우리는 UPOV 협약에 의해 2009년 이후 품종시장을 개방해야 한다. 2005년 현재 23종류 179품종을 보급하였으나 품종보호등록 품종 수는 느타리 9개 이다. 이러한 품종등록 수는 선진국에 비해 아주 적은 편이다. 종균은 넓은 의미에서 품종도 포함한다. 품종개발을 하는데 몇 가지 문제점이 있는데 복잡하고 어려운 버섯의 성 양식, 값비싼 특수 실험기구와 자실체 생육시설이 필요하다. 이러한 문제를 해결하고 품종(종균)을 육성하기 위해서는 다음 사항들이 필요하다. 즉, 유전자원의 수집 및 평가, 게놈분석과 유용형질에 대한 분자생물학적 해석, 한국 고유의 품종 육성으로 품종보호등록, 별도지원의 가칭 "산학연 품종개발연구단"에 의한 품종개발 연구 강화, 종균배양소의 컨소시엄에 의한 종균연구소 설립 운영, 버섯 종합상사 출현, 소비 촉진, 그리고 국제경쟁력 향상이 필요하다. 여기서는 이러한 것에 대해 논의 하고자 한다.
느타리버섯 병재배에서 온도처리에 따른 품종간의 차이와 생리적 특성을 확인하기위하여 온도에 따른 시험을 수행한 결과 느타리버섯의 품종에 따라 온도처리별 발이 및 수량성에서 각기 다른 반응을 보였다. 특히 원형3호는 16.5℃이상에서는 발이하지 않았으나 13℃에서 발이 후 모든 온도처리에서 생장하였다. 고온성인 삼복느타리버섯은 10℃에서는 발이 후 생장을 못하고 고사하였으며, 13℃에서 발이시킨 후 10, 25℃의 온도로 변온처리에서는 정상적으로 생장하지 못하였고, 수량도 얻지 못하였다. 자실체 색깔은 고온에서는 백색에 가깝게 변하며, 저온의 경우 회색계열의 품종은 흑색에 가까운 색으로 갈색계열의 버섯은 진한 갈색으로 변하였다. 발이 특성은 저온에서는 균일하고 양호하였으나 온도가 높아지면서 불균일하고 배지표면에서 부분적 발이현상으로 인하여 수량성과 품질이 낮았다. 13℃에서 생장한 흑색의 버섯을 23℃로 이동하여 갓 색이 백색인 버섯을 다시 10℃ 변온처리를 하면 흑회색으로 변화하였다. 이런 온도에 따른 자실체의 색의 변화에 의해 느타리버섯의 갓 색은 온도에 의해 결정되는 것으로 확인되었다.
꽃송이버섯은 베타글루칸 함량이 높아 버섯재배자들 사이에서 재배를 희망하는 농가들이 부쩍 늘어나고 있다. 하지만 이에 대한 실용적인 재배법이 확립되지 않아 까다로운 버섯으로 인식하여 재배를 기피하고 있어 본 실험에서는 침엽수 톱밥과 소맥분, 물엿을 이용한 간편하고 경제성 있는 배지조성법을 연구하였다. 톱밥 접종원과 액체 접종원을 사용한 경우의 균사 생장에는 뚜렷한 차이가 없었으며, 4℃에서 1일 동안 저온충격을 주는 방식이 원기 형성을 위하여 가장 좋은 방법으로 생각되었다. 또한 자실체 발생용 최적배지는‘미송+소맥분+옥수수+면실박+10% 물엿 수용액’으로 41%의 회수율을 보였으나,‘ 낙엽송+소맥분+옥수수+면실박+10% 물엿 수용액’에서도 회수율이 37%로 자실체 발생량이 많았다. 또한 회수율과 버섯배지 중량 감소율과의 관계를 보면 회수율이 높을수록 중량감소율이 높아 서로 비례한 것으로 조사되었다.