 MaSuRCA assembler를 통하여 드래프트 게놈 조립 작업을 수행하고, QDD pipeline을 이용하여 SSR (simple sequence repeats) 분석을 수행하였다. 꼬막의 유전체로부터 43,944개의 SSR을 발굴하였으며, 다이-뉴클레오타이드(di-nucleotide) 69.51%, 트라이-뉴클레오타이드(tri-nucleotide) 16.68%, 테 트라-뉴클레오타이드(tetra-nucleotide) 12.96%, 펜타-뉴클레오타이드(penta-nucleotide) 0.82% 그 리고 헥사-뉴클레오타이드(hexa-nucleotide) 0.03%로 구성되었다. 이후 꼬막의 유전적 다양성 연구에 활용할 수 있는 100개의 마이크로새틀라이트 마커의 프라이머 세트를 선별하였다. 앞 으로 이번 연구를 통해서, 꼬막의 집단유전학적 연구와 유전적 다양성을 규명하는데 도움이 될 것이며, 나아가 동종들 간의 원산지 분류를 알아낼 수 있을 것이다.

본 연구는 한우와 함께 우리의 고유유전자원임에도 불구하고 한우에 비해 산업적 활용이 미흡한 칡소집단의 유전적 다양성과 특성을 파악하고자 실시하였다. 또한 멸종위기까지 처했던 칡소가 복원사업을 통해 일정 수준의 축군 확보에 성공하였지만 이 과정에서 유전적 다양성의 증감에 따른 유전적 병목현상 등의 현황을 파악하기 위해 11개의 MS 마커 유전자형을 이용해 분석을 수행했다. 관측(HObs) 및 기대 이형접합율(HExp)의 평균은 0.753, 0.765였으며, 다형정보지수(PIC)값은 0.732로 유전적 다양성은 비교적 높게 유지되고 있었다. 하디-바인베르크 평형(HWE) 검정결과 11개 좌위 중 5개 좌위는 유전적 평형 상태에서 유의적으로(p<0.05) 이탈해 있음을 확인했다. 칡소집단의 병목현상 여부를 검정하고자 11개 좌위의 대립유전자형을 3가지 변이 모델 IAM (Infinite Allele Model), SMM (Stepwise Mutation Model) 및 TPM (Two-Phase Mutation Model) 방법으로 추정했다. 본 연구에서 세 가지 검정 모두 칡소집단이 변이부동평형(Mutation Drift Equilibrium)에서 유의적으로 높게 이탈해 있음을 보였으며 이는 최근 유전적 병목현상이 발생했음을 시사한다. 희소 대립유전자 발생비율 검정결과 칡소 집단은 유전적 병목현상이 발생했음을 시사하는 모드변화(mode shifted) 분포를 보였다. 본 연구는 칡소를 대상으로 유전적 병목현상 여부를 분석한 최초의 보고이며 제시된 자료들은 새로운 육종소재로서 칡소의 활용과 이를 기반으로 한우산업의 다양한 육종 및 브랜드화 전략을 수립하는데 기초자료로 유용하게 활용 될 것으로 기대된다.

멸종위기종의 사육 및 복원 연구는 개체군이 야생에서 독자적으로 생존 가능한 개체군을 형성하고 유지하는 것을 목표로 한다. 서식지외 지역에서 사육을 통해 개체군의 크기를 증가시키고자 할 때에는 번식관리 프로그램을 통해 잠재적 야생 적응력을 나타내는 유전적 다양성(genetic diversity)을 유지해야 하며 근친교배는 제한될 필요가 있다. 이를 위해서 사육 개체들의 혈통 정보의 확보가 우선되어야 하고, 개체군내의 친족관계 발생을 최소화 하는 번식 쌍을 선택해야 한다. 각 개체의 평균혈연관계(MK, mean kinship)는 그 개체와 그 개체를 포함한 전체 생존 개체를 쌍으로 연결시켰을 때 측정된 혈연관계의 평균값이며, 평균 혈연관계를 통해 개체들의 유전적 가치를 측정할 수 있다. 황새(Ciconia boyciana)는 멸종위기 야생생물 1급 및 천연기념물 제199호로 지정되어 보호되고 있는 조류이다. 1970년대까지 국내에서 번식한 것으로 알려졌으나 개체수가 급감하고 텃새 개체군은 절멸하였다. 이후 개체군 복원을 위해 야생 및 국외 사육기관에서 도입하여 증식에 성공하였으며, 최근 재도입으로 40여개체가 야생에 서식하고 있다. 사육 개체의 혈통관계의 정보는 International Studbook을 통해서 대부분 확보되어, 사육단계에서 지속적으로 관리되고 있다. 하지만 야생에서 도입된 개체들간의 혈연관계나, 사육 상태에서 정보가 누락된 개체들의 혈연관계 확인을 위해서는 유전적 정보를 활용해야 한다. 그러나 아직까지는 국내에 서식하는 황새 개체군의 유전적 연구가 미비하며, 특히 개체군 복원 단계 중 재도입의 초기단계에 도달한 시점에서 사육개체군의 유전적 관리는 반드시 수행되어야 한다. 본 연구에서는 황새 개체군의 복원과 보전을 위하여 도입 및 증식된 황새 개체들의 혈연관계에 대한 개체군통계학적(demographic) 분석을 시도하고자 한다. 또한, Microsatellite marker를 활용하여 가계정보가 불확실한 개체의 혈통관계를 확인 할 수 있는 마커세트를 확립하고자 한다. 개체군통계학적 분석은 한국교원대학교와 예산황새공원에서 사육중인 황새 150개체를 대상으로 개체군관리프로그램(PopLink 2.4와 PMx)를 이용하여 수행하였다. 기존에 개발된 황새 특이적 Microsatellite marker 11개를 이용하여 부모 및 자식개체를 포함한 가계집단 10개의 부모개체와 각 가계에서 무작위로 선택한 직계자손 3개체의 변이를 비교하여 부모-자식 관계를 확인할 수 있는 마커를 선별하였다. 사육황새 개체군의 개체군성장율(λ)은 1.12로 개체군의 크기는 증가하고 있는 것으로 나타났으며, 평균친척계수는 0.04로 나타났다. microsatellite 마커 Cc01, Cc04, Cbo121, Cbo151, Cbo168 중 2~5개를 조합하면, 가계의 80%는 부모-자식관계가 확인이 가능하였다. 그러나 일부 가계의 혈연관계는 11개의 마커를 적용하여도 부모-자식 관계 확인이 불가능한 것으로 나타났다. 사육개체군의 유전적다양성 증진을 위해서는 정확한 개체간 혈연관계, 평균친척계수 등을 고려하여 인위적 번식 관리 전략이 필요하다. Microsatellite와 같은 분자생물학적 도구를 이용하여 사육개체군의 유전적 다양성을 측정하여, 차후 추가 개체의 확보 및 번식 전략에 활용하여야 한다. 또한, 많은 개체들이 혈연관계로 연결되어 있는 사육개체군에서 가계들의 정확한 부모-자식 관계를 확인하기 위해서는 이번 연구를 통해 확립된 5개 마커들 외에, 더 많은 대립유 전자를 가진 추가 마커의 개발이 필요하다. 유전정보를 활용한 개체군 관리 및 혈연관계 분석은 사육 개체군의 유전적다양성 증진 뿐만 아니라 재도입 황새 개체군의 선별 전략에도 적용하여 사육 및 재도입 개체군의 보전에 유용할 것으로 사료된다.

The Pleurotus tuoliensis is a mushroom named Chinese ‘Bai-Ling-Gu’ from species of Pleurotus nebrodensis. we are mated for selection of cytoplasmic hybrid by mitochondria microsatellite marker and the method of Mon-Mon mating between monokaryotic strains derived from Pleurotus ferula ASI 0629 (Beesan No.1) and Pleurotus tuoliensis ASI 0663 (Baekryung 20). The cytoplasmic hybrids were identified 8 strains contained nuclear DNA bands of 'Baekryung 20' and mitochondrial DNA of monokaryon strains derived from Pleurotus ferula ASI 0629 (beesan No.1). The KiMB-Plft-15-81 was shown the best cultural characteristics, selected to be a new cultivar and designed as 'Baekwhang'. The 'Baekwhang' cab be grown without an extra after-ripening period, can utilize bottle cultivation of Pleurotus eryngii. And also the ‘Seolwon’ is similar to the existing Pleurotus tuoliensis in shape and physiological characteristics, formed high stipe. We therefore expect that this new strains will substitutional goods of Pleurotus eryngii.

담배가루이(Bemisia tabaci)는 600여 종 이상의 넓은 기주 범위를 가지며, 특히 토마토에는 토마토황화잎말림바이러 스(TYLCV: Tomato yellow leaf curl virus)를 매개하여 심각한 피해를 입히는 흡즙성 해충이다. 본 연구에서는 지역에 따른 담배가루이의 유전적 유연관계를 확인하기 위해 기 개발된 8개의 microsatellite marker(Dalmon et al., 2008)를 사용하여 국내 17개 지역 및 인도네시아 2개 지역의 토마토에서 채집한 담배가루이 암컷 성충의 단편분석을 통해 지역 간의 유전적 다양성을 비교하였다. 그 결과 19개 지역에서 평균 allele는 1.875~9.000, 평균 Observed heterozygosity(HO)는 0.134~0.734, 평균 Expected heterozygosity(HE)는 0.184~0.751, 평균 Inbreeding coefficient(FIS)는 0.023~0.880의 범위로 나타났으며, 이러한 유전자형 데이터를 이용하여 유전적 클러스터를 분석한 결과 총 2개의 클러스터로 나눌 수 있었다. 본 연구를 통해 지역 별 다양한 환경 조건에 따라 유전적 구조의 차이가 다르게 나타나는 것을 확인하였으며, 유전적 유연관계 분석을 통해 국·내외 담배가루이 개체군의 유전적 특성을 밝힐 수 있을 것으로 생각된다.

Differentiation of Pleurotus eryngii is laborious and time-consuming tasks especially in mycelial status. For development of a method for differentiation of P. eryngii cultivars, simple sequence repeats (SSR) from whole genomic DNA sequence analysis was used for genotyping and two multiplex-SSR primer sets were developed. These SSR primer sets were employed to distinguish 12 cultivars and strains. Five polymorphic markers were selected based on the genotypes. PCR with the each primer produced one to four distinct bands ranging in size from 200 to 300 bp. Polymorphism information content (PIC) values of the five markers were in range of 0.6627 to 0.6848 with an average of 0.6775. Unweighted pair-group method with arithmetic mean clustering analysis based on genetic distances using five SSR markers classified 12 cultivars into 2 clusters. Cluster I and II comprised of 4 and 8 cultivars, respectively. Two multiplex sets, Multi-1 (SSR312 and SSR366) and Multi-2 (SSR178 and SSR277) completely discriminated 12 cultivar and strains with 21 allele with a PIC value of 0.9090. These results might be useful to provide an efficient method for the identification of P. eryngii cultivars with separate PCR reactions. (This work was supported by a grant from the Gold Seed Project [Supported by a grant from the IPET (213003-04-3-WTI11), MIFAFF, Republic of Korea.]

Next Generation Sequencing을 이용한 분석 서열을 기반으로 매미나방의 Microsatellite loci 탐색 및 marker 개발을 수행하였다. 매미나방의 Genomic DNA 서열 분석은 MiSeq Sequencer (Illumina)의 1/8 plate를 이용하여 실시하였다. 판독된 유전자 서열의 길이는 총 3,974,358,483 bp로 평균 248.58 bp로 구성된 총 15,988,036 개의 분석 단편이 확보되었으며, 이를 CLC workbench를 이용하여 총 367,397,618 bp로 조합하였다. 조합된 Genomic DNA 서열을 대상으로 반복서열길이 2~4 bp, 반복횟수 4회 이상의 조건으로 총 1,864 개의 Microsatellite loci를 탐색하였다. 이 중 반복횟수 6회 이상의 430 loci에 대한 marker 제작 가능성을 TM 55.5~56.5℃, GC contents 30% 이상, primer length 18~22 bp의 조건으로 Primer3을 이용하여 분석하였으며, 총 207 개의 marker를 제작하였다. 선별된 207개 marker 중 150개 마커에 대해 일반 올리고 primer set를 제작하여 PCR을 통한 유용성 평가를 실하였으며, 그 결과 총 29개의 마커에 대한 유효성이 확인되어 Genotyping 용 형광 dye인 FAM을 부착한 분석용 마커로 제작하였다. FAM을 부착한 마커에 대한 PCR 효율 검사를 통해 최종적으로 10개 마커를 선별하여 한국 4개 지역(Korea 1, Korea 22, Korea 26, Korea 31) 및 러시아(Vladivostok), 몽고(Shagaarnur) 각 1개 지역의 개체군을 대상으로 유전적 구조 분석을 수행하였다. 유전적 유사도를 평가하기 위하여 Fst Pairwise UPGMA tree를 분석한 결과, Korea 1과 러시아 개체군, Korea 22와 Korea 26 개체군의 유전적으로 유사도가 높은 것으로 나타났으며, Korea 31과 몽고 개체군은 유사도의 기부에 위치하는 것을 확인할 수 있었다. 또한, Baysian Algorithm을 기반으로 한 유전적 구조 분석에서도 각 개체 및 개체군의 구조는 UPGMA tree 동일한 양상을 나타내는 것으로 확인되었다. 따라서, 현 연구를 통해 개발된 매미나방의 Microsatellite 마커는 한국을 비롯한 인근 지역의 지역적 개체군 분석을 가능하게 할 수 있을 것으로 판단되며, 결국 식물검역에서 매미나방의 유출 국가 및 지역에 대한 판별 분석에 유용할 수 있을 것이다.

Next Generation Sequencing을 이용한 분석 서열을 기반으로 매미나방의 Microsatellite loci 탐색 및 marker 개발을 수행하였다. 매미나방의 Genomic DNA 서열 분석은 MiSeq Sequencer (Illumina)의 1/8 plate를 이용하여 실시하였다. 판독 된 유전자 서열의 길이는 총 3,974,358,483 bp로 평균 248.58 bp로 구성된 총 15,988,036 개의 분석단편이 확보되었으며, 이를 CLC workbench를 이용하여 총 367,397,618 bp로 조합하였다. 조합된 Genomic DNA 서열을 대상으로 반복서열 길이 2~4 bp, 반복횟수 4회 이상의 조건으로 총 1,864 개의 Microsatellite loci를 탐 색하였다. 이 중 반복횟수 6회 이상의 430 loci에 대한 marker 제작 가능성을 TM 55.5~56.5℃, GC contents 30% 이상, primer length 18~22 bp의 조건으로 Primer3 을 이용하여 분석하였으며, 총 207 개의 marker를 제작하였다. 선별된 207개 marker 중 150개 마커에 대해 일반 올리고 primer set를 제작하여 PCR을 통한 유용 성 평가를 실하였으며, 그 결과 총 51개의 마커에 대한 유효성이 확인되어 Genotyping 용 형광 dye인 FAM을 부착한 분석용 마커로 제작하였다. 현재는 PCR 을 통한 결과만을 이용하여 유용성 평가를 실시하였다. 추후 분석용 마커를 이용하 여 Genotyping을 통한 유용성 평가를 수행할 예정이다. 주요 검역 해충으로 알려져 있는 매미나방의 Microsatellite 마커의 개발은 한국을 비롯한 인근 지역의 지역적 개체군 분석을 가능하게 할 수 있을 것으로 판단되며, 결국 식물검역에서 매미나방 의 유출 국가 및 지역에 대한 판별 분석에 유용할 수 있을 것이다.

본 연구의 목적은 염소의 개체식별에 있어서 효율적인 microsatellite (MS) marker set를 확립하는데 있다. 염소 10집단 455두를 대상으로 국제식량농업기구(FAO) 권고 및 미국 국립생물정보센터(NCBI)에서 수집한 30개 MS 마커에 대한 유전정보량을 확인한 후 대립유전자형 크기, 형광표지 종류, PCR 조건 등 을 고려하여 7개의 MS 마커(SRCRSP1, SRCRSP8, OarFCB048, OarFCB193, BOBT24, INRA063, DRBP1)를 선정하였다. 또한 분석 효율성을 극대화하기 위해 7개 마커에 대해서 multiplex PCR 기법을 적용하였다. 분석된 7개 MS 좌위에서 총 80개의 대립유전자형이 관찰되었고, 기대이형접합도(HExp) 및 다형정보지수(PIC)의 평균치는 0.710 및 0.674로 산출되었다. 7개 좌위의 다형성을 기반으로 무작위 교배집단, 반형매 교배집단 그리고 전형매 교배집단으로 가정하였을 때의 동일개체 출현확률은 각각 2.42×10-11, 1.70×10-8 및 2.22×10-4으로 산출되었다. 이상의 결과는 국내에서 사육되고 있는 염소의 개체수를 고려할 경우 동일개체 출현 가능성이 없는 것으로 판단된다. 따라서 본 연구에 의해서 구축된 염소 개체식별 마커 세트 및 분석방법은 우리나라 염소의 개량 및 안전유통에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

애멸구는 국내에서 월동을 하는 토착해충으로 벼줄무늬잎마름병(Rice stripe virus, RSV)을 매개하는 중요한 벼 해충이다. 이 해충은 근래에는 중국에서 국내 서 해안 지역에 대량 비래하기도 하여 문제가 더 커지고 있다. 본 연구에서는 서해안 지 역인 태안, 부안, 신안에서 2013년 4월 중순 경 채집한 월동 애멸구의 microsatellite 단편분석을 통해 지역 간의 유전적 다양성을 비교하였다. 애멸구의 종 특이적 microsatellite marker는 기 개발된 9개의 marker(Sun et al., 2012)를 사용하였다. 분석에서 태안 28개체, 부안 33개체, 신안 35개체가 이용되었다. 세 지역에서 나타 난 평균 allele의 수는 4~16.667의 범위를 보였고, 평균 HO 0.168~0.655였으며, HE 0.493~0.897로 나타났다. 지역별 유전적 다양성의 경우, HE는 태안 0.717, 부안 0.808, 신안 0.774 이며, HO는 태안 0.391, 부안 0.455, 신안 0.344이었다. 세 지역 간 유전적 구조는, F 값이 0.0261~0.067로 이들 세 지역 개체군간 유전적 구조의 차 이는 없었다. 본 연구를 통해 기 개발된 애멸구 microsatellite marker가 국내 애멸구 개체군들의 유전적 구조 분석에 적용될 수 있음을 확인하였으며, 추후 아시아 지역 의 애멸구 개체군들과 국내 지역 개체군들 간의 유전적 유연관계 분석을 통해 이들 의 비래경로 및 국내 개체군들의 유전적 특성을 밝힐 수 있을 것으로 생각된다.

3종의 초위성체 마커를 이용해 분석한 대립유전자형을 F0, F1 그리고 F2로 세대 간 구분 하여 동일한 개체 출현확률 값을 추정한 결과 F2의 무작위교배집단으로 가정한 경우 13종의 초위성체 마커는 3.84 × 10-23의 추정치를 나타내 37개의 SNP 마커를 이용할 경우와 유사한 동일개체 출현확률 추정치를 유추할 수 있었다. 본 연구에 사용한 실험축군은 2품종 상호교배로 만들어졌다. 친자감정확률 추정치를 전체집단을 대상으로 13종의 초위성체 마커와 37개의 SNP 마커를 이용하여 분석한 결과 부모를 동시에 찾을 수 있는 추정치인 PEpu의 경우 초위성체 마커는 0.97897이고 SNP 마커는 0.99149였으며, 한쪽 부모를 찾을 수 있는 추정치인 PE의 경우 초위성체 마커는 0.99916이고 SNP 마커는 0.99949로 나타났다. 또한 가능한 후보 부모들로부터 가장 확률이 높은 부모를 찾을 추정치인 PNEpp의 경우는 초위성체 마커와 SNP 마커 둘 다 1.00000으로 추정 되었다. 한정된 부모집단 내 한정된 대립유전자형을 통해 대량의 비육돈이 생산되는 국내의 양돈산업의 경우 DNA 마커의 특성, 분석집단의 크기, 유전자형 분석의 정확도와 비용, 분석된 자료 관리의 용이성 및 기존 분석 시스템과의 호환성 등을 고려하여 효율성과 경제성이 높은 마커를 선정해 마커 조합을 만드는 것이 필요할 것으로 사료된다.

The bovine fatty acid binding protein 4 and 5 (FABP4 and 5) is a major positional and physiological candidate gene for the bovine marbling and carcass weight. The aim of this study was to evaluate the association between economic traits of Korean cattle (Hanwoo) and genetic variation in fatty acid binding protein 4 and 5 (FABP4 and 5) genes within carcass/meat quality traits and the before/after of fatting in breed Hanwoo. Here, we characterized the nucleotide polymorphism of FABP4 and 5 in 86 cattle. We were detected the variability of three types (GG, AG, and AA) by PCR, and economic traits were analyzed by the mixed regression model implemented in the ASReml program. As the result of statistical and supersonic analysis, FABP4 gene was highly showed significant effect (p<0.006) on marbling score (MS), in contrast FABP5 gene was lowed (p<0.084) on MS before fatting. But, FABP4 gene was highly showed significant effect (p<0.0054) on MS, in contrast FABP5 gene lowest (p<0.0899) on MS in the after of fatting. Compare to supersonic result before fatting in FABP4 gene, it was detected type GG: (p<7.18), AG: (p<8.50), and AA: (p<10.50) (n=50), showed type GG: (p<4.88), AG: (p<2.33), and AA: (p<0.00) after weed out (n=20). Futhermore, it was detected type GG: (p<9.30), AG: (p<7.95), and AA: (p<7.40) (n=50) before fatting in the FABP5 gene. It was shown type GG: (p<2.67), AG: (p<3.50), and AA: (p<5.00) after weed out (n=50). Our results indicate that FABP4 and 5 gene transcription is regulated by the environment of feeding and management, and suggest that feeding and management could be potential key in determining FABP4 and 5 genes transcription for carcass/meat quality traits in breed Hanwoo.

In this study, genotyping was executed by using 11 microsatellite markers (BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA23, SPS115, TGLA122, TGLA227, TGLA53, and TGLA126) for diversity of 214 Hanwoo cows in Hoengseong area. Each marker's size and number of allele, observed heterozygosity, expected total heterozygosity, and polymorphism information content were analyzed by 11 Microsatellite marker. The average of size range was detected from 150.9 to 174.9 in Hanwoo cows of Hoengseong. The number of average allele was 10.0 that is similar to the average of Kangwon Hanwoo, which is known as 10.5 in the previous report. The average were 0.751 for observed heterozygosity, 0.760 for expected total heterozygosity, 0.725 for polymorphism information content, respectively. These results were similar to previous studies in Kangwon Hanwoo, National Hanwoo and Korean Proven Bulls. This study is expected to contribute for genetic improvement of Hanwoo cows in Hoengseong as a popular brand.

벼멸구(Nilaparvata lugens)는 한국에서 월동하지 못하고 이주해 오는 종으로 서, 매년 한국의 벼 재배에 큰 손실을 주고 있다. 한국의 지역별로 채집된 벼 멸구의 유전적 변이 및 다양성을 알아보고자 마이크로새털라이트를 이용하여 실험을 수행하였다. 한국의 다섯 지역, 곤양, 광양, 진주, 남해, 남원에서 벼멸구를 각각 채집하 였고, 마이크로새털라이트 5개의 위치(18, 27, 65, 67, 76)를 기준으로 분석하 였다. 그 결과, 3개의 위치(27, 65, 67)에서 높은 유의성을 확인할 수 있었고, 한국의 벼멸구 개체 간에도 유전적으로 차이가 있음을 알 수 있었다. 마이크로새털라이트 마커를 이용한 방법은 벼멸구의 근원지 및 이동을 결 정하기 위한 실질적인 방법이 될 것으로 생각되며, 이러한 방법을 통해 비래 해충인 벼멸구의 개체군 다양성을 분석함으로서 발생 근원지와 이동경로를 파악할 수 있을 것으로 생각된다.

베트남내 지역별로 채집된 벼멸구의 유연관계 및 개체간의 다양성을 Micro-satellite marker를 이용하여 조사하였다. 벼의 주요해충인 벼멸구(Nilaparvata lugens)는 벼를 직접 흡즙하여 피해를 줄 뿐만 아니라 2차적으로 벼에 virus병을 매개하여 벼 재배지에 심한 피해를 주고 있다. 상세한 지역 간에 유전적 변이를 확인하기 위해 베트남의 네 지역, Haipong, Ha Tay, Can Tho, Cuu long에서 채집한 벼멸구를 마이크로새털라이트 마커를 이용하여 유전적 다양성을 분석하였다. 5개의 위치(18, 27, 65, 67, 76)를 기준으로 분석한 결과, Haipong과 Ha Tay, 그리고 Can Tho와 Cuu long 지역이 각각 유전적으로 비슷할 것으로 나타났다. 이는 북쪽과 남쪽은 지리적으로 멀기 때문에 유전적 교류가 적게 일어나고, 남북의 각 지역 간에는 개체군의 이동이 보다 쉽게 발생하기 때문으로 생각된다. 이러한 정보는 베트남 지역 간에 벼멸구의 이동과 분산의 근원과 경로를 파악하는데 중요한 기초자료가 될 것으로 생각된다. 또한 비래하는 벼멸구의 근원지와 이동 경로를 분석하여 예찰함으로서 벼 재배지에 벼멸구 대발생 피해를 최소화 할 수 있을 것이다. 더 정확한 결과를 위해서는 더 많은 연구가 수행되어야 할 것으로 생각된다.

To estimate the genetic characteristics and cumulative power of discrimination (CPD) existing among Hanwoo (Korean cattle) and exotic foreign population (Angus, Herford, Charolais, Holstein) we used a total of 414 genomic DNAs from five breeds population (Hanwoo, Angus, Hereford, Charolais, Holstein). Genetic characteristics indices including mean allele number among loci, unbiased heterozygosity () within locus and polymorphic information content (PIC) and unbiased average heterozygosity (H) among loci in four breeds were calculated using the generated allele frequencies by each marker. The mean allele numbers for all loci ranged between 5 and 7 while heterozygosity (H) ranged from 0.75 (HW) to 0.64 (HF) among loci and across breeds heterozygosity (H) was 0.69. The generated unbiased average heterozygosity among loci in each breed was integrated to the global formula of CPD resulting in 99.71 % within the populations. The genetic variation of HW (Hanwoo) showed highest estimates among the analyzed breeds.

The genus Vicia comprises 166 annual or perennial species distributed mainly in Europe, Asia, and North America, also extending to the temperate regions of South America and tropical. However, utilization of SSR markers have not been investigated extensively in Vicia species as compared to other crop species. Here, we have assessed the potential for transferability (cross-species amplification) of cDNA microsatellites markers developed from common vetch (Vicia sativa subsp. sativa). In total, 226 alleles were detected in 36 microsatellite loci. The number of alleles per marker ranged from one to 20, with an average of 6.3. The gene diversity and polymorphism information content value averaged 0.540 and 0.503, with a range of 0–0.85 and 0–0.84 respectively. For transferability of the SSRs, amplification was carried out with selected from two to 8 accessions of 22 different Vicia species. For individual species, the successful amplification rate ranged from 32.6% in V. ervilia to 81.9% in V. sativa subsp. nigra, with average of 48.8%. As the rate of successful amplification of microsatellite markers generally correlates with genetic distance, these SSR markers are potentially useful in the analysis of genetic relationships between or within Vicia species.

Bulb onion (Allium cepa), which belongs to the family Amaryllidaceae, is one of the oldest vegetative crops known to humans. Despite its high economic value, only a few reports are available on the use of molecular markers in genetic diversity analysis of Allium cepa for its improvement. Molecular genetic markers have been widely used as powerful tools for analyzing the plant genome. In particular, Microsatellites or simple sequence repeats (SSRs) markers are tandem repeats of one to six bp in length and have been proven to be the most powerful polymerase chain reaction (PCR)-based DNA markers in plant diversity analysis. In this study, the genomic DNA was isolated from different Allium cepa lines. The ESTs and gDNA sequences of onion were collected from National Center for Biotechnology information. The SSRs with two to five motifs over a length of 12 bp, were identified using SSRIT (Gramene) software. The PCR products of 100 to 350 bp in length containing SSRs, primers was designed using Primer3 with lengths of 20 to 24 bp and a melting temperature of 60℃. The SSR markers with high polymorphism-information content (PIC) levels was useful for collecting progeny with high genetic homogeneity for onion breeding, and to obtain representative marker sets for genetic tests. The SSR Finder program and the developed SSR markers could be a useful resource for genetic diversity and purity testing in onion.

Rice genetic resources are composed of various species and ecotypes, and each accession reveals different genetic and phenotypic characters. For the managenment of diverse rice genetic resources, seed integrity is important factor in that the individuals of one accession in self-pollinating crop might be homogeneous. To elevate the management efficiency of rice germplasm contrary to the phenotypic distinction, we focused on applicable microsatellite markers because this markers are widly used for genetic evaluation in diverse genetic resources with a character of high reproducibility and polymorphism. In this regard, we selected microsatellite markers based on genotypes; diversity set including 150 accessions using 249 SSR markers. As SSR loci with high PIC(polymorphism information content) values usually revealed multi bands in one accession, proper genotyping were difficult in these loci. Therefor, we checked the band clarity in addition to PIC values and chose 12 and 6 SSR markers finally. All accessions of rice diversity set were distinguished with the first marker set comprising 12 SSR markers, and only 3 combinations of tested accessions(0.03%, 3/11,175) showed same genotype with second marker set comprising 6 SSR markers. The tested 142 Korean bred varieties revealed 0.19%(19/10,011 combinations) and 0.69%(69/10,011 combinations) genotypic identity using first and second marker set, respectively. These newly selected markers might be useful for the analysis of genetic homogeneity and relationship in rice genetic resources.